More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_4835 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009656  PSPA7_4835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  100 
 
 
181 aa  362  2e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  93.92 
 
 
181 aa  339  1e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0813524 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3198  sigma-24 (FecI)  71.27 
 
 
183 aa  243  9e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0767993  hitchhiker  0.00326086 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2232  sigma-24 (FecI-like)  52.35 
 
 
181 aa  162  3e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.684813  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2212  sigma-24 (FecI-like)  44.07 
 
 
202 aa  143  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  46.11 
 
 
183 aa  140  7e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2217  sigma-24 (FecI-like)  47.2 
 
 
183 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.10129  normal  0.130898 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3128  sigma-24 (FecI-like)  46.47 
 
 
169 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.311095 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0480  sigma-24 (FecI-like)  39.23 
 
 
182 aa  122  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0637094  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  40.96 
 
 
182 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2102  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.89 
 
 
178 aa  118  3.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.488578  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2905  sigma-24 (FecI-like)  34.48 
 
 
180 aa  108  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0305707  normal  0.216525 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  40.85 
 
 
193 aa  108  5e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.66 
 
 
181 aa  97.4  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  37.09 
 
 
188 aa  95.9  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2219  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.03 
 
 
176 aa  92.4  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0934432  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.75 
 
 
171 aa  88.6  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.72 
 
 
174 aa  78.6  0.00000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.62 
 
 
165 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  32.34 
 
 
173 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1340  fec I like protein  36.13 
 
 
186 aa  75.5  0.0000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4021  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  30 
 
 
174 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27293  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.21 
 
 
173 aa  73.2  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46660  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  28.83 
 
 
246 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00128883  hitchhiker  0.00000365459 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.4 
 
 
166 aa  72  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  32.68 
 
 
174 aa  71.6  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  35.46 
 
 
180 aa  71.2  0.000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.46 
 
 
180 aa  70.9  0.000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.77 
 
 
187 aa  70.1  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7286  sigma factor  32.9 
 
 
180 aa  70.1  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.18 
 
 
374 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  30.18 
 
 
374 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  31.88 
 
 
151 aa  67.8  0.00000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.25 
 
 
190 aa  67.8  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.37 
 
 
166 aa  67.8  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.09 
 
 
194 aa  67.4  0.00000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  30.67 
 
 
374 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.14 
 
 
170 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.14 
 
 
170 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.14 
 
 
170 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  33.97 
 
 
166 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  33.11 
 
 
234 aa  67  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.95 
 
 
170 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.19 
 
 
169 aa  66.2  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  33.93 
 
 
214 aa  66.6  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.04 
 
 
163 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  32.89 
 
 
158 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.81 
 
 
191 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  31.4 
 
 
172 aa  64.7  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  33.96 
 
 
171 aa  64.7  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2381  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.87 
 
 
195 aa  64.3  0.0000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.599454  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  30.94 
 
 
172 aa  64.3  0.0000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.76 
 
 
165 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  33.13 
 
 
188 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  27.61 
 
 
185 aa  63.5  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  29.48 
 
 
175 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  32.45 
 
 
158 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  29.59 
 
 
185 aa  62.8  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  30.07 
 
 
160 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2387  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.79 
 
 
169 aa  63.5  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572366  normal  0.608857 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  31.06 
 
 
187 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1990  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.41 
 
 
178 aa  62.4  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.730289  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  27.91 
 
 
175 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.33 
 
 
189 aa  62  0.000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  28.66 
 
 
178 aa  62  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  29.75 
 
 
178 aa  61.6  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  34.62 
 
 
176 aa  61.6  0.000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
165 aa  61.2  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1286  RNA polymerase sigma-70 family protein  32.77 
 
 
180 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.26 
 
 
195 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  27.22 
 
 
166 aa  60.5  0.00000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0690  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.19 
 
 
168 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.3 
 
 
173 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.86 
 
 
169 aa  60.5  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  33.12 
 
 
171 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.18 
 
 
161 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.05 
 
 
191 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.41 
 
 
194 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.13 
 
 
162 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  25.95 
 
 
166 aa  59.7  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  27.39 
 
 
165 aa  59.3  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.13 
 
 
165 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  32.45 
 
 
158 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  30.43 
 
 
171 aa  58.5  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00872  extracytoplasmic function sigma factor transcription regulator protein  24.84 
 
 
194 aa  58.2  0.00000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.037032  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.1 
 
 
210 aa  58.2  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.22 
 
 
171 aa  58.2  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.45 
 
 
174 aa  58.2  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  34.48 
 
 
159 aa  58.2  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2356  RNA polymerase sigma-70 factor  28.76 
 
 
200 aa  58.2  0.00000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.240028  normal  0.522752 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.86 
 
 
169 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.99 
 
 
182 aa  57.4  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  30.67 
 
 
158 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2245  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.47 
 
 
167 aa  57.4  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.487032  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2827  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.22 
 
 
187 aa  57  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  29.76 
 
 
171 aa  57  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  29.03 
 
 
179 aa  57  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  28.67 
 
 
169 aa  57.4  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.88 
 
 
167 aa  56.6  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.22 
 
 
187 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>