More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_3326 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012880  Dd703_3326  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
179 aa  368  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0606  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  70.59 
 
 
180 aa  250  8.000000000000001e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01100  ECF sigma factor, FecI family  53.53 
 
 
176 aa  184  8e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.678701  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3325  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50 
 
 
172 aa  169  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0667  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  50 
 
 
178 aa  168  5e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3812  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.04 
 
 
172 aa  154  5.0000000000000005e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0938836  normal  0.91348 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3086  RNA polymerase sigma-70 factor, putative  49.09 
 
 
168 aa  150  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  46.06 
 
 
196 aa  150  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2779  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.41 
 
 
168 aa  148  5e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.310958  normal  0.121216 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.71 
 
 
182 aa  142  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  45.4 
 
 
168 aa  141  4e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5893  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.06 
 
 
171 aa  139  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.830728  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  49.67 
 
 
168 aa  139  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  42.51 
 
 
172 aa  138  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  42.42 
 
 
166 aa  138  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.83 
 
 
171 aa  137  6e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.91 
 
 
174 aa  137  6e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.58 
 
 
168 aa  137  7.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3268  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  53.75 
 
 
163 aa  135  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.191467  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  46.79 
 
 
157 aa  134  9e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2580  sigma-70 region 2  42.26 
 
 
169 aa  131  6e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.346499  normal  0.245048 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  43.4 
 
 
166 aa  130  6.999999999999999e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2337  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.42 
 
 
170 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.76938  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.7 
 
 
167 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.1 
 
 
168 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2301  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.15 
 
 
174 aa  129  3e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.288382  normal  0.197557 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3577  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  41.32 
 
 
170 aa  127  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2194  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.32 
 
 
170 aa  127  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.67 
 
 
171 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.615408 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3360  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.94 
 
 
170 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.289127  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.92 
 
 
171 aa  121  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  41.32 
 
 
171 aa  120  7e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4231  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.36 
 
 
168 aa  120  7e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1383  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.51 
 
 
169 aa  120  8e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00102713  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4159  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.36 
 
 
168 aa  120  8e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1419  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  43.51 
 
 
169 aa  120  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0340587  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.51 
 
 
169 aa  120  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.50478  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1506  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  43.51 
 
 
169 aa  120  9e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0804229  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.51 
 
 
169 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0728748  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1159  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.51 
 
 
169 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1182  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.51 
 
 
169 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.324595  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0420  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.51 
 
 
164 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.193061  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1935  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.76 
 
 
169 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.020135 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.51 
 
 
171 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0872  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.72 
 
 
168 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4502  sigma-24 (FecI-like)  39.16 
 
 
169 aa  119  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0212205  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3274  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.1 
 
 
167 aa  119  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.41453  normal  0.0460186 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4366  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.76 
 
 
168 aa  118  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.21 
 
 
159 aa  117  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.813832 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  39.64 
 
 
173 aa  116  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.64 
 
 
173 aa  116  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  39.64 
 
 
173 aa  116  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.49 
 
 
171 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02250  RNA polymerase sigma factor, FecI family  38.79 
 
 
167 aa  116  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  39.64 
 
 
173 aa  116  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  39.64 
 
 
173 aa  116  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0123  sigma-24 (FecI)  40.83 
 
 
182 aa  115  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.332302  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1587  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.65 
 
 
166 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.681382  normal  0.242514 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.61 
 
 
187 aa  115  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  39.87 
 
 
164 aa  114  5e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.95 
 
 
169 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.427786  normal  0.0741559 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.63 
 
 
169 aa  114  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3664  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.13 
 
 
166 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.409178  normal  0.448138 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4299  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.36 
 
 
169 aa  113  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3315  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.64 
 
 
176 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0877  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.95 
 
 
169 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1359  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.95 
 
 
169 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  38.22 
 
 
179 aa  112  3e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6117  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.38 
 
 
183 aa  112  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0849  RNA polymerase sigma factor  41.72 
 
 
169 aa  111  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121371  normal  0.75783 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  42.21 
 
 
180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4074  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.89 
 
 
172 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.240702  normal  0.858688 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5129  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.71 
 
 
166 aa  109  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0324934  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2067  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.32 
 
 
168 aa  108  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4001  RNA polymerase sigma K factor  40.26 
 
 
169 aa  108  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108923  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  38.55 
 
 
172 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0757  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.96 
 
 
168 aa  106  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.990255  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  37.35 
 
 
172 aa  105  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13460  RNA polymerase sigma factor  38.31 
 
 
169 aa  105  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0861545  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1151  RNA polymerase sigma factor  35.44 
 
 
173 aa  103  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0858  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.52 
 
 
175 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  37.8 
 
 
172 aa  103  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  37.89 
 
 
164 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4611  RNA polymerase sigma factor  38.51 
 
 
170 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1040  RNA polymerase sigma factor  37.2 
 
 
167 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  37.01 
 
 
169 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.12 
 
 
169 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21550  ECF sigma factor, FecI family  40.62 
 
 
175 aa  102  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0844  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.16 
 
 
175 aa  101  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.498181  normal  0.882124 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  36.69 
 
 
172 aa  101  7e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1209  RNA polymerase sigma-70 family protein  37.2 
 
 
168 aa  101  7e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  36.59 
 
 
172 aa  100  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  36.59 
 
 
172 aa  99.8  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5187  RNA polymerase sigma factor  36.14 
 
 
172 aa  100  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.879511  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 
174 aa  99.8  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2770  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  41.67 
 
 
172 aa  99  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220559  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22650  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  37.36 
 
 
174 aa  98.6  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.308383  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  34.52 
 
 
170 aa  97.8  6e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  35.98 
 
 
172 aa  98.2  6e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0180  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.86 
 
 
167 aa  97.8  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.553473  normal  0.734896 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>