More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_1550 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1550  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  100 
 
 
222 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.362931  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1529  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  99.55 
 
 
222 aa  442  1e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.77026  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4778  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  93.69 
 
 
218 aa  414  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.310601  normal  0.199717 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1607  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  96.4 
 
 
222 aa  411  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483087  normal  0.0648127 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1632  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  96.4 
 
 
222 aa  411  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281996  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1152  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  96.4 
 
 
222 aa  411  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0103149  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1606  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  86.94 
 
 
215 aa  358  3e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000842587 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1917  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  72.44 
 
 
237 aa  314  6e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1634  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  72.44 
 
 
237 aa  314  6e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0463569  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2076  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  72.44 
 
 
237 aa  314  6e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.370816  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0297  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  72.44 
 
 
237 aa  314  6e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330584  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0864  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  72.44 
 
 
237 aa  314  6e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0195971  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1931  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  72.44 
 
 
237 aa  314  6e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.385484  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2427  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  72.81 
 
 
237 aa  312  2.9999999999999996e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.773332  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1191  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  77.95 
 
 
207 aa  304  9.000000000000001e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4063  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  72 
 
 
223 aa  304  9.000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.806814 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0517  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  71.43 
 
 
223 aa  299  2e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4047  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  68.75 
 
 
244 aa  260  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.750975  normal  0.908185 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2827  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  41.29 
 
 
187 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  40.65 
 
 
176 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  40.74 
 
 
159 aa  117  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  40 
 
 
184 aa  116  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  40.65 
 
 
187 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  40 
 
 
176 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  40 
 
 
176 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  40.24 
 
 
169 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  40 
 
 
176 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  38.75 
 
 
178 aa  111  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  40 
 
 
178 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  38.31 
 
 
171 aa  100  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3323  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.94 
 
 
204 aa  100  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.130474 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.01 
 
 
260 aa  98.2  9e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25290  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  36.59 
 
 
166 aa  94.7  9e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3752  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.22 
 
 
181 aa  92.4  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401428  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.37 
 
 
210 aa  91.7  8e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  33.93 
 
 
179 aa  88.2  9e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.55 
 
 
177 aa  87.8  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.189895 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4804  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
219 aa  82  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127624  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.91 
 
 
174 aa  79  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35.05 
 
 
195 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.92 
 
 
169 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5732  sigma factor  32.34 
 
 
207 aa  73.9  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  32.95 
 
 
181 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.7 
 
 
171 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  38.93 
 
 
236 aa  72.8  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.09 
 
 
165 aa  72  0.000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.588251  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.28 
 
 
171 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.91 
 
 
171 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  28.57 
 
 
180 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.03 
 
 
157 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.65 
 
 
171 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  34.03 
 
 
185 aa  68.6  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.32 
 
 
174 aa  68.2  0.00000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  31.33 
 
 
194 aa  68.2  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  32.26 
 
 
166 aa  67.8  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.68 
 
 
168 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  32.05 
 
 
179 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1340  fec I like protein  34.75 
 
 
186 aa  67  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4954  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.24 
 
 
182 aa  67  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.35389  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  29.53 
 
 
188 aa  65.9  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  29.7 
 
 
171 aa  65.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4194  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.92 
 
 
170 aa  65.9  0.0000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.746772  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  31.29 
 
 
174 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4275  sigma24, FecI  33.07 
 
 
165 aa  63.9  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.01 
 
 
171 aa  63.5  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  31.76 
 
 
172 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  32.43 
 
 
172 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4119  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.07 
 
 
165 aa  63.9  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1935  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.47 
 
 
169 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.020135 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  31.76 
 
 
172 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0849  RNA polymerase sigma factor  29.68 
 
 
169 aa  62.4  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121371  normal  0.75783 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  30.68 
 
 
188 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37990  RNA polymerase sigma factor  29.37 
 
 
168 aa  62  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000275942  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  31.76 
 
 
172 aa  61.6  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2381  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.9 
 
 
195 aa  60.8  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.599454  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28 
 
 
168 aa  60.5  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37430  RNA polymerase sigma factor  26.14 
 
 
169 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.031593  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0844  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.03 
 
 
175 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.498181  normal  0.882124 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1587  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.91 
 
 
166 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.681382  normal  0.242514 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  24.83 
 
 
168 aa  60.1  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3126  RNA polymerase sigma factor  28.57 
 
 
168 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0858  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.03 
 
 
175 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  27.17 
 
 
175 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  28.26 
 
 
159 aa  59.3  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2779  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.21 
 
 
168 aa  59.3  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.310958  normal  0.121216 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  28.75 
 
 
166 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22650  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  28.76 
 
 
174 aa  58.9  0.00000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.308383  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  28.87 
 
 
172 aa  58.9  0.00000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3086  RNA polymerase sigma-70 factor, putative  30.06 
 
 
168 aa  58.5  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.17 
 
 
165 aa  58.5  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  29.73 
 
 
172 aa  58.5  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5187  RNA polymerase sigma factor  31.76 
 
 
172 aa  58.5  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.879511  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3664  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.91 
 
 
166 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.409178  normal  0.448138 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64700  RNA polymerase sigma factor  32.33 
 
 
178 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00208026  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3326  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.75 
 
 
179 aa  57.8  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0420  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.56 
 
 
164 aa  57  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.193061  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1182  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.45 
 
 
169 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.324595  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  29.73 
 
 
172 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.99 
 
 
167 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1159  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.45 
 
 
169 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>