More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mfla_1353 on replicon NC_007947
Organism: Methylobacillus flagellatus KT



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  100 
 
 
171 aa  355  1.9999999999999998e-97  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.14 
 
 
171 aa  95.1  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  35.29 
 
 
166 aa  91.7  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  34.23 
 
 
158 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  38.67 
 
 
159 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  34.23 
 
 
158 aa  89  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.19 
 
 
173 aa  87  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  34.69 
 
 
158 aa  85.1  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.54 
 
 
162 aa  84.7  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.97 
 
 
161 aa  84.3  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  35.57 
 
 
169 aa  84.7  6e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.97 
 
 
165 aa  84.7  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  35.57 
 
 
160 aa  84  9e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.18 
 
 
165 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  36.42 
 
 
175 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  32.21 
 
 
158 aa  81.6  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  36.42 
 
 
175 aa  80.9  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  35.57 
 
 
173 aa  79  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  33.33 
 
 
166 aa  76.6  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
187 aa  75.1  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.58 
 
 
166 aa  75.1  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  30.72 
 
 
440 aa  72.8  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  30.61 
 
 
169 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.55 
 
 
171 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.615408 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13460  RNA polymerase sigma factor  29.93 
 
 
169 aa  71.2  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0861545  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  29.29 
 
 
165 aa  70.9  0.000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.33 
 
 
168 aa  70.9  0.000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  32.47 
 
 
174 aa  70.9  0.000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_003296  RS00872  extracytoplasmic function sigma factor transcription regulator protein  32.45 
 
 
194 aa  70.1  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.037032  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2018  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.82 
 
 
228 aa  70.1  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.865187  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3733  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.52 
 
 
207 aa  70.5  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  29.11 
 
 
170 aa  70.1  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.58 
 
 
234 aa  70.5  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1040  RNA polymerase sigma factor  31.13 
 
 
167 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.92 
 
 
189 aa  68.9  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.76 
 
 
188 aa  68.9  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.56 
 
 
166 aa  68.6  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.38 
 
 
169 aa  68.6  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  30.47 
 
 
168 aa  68.6  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.22 
 
 
162 aa  68.2  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.19 
 
 
174 aa  68.2  0.00000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  35.33 
 
 
159 aa  67.8  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  56.36 
 
 
180 aa  67.4  0.00000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  56.36 
 
 
180 aa  67.4  0.00000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  28.67 
 
 
168 aa  67.4  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  28.37 
 
 
157 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1587  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
166 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.681382  normal  0.242514 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  28.37 
 
 
179 aa  66.2  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4021  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  30.28 
 
 
174 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27293  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1226  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  27.81 
 
 
155 aa  65.5  0.0000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.670431  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  26.06 
 
 
180 aa  64.7  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.44 
 
 
194 aa  64.3  0.0000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4750  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.09 
 
 
199 aa  64.3  0.0000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135059  normal  0.660799 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.17 
 
 
202 aa  64.7  0.0000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3720  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.58 
 
 
186 aa  64.3  0.0000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.344923  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.38 
 
 
182 aa  64.3  0.0000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  31.69 
 
 
194 aa  64.3  0.0000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  28.47 
 
 
164 aa  64.3  0.0000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2598  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.51 
 
 
201 aa  63.9  0.0000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.3 
 
 
187 aa  63.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  27.74 
 
 
164 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4611  RNA polymerase sigma factor  27.74 
 
 
170 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1209  RNA polymerase sigma-70 family protein  28.47 
 
 
168 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.19 
 
 
190 aa  63.5  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.46 
 
 
168 aa  63.5  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.2 
 
 
174 aa  63.2  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.58 
 
 
210 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02250  RNA polymerase sigma factor, FecI family  29.53 
 
 
167 aa  62.8  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1340  fec I like protein  30.67 
 
 
186 aa  62.8  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3664  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.87 
 
 
166 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.409178  normal  0.448138 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  33.78 
 
 
172 aa  62.4  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5129  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
166 aa  62.4  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0324934  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28970  hypothetical protein  28.67 
 
 
179 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.52458  hitchhiker  0.000032284 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
167 aa  62  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.69 
 
 
169 aa  62  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.77 
 
 
176 aa  61.6  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  24.83 
 
 
182 aa  61.6  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46660  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  28.97 
 
 
246 aa  61.6  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00128883  hitchhiker  0.00000365459 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.68 
 
 
165 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  27.21 
 
 
181 aa  61.2  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0813524 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  26.56 
 
 
173 aa  61.2  0.000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.56 
 
 
173 aa  61.2  0.000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  26.56 
 
 
173 aa  61.2  0.000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  26.56 
 
 
173 aa  61.2  0.000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4001  RNA polymerase sigma K factor  26.95 
 
 
169 aa  61.2  0.000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108923  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  26.56 
 
 
173 aa  61.2  0.000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64700  RNA polymerase sigma factor  29.45 
 
 
178 aa  61.2  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00208026  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.09 
 
 
167 aa  60.8  0.000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.87 
 
 
170 aa  60.8  0.000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3325  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.97 
 
 
172 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0849  RNA polymerase sigma factor  30.61 
 
 
169 aa  60.5  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121371  normal  0.75783 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  26.36 
 
 
196 aa  60.5  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6117  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.04 
 
 
183 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0690  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.47 
 
 
168 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2212  sigma-24 (FecI-like)  28.08 
 
 
202 aa  60.1  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2301  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.25 
 
 
174 aa  60.5  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.288382  normal  0.197557 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0872  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.97 
 
 
168 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  30 
 
 
178 aa  60.5  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0877  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.06 
 
 
169 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1359  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.06 
 
 
169 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>