More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2873 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
210 aa  419  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  40.38 
 
 
176 aa  122  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  39.63 
 
 
178 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  41.03 
 
 
184 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  41.03 
 
 
187 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2827  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  41.03 
 
 
187 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  39.75 
 
 
178 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  39.74 
 
 
176 aa  115  5e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  39.74 
 
 
176 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  39.74 
 
 
176 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  41.33 
 
 
159 aa  112  4.0000000000000004e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25290  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.15 
 
 
166 aa  101  6e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2427  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.17 
 
 
237 aa  99.4  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.773332  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  39.38 
 
 
171 aa  98.2  8e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.18 
 
 
169 aa  97.4  1e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0297  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.35 
 
 
237 aa  96.7  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330584  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1917  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.35 
 
 
237 aa  96.7  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2076  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.35 
 
 
237 aa  96.7  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.370816  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0864  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.35 
 
 
237 aa  96.7  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0195971  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1931  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.35 
 
 
237 aa  96.7  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.385484  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1634  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.35 
 
 
237 aa  96.7  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0463569  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1191  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.58 
 
 
207 aa  96.3  3e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4047  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  39.35 
 
 
244 aa  94  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.750975  normal  0.908185 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.93 
 
 
260 aa  94.4  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1606  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  38.37 
 
 
215 aa  92  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000842587 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1529  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  38.37 
 
 
222 aa  91.7  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.77026  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1550  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  38.37 
 
 
222 aa  91.7  8e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.362931  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  40.71 
 
 
179 aa  91.3  9e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4778  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  36.13 
 
 
218 aa  90.9  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.310601  normal  0.199717 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1607  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.79 
 
 
222 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483087  normal  0.0648127 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1152  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.79 
 
 
222 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0103149  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1632  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.79 
 
 
222 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281996  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3323  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.58 
 
 
204 aa  89  5e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.130474 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.86 
 
 
173 aa  88.6  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.85 
 
 
171 aa  88.2  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0517  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.65 
 
 
223 aa  86.7  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4063  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  36.87 
 
 
223 aa  85.5  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.806814 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.54 
 
 
177 aa  84.3  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.189895 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  33.91 
 
 
179 aa  84  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5732  sigma factor  33.33 
 
 
207 aa  83.2  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3315  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.39 
 
 
176 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  36.65 
 
 
175 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3752  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.76 
 
 
181 aa  79.7  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401428  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  36.02 
 
 
175 aa  79  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  37.75 
 
 
166 aa  78.6  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.73 
 
 
165 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  33.12 
 
 
170 aa  77.4  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  33.94 
 
 
181 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.52 
 
 
162 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  33.94 
 
 
195 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  33.33 
 
 
214 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.67 
 
 
174 aa  76.3  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  36.08 
 
 
172 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  35.25 
 
 
160 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  31.58 
 
 
187 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  35.44 
 
 
172 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.12 
 
 
165 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3968  RNA polymerase sigma-70 factor  26.54 
 
 
196 aa  72.8  0.000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.76 
 
 
161 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  31.74 
 
 
194 aa  72  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.81 
 
 
167 aa  72  0.000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35.1 
 
 
171 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.77 
 
 
167 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5939  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.33 
 
 
307 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.783769  normal  0.572405 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  32.5 
 
 
172 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.75 
 
 
191 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.97 
 
 
171 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0898  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.12 
 
 
202 aa  69.7  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00206828  hitchhiker  0.00000031369 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.68 
 
 
194 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1381  RNA polymerase sigma-70 factor  32.21 
 
 
201 aa  69.3  0.00000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.57599  normal  0.201536 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.68 
 
 
170 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.68 
 
 
191 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.68 
 
 
170 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4275  sigma24, FecI  33.81 
 
 
165 aa  68.9  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4119  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.81 
 
 
165 aa  68.9  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.68 
 
 
170 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3848  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.07 
 
 
292 aa  68.6  0.00000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  33.14 
 
 
172 aa  68.2  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  33.14 
 
 
172 aa  68.2  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  33.14 
 
 
172 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  29.45 
 
 
234 aa  67.8  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2078  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.22 
 
 
203 aa  67.8  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  30.32 
 
 
172 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.44 
 
 
182 aa  67.8  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  33.54 
 
 
174 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.25 
 
 
171 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.73 
 
 
374 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.6 
 
 
171 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  29.11 
 
 
188 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.44 
 
 
169 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.59 
 
 
166 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3666  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.3 
 
 
189 aa  66.6  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000000159733  normal  0.134182 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.52 
 
 
173 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  34.73 
 
 
374 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6568  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28 
 
 
205 aa  66.2  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.307355  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  37.96 
 
 
236 aa  66.2  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2075  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.83 
 
 
173 aa  66.2  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.51 
 
 
175 aa  66.2  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  25.77 
 
 
168 aa  66.2  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  32.3 
 
 
172 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>