More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avin_25290 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012560  Avin_25290  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  100 
 
 
166 aa  341  2e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  55.42 
 
 
184 aa  183  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  57.59 
 
 
187 aa  181  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2827  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  57.59 
 
 
187 aa  180  8.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  56.96 
 
 
176 aa  179  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  55.28 
 
 
159 aa  179  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  56.96 
 
 
176 aa  179  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  56.96 
 
 
176 aa  178  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  55.7 
 
 
178 aa  176  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  53.61 
 
 
178 aa  176  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  55.7 
 
 
176 aa  175  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  40.62 
 
 
169 aa  109  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.15 
 
 
210 aa  101  4e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0517  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.2 
 
 
223 aa  97.8  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4063  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.65 
 
 
223 aa  97.8  6e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.806814 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1607  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  36.59 
 
 
222 aa  95.9  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483087  normal  0.0648127 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1152  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  36.59 
 
 
222 aa  95.9  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0103149  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1606  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  36.42 
 
 
215 aa  96.3  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000842587 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1632  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  36.59 
 
 
222 aa  95.9  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281996  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4778  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  36.59 
 
 
218 aa  95.5  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.310601  normal  0.199717 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1550  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  36.59 
 
 
222 aa  94.7  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.362931  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1529  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  36.59 
 
 
222 aa  94.7  6e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.77026  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  35.22 
 
 
171 aa  93.2  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4047  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.65 
 
 
244 aa  92.4  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.750975  normal  0.908185 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1191  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.85 
 
 
207 aa  91.7  4e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2427  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.85 
 
 
237 aa  91.3  5e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.773332  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1931  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.85 
 
 
237 aa  90.9  7e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.385484  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2076  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.85 
 
 
237 aa  90.9  7e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.370816  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0297  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.85 
 
 
237 aa  90.9  7e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330584  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0864  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.85 
 
 
237 aa  90.9  7e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0195971  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1917  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.85 
 
 
237 aa  90.9  7e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1634  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.85 
 
 
237 aa  90.9  7e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0463569  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.27 
 
 
260 aa  90.1  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  30.36 
 
 
179 aa  86.3  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.16 
 
 
171 aa  84  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  39.39 
 
 
236 aa  83.6  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  32.5 
 
 
181 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  33.12 
 
 
195 aa  81.3  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  36.73 
 
 
194 aa  79.3  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3323  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.91 
 
 
204 aa  79.7  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.130474 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.34 
 
 
165 aa  75.1  0.0000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.588251  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  31.48 
 
 
188 aa  75.1  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  32.88 
 
 
175 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  31.87 
 
 
180 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.11 
 
 
166 aa  71.2  0.000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.19 
 
 
175 aa  71.2  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.12 
 
 
191 aa  70.9  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  34.53 
 
 
173 aa  70.9  0.000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.8 
 
 
165 aa  70.5  0.000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5732  sigma factor  32.1 
 
 
207 aa  70.9  0.000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.54 
 
 
177 aa  70.5  0.000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.189895 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3752  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.29 
 
 
181 aa  69.3  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401428  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.06 
 
 
191 aa  68.6  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4804  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.1 
 
 
219 aa  67.8  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127624  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.52 
 
 
173 aa  67.8  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.86 
 
 
194 aa  67.8  0.00000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  32.72 
 
 
188 aa  66.2  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  33.8 
 
 
151 aa  66.6  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.48 
 
 
163 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.72 
 
 
374 aa  65.1  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  32.72 
 
 
374 aa  65.1  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.87 
 
 
173 aa  65.1  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7286  sigma factor  32.59 
 
 
180 aa  65.1  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4119  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.43 
 
 
165 aa  63.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4275  sigma24, FecI  32.43 
 
 
165 aa  63.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1340  fec I like protein  32.37 
 
 
186 aa  63.2  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0898  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.48 
 
 
202 aa  63.2  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00206828  hitchhiker  0.00000031369 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  32.1 
 
 
374 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  31.71 
 
 
174 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  31.55 
 
 
172 aa  62  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  30 
 
 
171 aa  61.2  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  31.55 
 
 
172 aa  61.2  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.27 
 
 
165 aa  60.8  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.85 
 
 
170 aa  60.8  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.85 
 
 
170 aa  60.8  0.000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  31.48 
 
 
178 aa  60.8  0.000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1805  RNA polymerase sigma factor SigX  30.14 
 
 
172 aa  60.8  0.000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.743357 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.85 
 
 
170 aa  60.8  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  32.65 
 
 
174 aa  60.5  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  28.92 
 
 
170 aa  60.5  0.00000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.13 
 
 
181 aa  60.5  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  31.65 
 
 
179 aa  60.5  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.91 
 
 
169 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  27.95 
 
 
185 aa  59.3  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  27.61 
 
 
214 aa  59.7  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  29.27 
 
 
172 aa  58.9  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2018  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.38 
 
 
228 aa  58.9  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.865187  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  32.87 
 
 
172 aa  58.2  0.00000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  35 
 
 
166 aa  58.2  0.00000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  31.51 
 
 
183 aa  57.8  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  29.7 
 
 
172 aa  57.8  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.03 
 
 
169 aa  57.8  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  27.89 
 
 
159 aa  57.4  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  30.71 
 
 
160 aa  57.4  0.00000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  31.14 
 
 
172 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.85 
 
 
170 aa  57.4  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  26.88 
 
 
166 aa  57  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
216 aa  56.6  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.325011 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3326  anti-FecI sigma factor, FecR  26.95 
 
 
444 aa  56.6  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.468182  normal  0.167582 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2979  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.1 
 
 
170 aa  57.4  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834183  normal  0.211367 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>