More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1623 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  100 
 
 
176 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  98.29 
 
 
176 aa  358  2e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  97.73 
 
 
176 aa  357  4e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  94.29 
 
 
176 aa  344  3e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2827  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  87.5 
 
 
187 aa  318  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  86.93 
 
 
187 aa  318  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  84.39 
 
 
184 aa  308  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  80 
 
 
178 aa  295  3e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  81.18 
 
 
178 aa  292  1e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  71.9 
 
 
159 aa  238  2.9999999999999997e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25290  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  56.96 
 
 
166 aa  179  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  46.15 
 
 
169 aa  132  3e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4047  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  39.52 
 
 
244 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.750975  normal  0.908185 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1191  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  43.23 
 
 
207 aa  120  7e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2427  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  43.23 
 
 
237 aa  120  8e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.773332  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1931  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  43.23 
 
 
237 aa  120  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.385484  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1634  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  43.23 
 
 
237 aa  120  9e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0463569  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2076  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  43.23 
 
 
237 aa  120  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.370816  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0864  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  43.23 
 
 
237 aa  120  9e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0195971  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1917  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  43.23 
 
 
237 aa  120  9e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0297  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  43.23 
 
 
237 aa  120  9e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330584  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0517  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  41.94 
 
 
223 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4063  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  41.94 
 
 
223 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.806814 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4778  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.72 
 
 
218 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.310601  normal  0.199717 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.74 
 
 
210 aa  114  5e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1607  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  40 
 
 
222 aa  114  6e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483087  normal  0.0648127 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1152  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  40 
 
 
222 aa  114  6e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0103149  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1632  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  40 
 
 
222 aa  114  6e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281996  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.51 
 
 
260 aa  114  8.999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1550  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  40 
 
 
222 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.362931  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1529  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  40 
 
 
222 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.77026  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1606  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  39.35 
 
 
215 aa  112  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000842587 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5732  sigma factor  37.5 
 
 
207 aa  97.4  9e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  35.4 
 
 
171 aa  97.1  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3752  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.6 
 
 
181 aa  95.1  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401428  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3323  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.18 
 
 
204 aa  94  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.130474 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4804  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.74 
 
 
219 aa  93.2  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127624  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  36.81 
 
 
179 aa  92.8  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.29 
 
 
177 aa  89  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.189895 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.39 
 
 
171 aa  86.7  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  31.45 
 
 
194 aa  79.7  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1340  fec I like protein  33.79 
 
 
186 aa  79.7  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  33.77 
 
 
172 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  33.77 
 
 
172 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7286  sigma factor  33.83 
 
 
180 aa  78.6  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.53 
 
 
174 aa  78.6  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0844  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.36 
 
 
175 aa  78.2  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.498181  normal  0.882124 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  31.68 
 
 
188 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  37.4 
 
 
236 aa  76.3  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  31.9 
 
 
180 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  32.45 
 
 
172 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  32.45 
 
 
172 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  37.76 
 
 
173 aa  75.1  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  33.77 
 
 
174 aa  74.7  0.0000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  32.45 
 
 
172 aa  73.9  0.0000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.12 
 
 
191 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30.87 
 
 
175 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.9 
 
 
169 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  31.79 
 
 
172 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  30.87 
 
 
175 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.85 
 
 
165 aa  72  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.588251  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  31.71 
 
 
181 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  33.33 
 
 
178 aa  71.6  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.71 
 
 
195 aa  71.2  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.11 
 
 
191 aa  71.2  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.11 
 
 
194 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0858  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.59 
 
 
175 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.1 
 
 
165 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4231  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.92 
 
 
168 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4159  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.92 
 
 
168 aa  68.9  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  32.5 
 
 
170 aa  68.9  0.00000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  33.83 
 
 
179 aa  68.6  0.00000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.5 
 
 
165 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.5 
 
 
161 aa  68.2  0.00000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.79 
 
 
188 aa  68.6  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0606  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.07 
 
 
180 aa  68.2  0.00000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1388  sigma-24 (FecI)  30.06 
 
 
193 aa  68.2  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.441206 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4366  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.56 
 
 
168 aa  67.4  0.00000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.99 
 
 
173 aa  67.4  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0667  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30 
 
 
178 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  35.88 
 
 
185 aa  67.4  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.23 
 
 
171 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  31.45 
 
 
166 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  32.26 
 
 
159 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.72 
 
 
165 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.78 
 
 
171 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  33.81 
 
 
172 aa  65.1  0.0000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  31.85 
 
 
187 aa  64.7  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.71 
 
 
169 aa  64.7  0.0000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.78 
 
 
170 aa  64.3  0.0000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  29.61 
 
 
172 aa  64.3  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.78 
 
 
170 aa  64.3  0.0000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3812  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.49 
 
 
172 aa  64.3  0.0000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0938836  normal  0.91348 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.77 
 
 
194 aa  64.3  0.0000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0757  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.68 
 
 
168 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.990255  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.63 
 
 
162 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.78 
 
 
170 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  28.48 
 
 
176 aa  63.5  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.82 
 
 
166 aa  63.2  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  31.41 
 
 
214 aa  62.8  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>