More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0699 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



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Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
165 aa  332  1e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  40.85 
 
 
188 aa  111  4.0000000000000004e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  39.46 
 
 
165 aa  107  9.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  40 
 
 
175 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.36 
 
 
163 aa  101  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  41.29 
 
 
175 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  38.12 
 
 
172 aa  95.5  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  36.59 
 
 
171 aa  95.5  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  36.59 
 
 
171 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.14 
 
 
171 aa  94  8e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  37.82 
 
 
171 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.45 
 
 
180 aa  92  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  41.45 
 
 
180 aa  92  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.89 
 
 
169 aa  91.7  4e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  37.09 
 
 
173 aa  91.3  6e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.72 
 
 
181 aa  90.9  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  40.29 
 
 
187 aa  90.5  8e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.19 
 
 
162 aa  90.9  8e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.33 
 
 
190 aa  90.5  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  39.46 
 
 
172 aa  89.7  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.27 
 
 
169 aa  88.6  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  37.67 
 
 
151 aa  87.8  6e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.35 
 
 
169 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  36.31 
 
 
166 aa  86.3  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  35.48 
 
 
179 aa  86.3  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.9 
 
 
171 aa  85.5  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.26 
 
 
171 aa  84.7  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  38.1 
 
 
168 aa  84.3  6e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  38.26 
 
 
159 aa  84.3  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  36.02 
 
 
172 aa  84.3  7e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.9 
 
 
171 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.18 
 
 
170 aa  83.2  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  39.33 
 
 
374 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  34 
 
 
182 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.37 
 
 
203 aa  83.2  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  31.9 
 
 
171 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  39.1 
 
 
181 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.44 
 
 
166 aa  82  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01100  ECF sigma factor, FecI family  38.06 
 
 
176 aa  81.6  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.678701  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  38.67 
 
 
374 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  39.1 
 
 
195 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  36.77 
 
 
188 aa  81.6  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  38.93 
 
 
374 aa  81.3  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  37.16 
 
 
158 aa  80.9  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.01 
 
 
170 aa  80.9  0.000000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  35.17 
 
 
183 aa  80.5  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.1 
 
 
169 aa  80.5  0.000000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  36.88 
 
 
174 aa  80.5  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1134  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36 
 
 
175 aa  80.5  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  35.92 
 
 
160 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4299  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.05 
 
 
169 aa  79.7  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.4 
 
 
173 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.62 
 
 
169 aa  79  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  38.3 
 
 
170 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.3 
 
 
170 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.13 
 
 
191 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35.9 
 
 
181 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0813524 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.3 
 
 
170 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2728  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.48 
 
 
165 aa  78.2  0.00000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122387 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.41 
 
 
176 aa  77.4  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.94 
 
 
171 aa  77.4  0.00000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00587435 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  36.05 
 
 
166 aa  77.4  0.00000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  36.88 
 
 
158 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  32 
 
 
189 aa  77.4  0.00000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  35.62 
 
 
166 aa  77.4  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.57 
 
 
182 aa  77  0.00000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  35.92 
 
 
158 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  29.84 
 
 
185 aa  77  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2006  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.91 
 
 
203 aa  77  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.593856  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  30.26 
 
 
173 aa  76.3  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.26 
 
 
173 aa  76.3  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.84 
 
 
191 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  30.26 
 
 
173 aa  76.3  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  29.45 
 
 
170 aa  76.3  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  30.06 
 
 
214 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  30.26 
 
 
173 aa  76.3  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.13 
 
 
170 aa  76.3  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.13 
 
 
184 aa  76.3  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.84 
 
 
194 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.62 
 
 
181 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  30.26 
 
 
173 aa  76.3  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.18 
 
 
165 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  29.86 
 
 
169 aa  75.5  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  34.84 
 
 
194 aa  75.5  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  33.74 
 
 
236 aa  75.9  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4366  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.03 
 
 
168 aa  75.1  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4159  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.77 
 
 
168 aa  75.1  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4231  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.03 
 
 
168 aa  75.1  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1286  RNA polymerase sigma-70 family protein  36.67 
 
 
180 aa  74.7  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  31.79 
 
 
440 aa  74.7  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.97 
 
 
167 aa  74.7  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2633  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.34 
 
 
173 aa  74.3  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_007778  RPB_3128  sigma-24 (FecI-like)  31.13 
 
 
169 aa  74.7  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.311095 
 
 
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NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  34.36 
 
 
178 aa  74.3  0.0000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
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NC_010002  Daci_4750  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.95 
 
 
199 aa  74.7  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135059  normal  0.660799 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0667  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.54 
 
 
178 aa  73.9  0.0000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_010338  Caul_1861  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35 
 
 
197 aa  73.9  0.0000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.24154  normal 
 
 
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NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.38 
 
 
161 aa  73.9  0.0000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.72 
 
 
167 aa  73.9  0.0000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  32.61 
 
 
172 aa  73.9  0.0000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
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