More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_47400 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  100 
 
 
175 aa  350  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  93.14 
 
 
175 aa  326  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.35 
 
 
171 aa  128  5.0000000000000004e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  42.86 
 
 
168 aa  114  6e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.46 
 
 
180 aa  108  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  41.46 
 
 
180 aa  108  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40 
 
 
169 aa  107  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.94 
 
 
169 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  41.94 
 
 
159 aa  105  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.12 
 
 
181 aa  103  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  37.97 
 
 
160 aa  103  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40 
 
 
165 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.77 
 
 
182 aa  102  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  38.46 
 
 
158 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  39.49 
 
 
158 aa  100  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  38.46 
 
 
158 aa  100  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.88 
 
 
173 aa  99.8  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.5 
 
 
187 aa  98.6  4e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  36.67 
 
 
173 aa  98.6  4e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.13 
 
 
162 aa  98.2  6e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  40.37 
 
 
172 aa  97.8  7e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  37.11 
 
 
166 aa  97.4  8e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.25 
 
 
166 aa  97.4  8e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  36.59 
 
 
165 aa  97.1  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  36.05 
 
 
180 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  34.91 
 
 
196 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5129  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.76 
 
 
166 aa  95.5  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0324934  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  38.99 
 
 
171 aa  94.7  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  37.01 
 
 
158 aa  94.4  7e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  36.6 
 
 
173 aa  93.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.6 
 
 
173 aa  93.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  36.6 
 
 
173 aa  93.6  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.99 
 
 
171 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  36.6 
 
 
173 aa  93.6  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  37.2 
 
 
168 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  36.6 
 
 
173 aa  93.6  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.6 
 
 
168 aa  92.8  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.59 
 
 
169 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  42.58 
 
 
159 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  39.22 
 
 
172 aa  92.4  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.09 
 
 
171 aa  92.4  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.89 
 
 
167 aa  91.3  6e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.99 
 
 
171 aa  91.3  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  38.61 
 
 
157 aa  90.9  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2018  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.79 
 
 
228 aa  90.9  9e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.865187  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2779  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.94 
 
 
168 aa  90.9  9e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.310958  normal  0.121216 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0872  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.27 
 
 
168 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.62 
 
 
168 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6117  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.87 
 
 
183 aa  90.5  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3086  RNA polymerase sigma-70 factor, putative  34.81 
 
 
168 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  37.75 
 
 
174 aa  89.4  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.27 
 
 
171 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1359  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.95 
 
 
169 aa  90.1  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  35.93 
 
 
166 aa  89.7  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0877  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.95 
 
 
169 aa  90.1  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  34.62 
 
 
234 aa  89  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.78 
 
 
169 aa  89  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.427786  normal  0.0741559 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  37.66 
 
 
166 aa  88.6  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  36.36 
 
 
188 aa  88.6  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  37.25 
 
 
169 aa  88.6  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2301  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.65 
 
 
174 aa  87.8  6e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.288382  normal  0.197557 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.91 
 
 
165 aa  87.8  6e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.91 
 
 
161 aa  87.8  7e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  34.97 
 
 
374 aa  87.8  7e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0123  sigma-24 (FecI)  41.14 
 
 
182 aa  87.8  7e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.332302  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13460  RNA polymerase sigma factor  37.25 
 
 
169 aa  87.8  7e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0861545  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.62 
 
 
174 aa  87.8  8e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.97 
 
 
374 aa  87.4  9e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3268  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.85 
 
 
163 aa  87.4  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.191467  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  36.53 
 
 
170 aa  87.4  9e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4611  RNA polymerase sigma factor  36.75 
 
 
170 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  35.88 
 
 
164 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  35.67 
 
 
164 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.88 
 
 
162 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3274  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.49 
 
 
167 aa  85.9  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.41453  normal  0.0460186 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  33.54 
 
 
179 aa  85.9  3e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  33.76 
 
 
172 aa  84.7  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3325  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.53 
 
 
172 aa  84.7  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3812  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.44 
 
 
172 aa  84.7  7e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0938836  normal  0.91348 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4502  sigma-24 (FecI-like)  35.29 
 
 
169 aa  84  9e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0212205  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.93 
 
 
216 aa  84  9e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.325011 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
203 aa  84.3  9e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1209  RNA polymerase sigma-70 family protein  36.88 
 
 
168 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21550  ECF sigma factor, FecI family  36.08 
 
 
175 aa  84  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.48 
 
 
187 aa  84  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.22 
 
 
165 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0858  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40 
 
 
175 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.54 
 
 
176 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  31.85 
 
 
178 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4345  sigma-24 (FecI)  32.18 
 
 
181 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0690  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.34 
 
 
168 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  36.42 
 
 
171 aa  82.8  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1040  RNA polymerase sigma factor  36.08 
 
 
167 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.25 
 
 
167 aa  82.8  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  36.99 
 
 
174 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35.29 
 
 
195 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46660  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  32.69 
 
 
246 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00128883  hitchhiker  0.00000365459 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.46 
 
 
171 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.615408 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02250  RNA polymerase sigma factor, FecI family  34.38 
 
 
167 aa  82.4  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  34.78 
 
 
172 aa  82  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>