More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avin_40230 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  100 
 
 
169 aa  345  2e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00872  extracytoplasmic function sigma factor transcription regulator protein  46.36 
 
 
194 aa  128  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.037032  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  47.59 
 
 
174 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46660  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  43.62 
 
 
246 aa  123  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00128883  hitchhiker  0.00000365459 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4021  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  43.15 
 
 
174 aa  123  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27293  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.33 
 
 
174 aa  116  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.33 
 
 
171 aa  91.7  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.71 
 
 
182 aa  90.9  7e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.56762 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  35.57 
 
 
171 aa  84.7  6e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  35.4 
 
 
158 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.93 
 
 
165 aa  82  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  32.48 
 
 
158 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1340  fec I like protein  36.99 
 
 
186 aa  78.2  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  32.65 
 
 
165 aa  77.8  0.00000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.25 
 
 
165 aa  77.8  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.78 
 
 
161 aa  77.8  0.00000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
159 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  34.16 
 
 
194 aa  77  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7286  sigma factor  36 
 
 
180 aa  76.3  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  30.77 
 
 
158 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.86 
 
 
165 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.29 
 
 
170 aa  75.9  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  31.85 
 
 
158 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  31.65 
 
 
160 aa  74.3  0.0000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.06 
 
 
260 aa  72.8  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  36.13 
 
 
188 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4611  RNA polymerase sigma factor  32.87 
 
 
170 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  32.48 
 
 
374 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.82 
 
 
162 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.29 
 
 
188 aa  70.1  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  32.17 
 
 
164 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.48 
 
 
374 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.95 
 
 
203 aa  69.7  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  32.19 
 
 
234 aa  69.7  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
169 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  32.19 
 
 
166 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2188  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.58 
 
 
167 aa  68.9  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.652193  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  31.9 
 
 
374 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  31.29 
 
 
175 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  29.86 
 
 
180 aa  68.6  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.57 
 
 
173 aa  68.6  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1040  RNA polymerase sigma factor  30.56 
 
 
167 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  33.33 
 
 
440 aa  67.4  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13460  RNA polymerase sigma factor  31.94 
 
 
169 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0861545  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.82 
 
 
161 aa  66.6  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30.14 
 
 
175 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3812  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.67 
 
 
172 aa  65.9  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0938836  normal  0.91348 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.75 
 
 
165 aa  65.1  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.85 
 
 
195 aa  65.1  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.26 
 
 
191 aa  64.7  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  31.76 
 
 
164 aa  64.3  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  34.65 
 
 
185 aa  64.3  0.0000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.26 
 
 
194 aa  63.9  0.0000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3326  anti-FecI sigma factor, FecR  33.11 
 
 
444 aa  63.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.468182  normal  0.167582 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1209  RNA polymerase sigma-70 family protein  30 
 
 
168 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.09 
 
 
191 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  34.87 
 
 
173 aa  63.5  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  32.3 
 
 
159 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3325  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.09 
 
 
172 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  30.46 
 
 
183 aa  63.2  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  31.39 
 
 
181 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
163 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  33.97 
 
 
180 aa  62.4  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30.14 
 
 
157 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  27.59 
 
 
172 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.97 
 
 
180 aa  62.4  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  27.59 
 
 
172 aa  62  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30.82 
 
 
168 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21550  ECF sigma factor, FecI family  30.34 
 
 
175 aa  61.6  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.8 
 
 
174 aa  62  0.000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  31.58 
 
 
178 aa  61.2  0.000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.66 
 
 
171 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4119  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.29 
 
 
165 aa  60.1  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1935  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.56 
 
 
169 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.020135 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1226  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28 
 
 
155 aa  60.1  0.00000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.670431  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1383  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.15 
 
 
169 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00102713  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  27.7 
 
 
168 aa  60.5  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  32.26 
 
 
166 aa  60.5  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4001  RNA polymerase sigma K factor  28.47 
 
 
169 aa  60.8  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108923  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
202 aa  60.5  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4275  sigma24, FecI  35.29 
 
 
165 aa  60.1  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  29.37 
 
 
181 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0813524 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  28.28 
 
 
172 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1159  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.41 
 
 
169 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  28.28 
 
 
172 aa  58.9  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1182  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.41 
 
 
169 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.324595  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0207  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.45 
 
 
172 aa  59.3  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0420  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.41 
 
 
164 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.193061  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.41 
 
 
169 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0728748  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4335  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32 
 
 
184 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.44138 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  28.08 
 
 
174 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0667  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.45 
 
 
178 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1506  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  29.41 
 
 
169 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0804229  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.41 
 
 
169 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.50478  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2232  sigma-24 (FecI-like)  30.82 
 
 
181 aa  58.5  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.684813  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  28.28 
 
 
172 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.77 
 
 
168 aa  58.5  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1419  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  29.41 
 
 
169 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0340587  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0480  sigma-24 (FecI-like)  27.56 
 
 
182 aa  58.2  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0637094  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1359  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.77 
 
 
169 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>