More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_01840 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



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Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  100 
 
 
181 aa  358  2e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  96.69 
 
 
195 aa  344  3e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  70.59 
 
 
194 aa  231  4.0000000000000004e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  69.94 
 
 
188 aa  223  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  64.53 
 
 
191 aa  215  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  64.53 
 
 
194 aa  215  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  66.08 
 
 
191 aa  214  8e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  70.97 
 
 
165 aa  208  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4275  sigma24, FecI  44.14 
 
 
165 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4119  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.14 
 
 
165 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.29 
 
 
171 aa  102  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.91 
 
 
175 aa  97.8  7e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  36.36 
 
 
170 aa  97.1  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.01 
 
 
170 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.36 
 
 
170 aa  97.1  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.36 
 
 
170 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2633  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.93 
 
 
173 aa  95.1  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  36.13 
 
 
166 aa  94.7  6e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  35.88 
 
 
187 aa  91.3  8e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  33.55 
 
 
172 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  36.77 
 
 
166 aa  89.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  39.87 
 
 
171 aa  88.2  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  38.96 
 
 
171 aa  88.2  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.44 
 
 
173 aa  87.8  8e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  39.42 
 
 
179 aa  86.3  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.22 
 
 
190 aa  85.9  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1218  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.97 
 
 
227 aa  82.4  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.1 
 
 
165 aa  82  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25290  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.5 
 
 
166 aa  82  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6284  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.21 
 
 
227 aa  80.9  0.000000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.354079 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02747  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  30.06 
 
 
210 aa  80.9  0.000000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.24 
 
 
165 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  33.12 
 
 
188 aa  79.3  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2075  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.97 
 
 
173 aa  79.7  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.77 
 
 
176 aa  79  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.5 
 
 
218 aa  79  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.941158  normal  0.954881 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  34.71 
 
 
175 aa  78.6  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.62 
 
 
223 aa  78.2  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.188745  normal  0.196172 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.94 
 
 
210 aa  77.8  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.06 
 
 
162 aa  77.8  0.00000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.64 
 
 
171 aa  77  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00587435 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  35.9 
 
 
173 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2598  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.47 
 
 
201 aa  77  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4063  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.78 
 
 
223 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.806814 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.91 
 
 
170 aa  77  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.26 
 
 
161 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.26 
 
 
165 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.15 
 
 
163 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.64 
 
 
187 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  34.72 
 
 
174 aa  75.1  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  34.19 
 
 
166 aa  74.7  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0048  transcriptional regulator, LuxR family  36.08 
 
 
184 aa  74.7  0.0000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.426983  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2265  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.16 
 
 
193 aa  74.3  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.28 
 
 
184 aa  74.3  0.0000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  28.9 
 
 
189 aa  73.9  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2827  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.84 
 
 
187 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1550  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.95 
 
 
222 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.362931  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35.84 
 
 
175 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4981  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.58 
 
 
193 aa  73.6  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000475224 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.57 
 
 
169 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.29 
 
 
169 aa  72.8  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3326  anti-FecI sigma factor, FecR  33.14 
 
 
444 aa  73.2  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.468182  normal  0.167582 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1607  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.98 
 
 
222 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483087  normal  0.0648127 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21550  ECF sigma factor, FecI family  34.07 
 
 
175 aa  72.8  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.91 
 
 
178 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.12 
 
 
167 aa  73.2  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1152  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.98 
 
 
222 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0103149  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1606  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.35 
 
 
215 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000842587 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1529  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.94 
 
 
222 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.77026  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1632  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.98 
 
 
222 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281996  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1286  RNA polymerase sigma-70 family protein  35.15 
 
 
180 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  32.91 
 
 
178 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  37.5 
 
 
440 aa  72.4  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4715  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.67 
 
 
221 aa  72.8  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.722326  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4778  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.98 
 
 
218 aa  72.4  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.310601  normal  0.199717 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2618  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.99 
 
 
201 aa  72.4  0.000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.34 
 
 
202 aa  72.4  0.000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4780  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.46 
 
 
194 aa  72.4  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.71 
 
 
176 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  33.82 
 
 
160 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  24.67 
 
 
168 aa  72  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0517  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.45 
 
 
223 aa  72  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  35.07 
 
 
166 aa  71.6  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2816  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  29.49 
 
 
192 aa  71.2  0.000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0479904  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.1 
 
 
176 aa  71.2  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  32.33 
 
 
185 aa  70.5  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5021  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.59 
 
 
186 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434276  normal  0.047742 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4750  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.53 
 
 
199 aa  70.1  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135059  normal  0.660799 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.66 
 
 
188 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.94 
 
 
183 aa  70.5  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572123  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.77 
 
 
173 aa  70.9  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.1 
 
 
176 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  28.4 
 
 
180 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_013037  Dfer_2436  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.54 
 
 
180 aa  69.7  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_009997  Sbal195_4366  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35 
 
 
168 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  31.11 
 
 
185 aa  69.3  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
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NC_011663  Sbal223_4159  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35 
 
 
168 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_009665  Shew185_4231  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35 
 
 
168 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.9 
 
 
169 aa  69.3  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009654  Mmwyl1_4299  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.73 
 
 
169 aa  68.9  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.031779 
 
 
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