More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sbal195_4366 on replicon NC_009997
Organism: Shewanella baltica OS195



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009997  Sbal195_4366  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
168 aa  345  1e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4231  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  98.81 
 
 
168 aa  342  1e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4159  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  98.81 
 
 
168 aa  342  2e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  54.25 
 
 
168 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  54.9 
 
 
172 aa  169  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4299  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.78 
 
 
169 aa  167  7e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  45.12 
 
 
168 aa  155  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.06 
 
 
168 aa  153  9e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  47.37 
 
 
157 aa  150  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.11 
 
 
167 aa  150  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  46.01 
 
 
171 aa  148  4e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.01 
 
 
171 aa  147  5e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3812  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.84 
 
 
172 aa  147  8e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0938836  normal  0.91348 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  43.98 
 
 
166 aa  145  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5893  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.3 
 
 
171 aa  145  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.830728  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  49.35 
 
 
168 aa  144  7.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13460  RNA polymerase sigma factor  45.1 
 
 
169 aa  143  9e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0861545  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.1 
 
 
171 aa  143  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  45.86 
 
 
196 aa  143  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  43.59 
 
 
172 aa  143  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.94 
 
 
169 aa  143  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  41.46 
 
 
164 aa  142  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1383  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  40 
 
 
169 aa  142  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00102713  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  43.59 
 
 
172 aa  141  5e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  43.59 
 
 
172 aa  141  5e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.88 
 
 
171 aa  140  7e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  44.67 
 
 
169 aa  140  8e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1182  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  40 
 
 
169 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.324595  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  40 
 
 
169 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.50478  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4502  sigma-24 (FecI-like)  40 
 
 
169 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0212205  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  40 
 
 
169 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0728748  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0420  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  40.24 
 
 
164 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.193061  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1159  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  40 
 
 
169 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1419  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  40 
 
 
169 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0340587  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1506  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  40 
 
 
169 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0804229  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  42.95 
 
 
172 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.65 
 
 
171 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  43.2 
 
 
174 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  43.56 
 
 
172 aa  139  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  40.24 
 
 
164 aa  138  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2779  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.1 
 
 
168 aa  138  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.310958  normal  0.121216 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.2 
 
 
171 aa  137  7e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.615408 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  43.21 
 
 
172 aa  137  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3086  RNA polymerase sigma-70 factor, putative  43.75 
 
 
168 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4074  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.7 
 
 
172 aa  136  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.240702  normal  0.858688 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0877  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40 
 
 
169 aa  135  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1359  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40 
 
 
169 aa  135  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.45 
 
 
169 aa  135  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1209  RNA polymerase sigma-70 family protein  39.88 
 
 
168 aa  134  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  44.23 
 
 
172 aa  134  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1935  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.58 
 
 
169 aa  133  9e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.020135 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  39.22 
 
 
179 aa  134  9e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.79 
 
 
169 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.427786  normal  0.0741559 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4611  RNA polymerase sigma factor  39.38 
 
 
170 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1587  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.96 
 
 
166 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.681382  normal  0.242514 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21550  ECF sigma factor, FecI family  44.81 
 
 
175 aa  133  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.77 
 
 
182 aa  132  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  42.24 
 
 
173 aa  132  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.24 
 
 
173 aa  132  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  42.24 
 
 
173 aa  132  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  42.24 
 
 
173 aa  132  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1040  RNA polymerase sigma factor  40 
 
 
167 aa  132  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5187  RNA polymerase sigma factor  44.23 
 
 
172 aa  132  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.879511  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  42.24 
 
 
173 aa  132  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  44.23 
 
 
172 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3664  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.76 
 
 
166 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.409178  normal  0.448138 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.21 
 
 
174 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3325  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.87 
 
 
172 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4001  RNA polymerase sigma K factor  41.03 
 
 
169 aa  129  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108923  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4194  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.88 
 
 
170 aa  127  9.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.746772  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  41.77 
 
 
180 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2580  sigma-70 region 2  41.29 
 
 
169 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.346499  normal  0.245048 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.35 
 
 
187 aa  124  5e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.74 
 
 
159 aa  124  8.000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.813832 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  38.75 
 
 
166 aa  123  9e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0872  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.32 
 
 
168 aa  123  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22650  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  41.14 
 
 
174 aa  122  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.308383  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  40.79 
 
 
170 aa  122  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3577  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  40.52 
 
 
170 aa  121  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47170  RNA polymerase sigma factor, FecI family  42.77 
 
 
160 aa  121  5e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.236837  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5619  RNA polymerase sigma factor  40.76 
 
 
178 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2194  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.52 
 
 
170 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01100  ECF sigma factor, FecI family  35.54 
 
 
176 aa  119  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.678701  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5129  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.49 
 
 
166 aa  119  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0324934  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3326  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.76 
 
 
179 aa  118  3e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2337  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.52 
 
 
170 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.76938  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3315  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.02 
 
 
176 aa  117  6e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3268  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.87 
 
 
163 aa  117  7e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.191467  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0667  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35.71 
 
 
178 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0123  sigma-24 (FecI)  45.39 
 
 
182 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.332302  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32710  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  46.75 
 
 
172 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.230791  hitchhiker  0.0000303722 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3274  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.77 
 
 
167 aa  115  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.41453  normal  0.0460186 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3360  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.13 
 
 
170 aa  114  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.289127  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0690  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.97 
 
 
168 aa  114  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0606  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.55 
 
 
180 aa  114  7.999999999999999e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64700  RNA polymerase sigma factor  38.85 
 
 
178 aa  114  8.999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00208026  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2770  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  46.1 
 
 
172 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220559  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0180  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.74 
 
 
167 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.553473  normal  0.734896 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  44.08 
 
 
173 aa  112  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000293029 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1151  RNA polymerase sigma factor  39.61 
 
 
173 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>