More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_B0517 on replicon NC_007952
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007952  Bxe_B0517  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  100 
 
 
223 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4063  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  93.72 
 
 
223 aa  425  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.806814 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1931  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  73.57 
 
 
237 aa  321  5e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.385484  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2076  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  73.57 
 
 
237 aa  321  5e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.370816  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0864  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  73.57 
 
 
237 aa  321  5e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0195971  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1634  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  73.57 
 
 
237 aa  321  5e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0463569  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0297  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  73.57 
 
 
237 aa  321  5e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330584  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1917  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  73.57 
 
 
237 aa  321  5e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2427  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  73.13 
 
 
237 aa  315  3e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.773332  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1191  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  78.87 
 
 
207 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4778  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  72.2 
 
 
218 aa  300  1e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.310601  normal  0.199717 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1550  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  71.43 
 
 
222 aa  299  2e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.362931  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1529  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  70.48 
 
 
222 aa  299  3e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.77026  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1632  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  80.11 
 
 
222 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281996  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1607  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  80.11 
 
 
222 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483087  normal  0.0648127 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1152  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  80.11 
 
 
222 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0103149  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1606  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  79.01 
 
 
215 aa  289  3e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000842587 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4047  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  69.31 
 
 
244 aa  258  4e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.750975  normal  0.908185 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2827  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  43.87 
 
 
187 aa  128  6e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  42.58 
 
 
176 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  43.23 
 
 
187 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  41.07 
 
 
184 aa  126  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  42.58 
 
 
176 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  42.58 
 
 
178 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  42.58 
 
 
178 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  41.94 
 
 
176 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  41.94 
 
 
176 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  42.86 
 
 
159 aa  118  7e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  39.02 
 
 
169 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.25 
 
 
260 aa  101  9e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25290  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.2 
 
 
166 aa  97.8  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3323  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.49 
 
 
204 aa  97.4  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.130474 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  37.42 
 
 
171 aa  95.1  8e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  34.52 
 
 
179 aa  88.6  6e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.65 
 
 
210 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3752  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.5 
 
 
181 aa  85.9  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401428  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.47 
 
 
174 aa  83.6  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.7 
 
 
177 aa  81.3  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.189895 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4804  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.87 
 
 
219 aa  80.9  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127624  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.81 
 
 
169 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35.37 
 
 
171 aa  78.6  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  38.06 
 
 
179 aa  76.3  0.0000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.25 
 
 
171 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5732  sigma factor  34.01 
 
 
207 aa  76.3  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.93 
 
 
171 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.22 
 
 
195 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.81 
 
 
165 aa  73.6  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.588251  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1340  fec I like protein  33.7 
 
 
186 aa  73.6  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37990  RNA polymerase sigma factor  31.36 
 
 
168 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000275942  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  32.45 
 
 
181 aa  72  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  30.06 
 
 
171 aa  71.6  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.88 
 
 
171 aa  71.6  0.000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  36.62 
 
 
236 aa  71.2  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.52 
 
 
174 aa  69.7  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  32.43 
 
 
174 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  28.05 
 
 
180 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  32.14 
 
 
166 aa  68.9  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4119  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.89 
 
 
165 aa  68.9  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.72 
 
 
166 aa  68.9  0.00000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4275  sigma24, FecI  32.89 
 
 
165 aa  68.9  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.19 
 
 
182 aa  68.6  0.00000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  31.54 
 
 
172 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  30.52 
 
 
188 aa  68.2  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30.32 
 
 
157 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  31.54 
 
 
172 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  31.37 
 
 
172 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.88 
 
 
167 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64700  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
178 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00208026  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.88 
 
 
168 aa  65.9  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  31.37 
 
 
172 aa  65.9  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.17 
 
 
168 aa  65.5  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3126  RNA polymerase sigma factor  32.39 
 
 
168 aa  65.5  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4954  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.78 
 
 
182 aa  65.5  0.0000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.35389  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22650  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  29.87 
 
 
174 aa  65.1  0.0000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.308383  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0849  RNA polymerase sigma factor  32.61 
 
 
169 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121371  normal  0.75783 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  32.61 
 
 
185 aa  64.3  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  30.11 
 
 
188 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.5 
 
 
171 aa  63.5  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  31.29 
 
 
194 aa  63.5  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1587  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.33 
 
 
166 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.681382  normal  0.242514 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  30.28 
 
 
172 aa  63.2  0.000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  29.05 
 
 
172 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1809  sigma-24 (FecI)  32 
 
 
181 aa  62.4  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  29.71 
 
 
159 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5893  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.2 
 
 
171 aa  62  0.000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.830728  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5619  RNA polymerase sigma factor  28.57 
 
 
178 aa  61.6  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  28.38 
 
 
172 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37430  RNA polymerase sigma factor  27.33 
 
 
169 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.031593  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4194  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.49 
 
 
170 aa  61.2  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.746772  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  28.68 
 
 
170 aa  60.8  0.00000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3315  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.92 
 
 
176 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  30 
 
 
234 aa  60.1  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  30.13 
 
 
172 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3326  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.71 
 
 
179 aa  60.8  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  28.86 
 
 
172 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5187  RNA polymerase sigma factor  30.07 
 
 
172 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.879511  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  29.32 
 
 
168 aa  59.7  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1861  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.51 
 
 
197 aa  59.3  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.24154  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4574  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.81 
 
 
189 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1935  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.12 
 
 
169 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.020135 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>