More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4313 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
162 aa  332  1e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  91.93 
 
 
165 aa  308  2e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  92.55 
 
 
161 aa  307  4e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  91.93 
 
 
165 aa  305  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  73.2 
 
 
166 aa  243  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  58.55 
 
 
166 aa  188  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  43.54 
 
 
234 aa  117  6e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  42.28 
 
 
158 aa  112  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  40.54 
 
 
160 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  42.28 
 
 
158 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  40.94 
 
 
158 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  38.78 
 
 
158 aa  105  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  38.51 
 
 
159 aa  103  8e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.11 
 
 
171 aa  101  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  39.19 
 
 
159 aa  100  9e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  34.64 
 
 
180 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  38.95 
 
 
175 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  33.77 
 
 
165 aa  86.7  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2075  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.46 
 
 
173 aa  85.9  2e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  39.88 
 
 
175 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0849  RNA polymerase sigma factor  36.3 
 
 
169 aa  85.5  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121371  normal  0.75783 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  33.54 
 
 
171 aa  84.7  4e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  36.84 
 
 
168 aa  84  7e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  33.75 
 
 
374 aa  84  9e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  35.26 
 
 
178 aa  84  9e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.93 
 
 
374 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  32.93 
 
 
374 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  36.49 
 
 
172 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  36.49 
 
 
172 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  35.76 
 
 
174 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  33.12 
 
 
194 aa  82.8  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  34.87 
 
 
188 aa  80.9  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  33.12 
 
 
174 aa  80.5  0.000000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  28.29 
 
 
185 aa  80.1  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47170  RNA polymerase sigma factor, FecI family  33.33 
 
 
160 aa  79.7  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.236837  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.18 
 
 
169 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  32.39 
 
 
166 aa  79.7  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0858  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.38 
 
 
175 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  32.19 
 
 
168 aa  79.3  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  32.72 
 
 
172 aa  79.3  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  36.02 
 
 
440 aa  79.3  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  30.6 
 
 
185 aa  78.6  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1226  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.41 
 
 
155 aa  79  0.00000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.670431  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00872  extracytoplasmic function sigma factor transcription regulator protein  33.78 
 
 
194 aa  78.2  0.00000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.037032  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35.06 
 
 
195 aa  78.2  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  35.06 
 
 
181 aa  77.8  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  34.46 
 
 
172 aa  77.4  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0844  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.96 
 
 
175 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.498181  normal  0.882124 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  33.78 
 
 
172 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  33.11 
 
 
179 aa  77  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.52 
 
 
210 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  33.78 
 
 
172 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  31.72 
 
 
172 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  28.93 
 
 
188 aa  75.9  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
172 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  36.08 
 
 
171 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.57 
 
 
203 aa  75.5  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.77 
 
 
182 aa  74.7  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3752  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.03 
 
 
181 aa  74.7  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401428  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3326  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.11 
 
 
179 aa  74.7  0.0000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5893  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.57 
 
 
171 aa  74.3  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.830728  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.67 
 
 
174 aa  73.9  0.0000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0757  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.78 
 
 
168 aa  73.9  0.0000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.990255  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.11 
 
 
187 aa  73.9  0.0000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.94 
 
 
165 aa  73.9  0.0000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.588251  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  30.46 
 
 
172 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.12 
 
 
176 aa  73.2  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  32.26 
 
 
173 aa  73.6  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13460  RNA polymerase sigma factor  33.1 
 
 
169 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0861545  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  35.44 
 
 
171 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  33.33 
 
 
173 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
173 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1935  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.1 
 
 
169 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.020135 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  33.33 
 
 
173 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  28.38 
 
 
189 aa  72.8  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  33.33 
 
 
173 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.86 
 
 
169 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  33.33 
 
 
173 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0877  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.41 
 
 
169 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1359  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.41 
 
 
169 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.67 
 
 
167 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
161 aa  72  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5187  RNA polymerase sigma factor  33.11 
 
 
172 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.879511  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  32.41 
 
 
169 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4194  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.77 
 
 
170 aa  72  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.746772  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.48 
 
 
168 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  33.33 
 
 
196 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.88 
 
 
174 aa  71.6  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  32.89 
 
 
166 aa  71.2  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4502  sigma-24 (FecI-like)  31.25 
 
 
169 aa  71.2  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0212205  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.61 
 
 
157 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3325  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.79 
 
 
172 aa  70.9  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3126  RNA polymerase sigma factor  29.45 
 
 
168 aa  70.9  0.000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.25 
 
 
175 aa  70.9  0.000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  32.89 
 
 
170 aa  70.5  0.000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.09 
 
 
189 aa  69.7  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  32.05 
 
 
172 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  30.82 
 
 
169 aa  70.1  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1051  sigma-24 (FecI)  31.54 
 
 
178 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3268  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.55 
 
 
163 aa  70.1  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.191467  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>