More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_0141 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
148 aa  296  7e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239083  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.13 
 
 
187 aa  112  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.94 
 
 
190 aa  103  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  39.31 
 
 
173 aa  96.3  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.67 
 
 
203 aa  82.4  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.14 
 
 
183 aa  82  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572123  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.68 
 
 
166 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34 
 
 
175 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  34 
 
 
175 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1861  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.69 
 
 
197 aa  80.1  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.24154  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.14 
 
 
173 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  34.11 
 
 
168 aa  77.4  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  33.1 
 
 
165 aa  76.6  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.67 
 
 
162 aa  75.9  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1808  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.58 
 
 
221 aa  75.1  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  34.56 
 
 
188 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1522  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34 
 
 
189 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.69 
 
 
180 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35 
 
 
165 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  34.69 
 
 
180 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.5 
 
 
166 aa  73.6  0.0000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.29 
 
 
195 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1134  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.69 
 
 
175 aa  72.4  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.71 
 
 
194 aa  72  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35.71 
 
 
191 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0176  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.41 
 
 
206 aa  71.6  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.658272  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  32.48 
 
 
182 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.71 
 
 
191 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.78 
 
 
169 aa  70.5  0.000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.39 
 
 
159 aa  69.7  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  33.57 
 
 
181 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.42 
 
 
170 aa  68.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.57 
 
 
163 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.61 
 
 
169 aa  68.2  0.00000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  35 
 
 
194 aa  68.2  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  30.82 
 
 
151 aa  67.8  0.00000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.47 
 
 
188 aa  67.8  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.99 
 
 
171 aa  67.8  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.11 
 
 
194 aa  67.4  0.00000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.11 
 
 
169 aa  67  0.00000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.54 
 
 
176 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  32.89 
 
 
159 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4299  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.62 
 
 
169 aa  66.6  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  36.29 
 
 
166 aa  66.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.75 
 
 
171 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  29.25 
 
 
166 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  32.09 
 
 
196 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2102  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.53 
 
 
178 aa  65.5  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.488578  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  32 
 
 
179 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  30.5 
 
 
166 aa  65.5  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0160  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.37 
 
 
171 aa  65.5  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.329476  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  34.04 
 
 
171 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.62 
 
 
161 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  34.88 
 
 
166 aa  65.5  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.62 
 
 
165 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.27 
 
 
165 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  30.87 
 
 
158 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2728  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.11 
 
 
165 aa  64.3  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122387 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  35 
 
 
166 aa  64.3  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3752  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.08 
 
 
181 aa  63.9  0.0000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401428  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  33.08 
 
 
170 aa  63.9  0.0000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  35.81 
 
 
374 aa  63.9  0.0000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  31.54 
 
 
158 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  33.58 
 
 
234 aa  63.5  0.0000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.5 
 
 
162 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  34.68 
 
 
159 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.37 
 
 
193 aa  62.8  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.681146  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35.81 
 
 
374 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.58 
 
 
216 aa  62.8  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.325011 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.77 
 
 
176 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3360  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.14 
 
 
170 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.289127  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  29.41 
 
 
172 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3326  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.78 
 
 
179 aa  62.4  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.63 
 
 
177 aa  62.4  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.189895 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  36.62 
 
 
374 aa  62  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  31.65 
 
 
158 aa  62  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  32.84 
 
 
172 aa  62  0.000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  33.33 
 
 
214 aa  61.6  0.000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2598  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.85 
 
 
201 aa  62  0.000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.39 
 
 
165 aa  62  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.58 
 
 
181 aa  61.2  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1226  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  27.03 
 
 
155 aa  61.6  0.000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.670431  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.66 
 
 
161 aa  61.6  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1587  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.33 
 
 
166 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.681382  normal  0.242514 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.82 
 
 
168 aa  60.8  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.62 
 
 
187 aa  60.8  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30 
 
 
176 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.67 
 
 
171 aa  60.8  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00587435 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.1 
 
 
175 aa  60.8  0.000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.3 
 
 
176 aa  60.8  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  29.66 
 
 
185 aa  60.5  0.000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  30.2 
 
 
158 aa  60.1  0.000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3664  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.58 
 
 
166 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.409178  normal  0.448138 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.97 
 
 
165 aa  59.7  0.00000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.588251  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2232  sigma-24 (FecI-like)  35.65 
 
 
181 aa  60.1  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.684813  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.37 
 
 
170 aa  60.1  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.16 
 
 
178 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.66 
 
 
184 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  34.38 
 
 
169 aa  58.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.47 
 
 
189 aa  58.9  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>