247 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_2018 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_2018  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
228 aa  462  1e-129  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.865187  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  38.79 
 
 
175 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  38.55 
 
 
175 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
171 aa  75.9  0.0000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  36.07 
 
 
159 aa  72  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  34.53 
 
 
159 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  35.46 
 
 
158 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  31.21 
 
 
160 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  33.82 
 
 
171 aa  70.1  0.00000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7286  sigma factor  34.27 
 
 
180 aa  68.6  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  32.86 
 
 
234 aa  68.2  0.00000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  35.51 
 
 
193 aa  65.5  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  34.81 
 
 
165 aa  65.1  0.0000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.51 
 
 
166 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  30.5 
 
 
158 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  31.91 
 
 
158 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  32.97 
 
 
182 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.78 
 
 
180 aa  62.8  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  34.78 
 
 
180 aa  62.4  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.58 
 
 
173 aa  62.4  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  30.43 
 
 
185 aa  62.4  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  37.78 
 
 
374 aa  62  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  37.78 
 
 
374 aa  61.6  0.000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.4 
 
 
187 aa  60.8  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  30.5 
 
 
158 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1340  fec I like protein  34.32 
 
 
186 aa  60.1  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  35.17 
 
 
173 aa  60.1  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25290  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  29.38 
 
 
166 aa  58.9  0.00000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  33.58 
 
 
174 aa  58.9  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  55.56 
 
 
171 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  27.95 
 
 
184 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  26.71 
 
 
176 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  34.23 
 
 
188 aa  57.8  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  36.52 
 
 
171 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.48 
 
 
181 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  26.71 
 
 
176 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  26.09 
 
 
176 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.26 
 
 
163 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.07 
 
 
167 aa  57.4  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.09 
 
 
260 aa  57.4  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4750  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.53 
 
 
199 aa  56.6  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135059  normal  0.660799 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  30.15 
 
 
166 aa  56.2  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00872  extracytoplasmic function sigma factor transcription regulator protein  31.62 
 
 
194 aa  55.8  0.0000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.037032  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  26.09 
 
 
176 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  26.71 
 
 
187 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  27.33 
 
 
178 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3022  putative RNA polymerase sigma factor  30.13 
 
 
175 aa  54.7  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4646  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.26 
 
 
172 aa  54.7  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4981  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.83 
 
 
193 aa  54.3  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000475224 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.91 
 
 
210 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  27.33 
 
 
178 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2827  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  26.71 
 
 
187 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  25.49 
 
 
159 aa  53.9  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.85 
 
 
162 aa  53.5  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  28.77 
 
 
166 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  28.97 
 
 
171 aa  52.8  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3752  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.77 
 
 
181 aa  52.8  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401428  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.88 
 
 
162 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.85 
 
 
165 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  36 
 
 
180 aa  52  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  28.37 
 
 
183 aa  52  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  34.44 
 
 
374 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0858  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.65 
 
 
175 aa  51.6  0.000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.86 
 
 
191 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0409  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.14 
 
 
205 aa  51.2  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.220801 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.25 
 
 
171 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4804  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.4 
 
 
219 aa  50.8  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127624  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.86 
 
 
194 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2446  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.91 
 
 
203 aa  50.4  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.914763  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1134  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30 
 
 
175 aa  50.4  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  26.87 
 
 
179 aa  50.8  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.73 
 
 
171 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.14 
 
 
169 aa  50.8  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.73 
 
 
183 aa  50.8  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572123  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  51.11 
 
 
182 aa  50.4  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.56762 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  31.62 
 
 
151 aa  49.7  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.78 
 
 
148 aa  50.1  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239083  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  25.88 
 
 
172 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.73 
 
 
171 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3733  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.11 
 
 
207 aa  49.3  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  28.77 
 
 
182 aa  48.9  0.00007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0849  RNA polymerase sigma factor  30 
 
 
169 aa  48.5  0.00008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121371  normal  0.75783 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.33 
 
 
169 aa  48.5  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2762  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
201 aa  48.5  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.452379 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4940  RNA polymerase sigma factor  35.24 
 
 
249 aa  48.5  0.00009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25404  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1890  transcriptional regulator, LuxR family  23.46 
 
 
199 aa  48.5  0.00009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.44 
 
 
171 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.14 
 
 
169 aa  47.8  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  32.73 
 
 
178 aa  48.1  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  29.2 
 
 
169 aa  48.1  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2189  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
194 aa  47.8  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00685131  hitchhiker  0.0000420752 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.97 
 
 
191 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.41 
 
 
161 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  28.31 
 
 
187 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6292  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.89 
 
 
219 aa  47.4  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.23 
 
 
174 aa  47.4  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.36 
 
 
195 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2728  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.33 
 
 
165 aa  47.4  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122387 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.41 
 
 
165 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.38 
 
 
176 aa  47.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>