More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_2728 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_2728  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
165 aa  332  2e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122387 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.95 
 
 
203 aa  154  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.04 
 
 
161 aa  113  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.25 
 
 
171 aa  97.4  7e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.99 
 
 
173 aa  86.3  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.3 
 
 
170 aa  80.9  0.000000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.55 
 
 
162 aa  80.1  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  37.34 
 
 
175 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.48 
 
 
165 aa  78.2  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  37.27 
 
 
175 aa  77.4  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  34.78 
 
 
158 aa  77.4  0.00000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1861  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.78 
 
 
197 aa  77.4  0.00000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.24154  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  34.42 
 
 
159 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1808  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.67 
 
 
221 aa  75.5  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  27.95 
 
 
168 aa  75.1  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  30.32 
 
 
185 aa  74.7  0.0000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1381  RNA polymerase sigma-70 factor  31.01 
 
 
201 aa  73.6  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.57599  normal  0.201536 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  29.88 
 
 
188 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.54 
 
 
170 aa  72  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  33.75 
 
 
158 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.19 
 
 
169 aa  71.6  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.52 
 
 
169 aa  71.2  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  32.26 
 
 
160 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.61 
 
 
163 aa  70.9  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.12 
 
 
191 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  29.41 
 
 
234 aa  70.1  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2356  RNA polymerase sigma-70 factor  30.67 
 
 
200 aa  70.1  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.240028  normal  0.522752 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.32 
 
 
167 aa  69.7  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  28.57 
 
 
165 aa  68.9  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.25 
 
 
194 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.25 
 
 
191 aa  68.6  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.95 
 
 
190 aa  67.8  0.00000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.85 
 
 
171 aa  67.8  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  32.92 
 
 
172 aa  67.4  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  33.53 
 
 
158 aa  67.4  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.55 
 
 
195 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  33.33 
 
 
173 aa  65.9  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  33.12 
 
 
178 aa  65.9  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1522  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.99 
 
 
189 aa  66.2  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  32.14 
 
 
181 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  34.85 
 
 
171 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  35.06 
 
 
158 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  31.91 
 
 
179 aa  65.5  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  30.49 
 
 
194 aa  65.5  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  34.42 
 
 
159 aa  65.1  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  31.61 
 
 
173 aa  64.7  0.0000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.61 
 
 
173 aa  64.7  0.0000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  31.61 
 
 
173 aa  64.7  0.0000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.39 
 
 
193 aa  64.7  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.681146  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4099  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.56 
 
 
180 aa  64.7  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.29 
 
 
260 aa  65.1  0.0000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  31.61 
 
 
173 aa  64.7  0.0000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  31.61 
 
 
173 aa  64.7  0.0000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.68 
 
 
175 aa  64.7  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3791  RNA polymerase sigma-70 factor  28.87 
 
 
201 aa  64.3  0.0000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.65 
 
 
176 aa  64.3  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  31.45 
 
 
180 aa  64.3  0.0000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.45 
 
 
180 aa  64.3  0.0000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  30.86 
 
 
188 aa  63.9  0.0000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  29.88 
 
 
166 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.25 
 
 
171 aa  63.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00587435 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4159  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.06 
 
 
168 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.26 
 
 
165 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6742  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.19 
 
 
196 aa  62.4  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318471  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2724  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  30.19 
 
 
197 aa  62.4  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4231  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.06 
 
 
168 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.49 
 
 
199 aa  62.8  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4366  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.06 
 
 
168 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0340  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.82 
 
 
202 aa  62.8  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.49 
 
 
199 aa  62  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  30.88 
 
 
166 aa  62  0.000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  35 
 
 
168 aa  62.4  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.95 
 
 
194 aa  61.6  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  31.71 
 
 
172 aa  61.2  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06430  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  30.19 
 
 
197 aa  61.2  0.000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.39 
 
 
174 aa  61.2  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1108  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35 
 
 
173 aa  61.2  0.000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2006  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.1 
 
 
203 aa  60.8  0.000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.593856  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  30.19 
 
 
180 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.55 
 
 
169 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4299  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.52 
 
 
169 aa  60.1  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2285  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  30.82 
 
 
195 aa  59.7  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116756 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  31.79 
 
 
187 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  31.71 
 
 
172 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  28.57 
 
 
182 aa  59.7  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.08 
 
 
169 aa  59.7  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  26.71 
 
 
166 aa  59.7  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  31.58 
 
 
236 aa  58.9  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.28 
 
 
199 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.28 
 
 
199 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
166 aa  58.9  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6157  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.21 
 
 
188 aa  58.9  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200683 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.28 
 
 
199 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.28 
 
 
199 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  30.43 
 
 
174 aa  58.9  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.28 
 
 
199 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.28 
 
 
199 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.28 
 
 
199 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.28 
 
 
199 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.28 
 
 
199 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>