More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0656 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  100 
 
 
151 aa  307  4e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  61.07 
 
 
171 aa  189  8e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  57.05 
 
 
214 aa  174  3e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  51.33 
 
 
170 aa  154  4e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.95 
 
 
173 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  44.37 
 
 
172 aa  127  7.000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.9 
 
 
170 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  44.22 
 
 
170 aa  116  9e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.22 
 
 
170 aa  116  9e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.22 
 
 
170 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  44.59 
 
 
187 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  41.22 
 
 
172 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1286  RNA polymerase sigma-70 family protein  41.89 
 
 
180 aa  101  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  36.55 
 
 
171 aa  90.5  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  37.41 
 
 
173 aa  89.4  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.75 
 
 
180 aa  89.4  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  35.86 
 
 
171 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.18 
 
 
170 aa  90.1  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  37.75 
 
 
180 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.67 
 
 
165 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.8 
 
 
171 aa  87  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.96 
 
 
169 aa  87  8e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.93 
 
 
169 aa  86.3  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  36.88 
 
 
159 aa  84  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.14 
 
 
166 aa  84.3  6e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  36.69 
 
 
188 aa  84  6e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  34.9 
 
 
169 aa  84  7e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  37.98 
 
 
159 aa  80.9  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  33.82 
 
 
189 aa  79.3  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  35.37 
 
 
374 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  36.05 
 
 
374 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35.37 
 
 
374 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  34.51 
 
 
160 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.29 
 
 
167 aa  78.6  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  36.69 
 
 
158 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.57 
 
 
173 aa  77.4  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.21 
 
 
189 aa  77  0.00000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.72 
 
 
169 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  37.14 
 
 
158 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  36.69 
 
 
183 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  36.69 
 
 
158 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  36.36 
 
 
179 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  29.63 
 
 
185 aa  73.6  0.0000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3503  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.11 
 
 
203 aa  72.8  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.707859  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3720  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.21 
 
 
186 aa  71.6  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.344923  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4750  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.24 
 
 
199 aa  71.2  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135059  normal  0.660799 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.66 
 
 
188 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  35.97 
 
 
158 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  33.57 
 
 
178 aa  70.9  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
194 aa  71.2  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  37.14 
 
 
176 aa  70.9  0.000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  34.42 
 
 
159 aa  70.9  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  33.56 
 
 
166 aa  70.5  0.000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1123  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.65 
 
 
196 aa  70.5  0.000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.58 
 
 
165 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2387  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.11 
 
 
169 aa  69.7  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572366  normal  0.608857 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  30.2 
 
 
196 aa  70.1  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35.42 
 
 
175 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.58 
 
 
191 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.77 
 
 
191 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4008  RNA polymerase sigma factor SigE  33.33 
 
 
253 aa  69.3  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.290369  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.61 
 
 
174 aa  68.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  34.93 
 
 
166 aa  68.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3994  RNA polymerase sigma factor SigE  31.51 
 
 
260 aa  69.3  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.622546  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4068  RNA polymerase sigma factor SigE  31.51 
 
 
260 aa  69.3  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0887025  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3323  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.86 
 
 
204 aa  68.6  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.130474 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  30.71 
 
 
182 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.58 
 
 
194 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  30.66 
 
 
165 aa  68.2  0.00000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  32 
 
 
166 aa  67.8  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.88 
 
 
181 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.46 
 
 
187 aa  67.8  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  34.03 
 
 
175 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.06 
 
 
181 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.33 
 
 
171 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.64 
 
 
184 aa  67  0.00000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  27.52 
 
 
168 aa  67  0.00000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25290  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.8 
 
 
166 aa  66.6  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  26.71 
 
 
234 aa  66.6  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  32.85 
 
 
181 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11245  RNA polymerase sigma factor SigE  32.56 
 
 
257 aa  66.2  0.0000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00634169  normal  0.0158718 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.47 
 
 
176 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.07 
 
 
171 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  32.61 
 
 
180 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1226  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.68 
 
 
155 aa  65.9  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.670431  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1857  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.94 
 
 
201 aa  65.9  0.0000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.389355  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2200  RNA polymerase sigma factor SigE  30.82 
 
 
282 aa  65.5  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.681344  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.33 
 
 
163 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.16 
 
 
181 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0813524 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.88 
 
 
222 aa  65.5  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_002950  PG0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.64 
 
 
193 aa  65.5  0.0000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0444  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.43 
 
 
212 aa  65.5  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0155755  normal  0.700123 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.85 
 
 
195 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  37.59 
 
 
171 aa  65.1  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1067  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.1 
 
 
215 aa  65.1  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0267044  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4496  RNA polymerase sigma factor SigE  32.56 
 
 
269 aa  65.1  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.11684  normal  0.283711 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0342  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.92 
 
 
196 aa  64.7  0.0000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.14 
 
 
223 aa  64.3  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.188745  normal  0.196172 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  35.29 
 
 
170 aa  64.3  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.58 
 
 
171 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>