More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2951 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_2951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
182 aa  356  8e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.56762 
 
 
-
 
NC_003296  RS00872  extracytoplasmic function sigma factor transcription regulator protein  43.21 
 
 
194 aa  114  6.9999999999999995e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.037032  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.88 
 
 
174 aa  111  5e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4021  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  41.14 
 
 
174 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27293  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  40.79 
 
 
174 aa  102  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46660  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  39.39 
 
 
246 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00128883  hitchhiker  0.00000365459 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  35.85 
 
 
169 aa  97.1  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.54 
 
 
171 aa  87.8  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  34.42 
 
 
158 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  33.77 
 
 
158 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  31.79 
 
 
158 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  35.29 
 
 
159 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  33.77 
 
 
159 aa  78.2  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  27.95 
 
 
166 aa  77.8  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  32.91 
 
 
188 aa  77.8  0.00000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  33.77 
 
 
160 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  32.45 
 
 
158 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  35.06 
 
 
234 aa  75.9  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  34.1 
 
 
374 aa  74.3  0.0000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  31.36 
 
 
374 aa  74.3  0.0000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  31.87 
 
 
166 aa  73.6  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.19 
 
 
161 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.36 
 
 
374 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.62 
 
 
161 aa  73.2  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.19 
 
 
165 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  32.75 
 
 
196 aa  71.2  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.56 
 
 
162 aa  70.9  0.000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  31.48 
 
 
178 aa  70.9  0.000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.3 
 
 
165 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35.48 
 
 
175 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7286  sigma factor  34 
 
 
180 aa  68.2  0.00000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  31.79 
 
 
168 aa  67.4  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.74 
 
 
203 aa  65.5  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  34.23 
 
 
175 aa  65.1  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  30.53 
 
 
185 aa  64.7  0.0000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.69 
 
 
173 aa  64.3  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  33.09 
 
 
189 aa  63.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  28.22 
 
 
166 aa  63.2  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3128  sigma-24 (FecI-like)  34.62 
 
 
169 aa  62  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.311095 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.4 
 
 
166 aa  62  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.72 
 
 
167 aa  61.2  0.000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1340  fec I like protein  35.38 
 
 
186 aa  60.8  0.000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  28.57 
 
 
194 aa  60.8  0.000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  32.17 
 
 
171 aa  60.5  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.75 
 
 
163 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  36.8 
 
 
180 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.16 
 
 
171 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.8 
 
 
180 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.4 
 
 
187 aa  58.9  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  31.25 
 
 
173 aa  58.5  0.00000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.75 
 
 
171 aa  58.2  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.99 
 
 
169 aa  58.2  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.92 
 
 
187 aa  58.2  0.00000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3812  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.48 
 
 
172 aa  58.2  0.00000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0938836  normal  0.91348 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1226  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  27.15 
 
 
155 aa  57.8  0.00000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.670431  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  39.13 
 
 
172 aa  57.8  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.82 
 
 
190 aa  57  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  26.38 
 
 
188 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  29.61 
 
 
180 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.58 
 
 
171 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.67 
 
 
165 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.65 
 
 
168 aa  55.1  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  33.55 
 
 
174 aa  54.7  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.87 
 
 
175 aa  54.7  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  28.41 
 
 
195 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.7 
 
 
202 aa  54.3  0.0000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  27.46 
 
 
185 aa  54.3  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  32.47 
 
 
165 aa  53.5  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  28.65 
 
 
176 aa  53.9  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2018  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50.88 
 
 
228 aa  53.5  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.865187  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2826  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.25 
 
 
208 aa  53.9  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8720  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.14 
 
 
177 aa  53.9  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0889132  normal  0.0168967 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2387  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.58 
 
 
169 aa  53.9  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572366  normal  0.608857 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0663  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.54 
 
 
295 aa  53.9  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.350671  normal  0.926777 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4710  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.7 
 
 
295 aa  53.9  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.621154  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3198  sigma-24 (FecI)  32.03 
 
 
183 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0767993  hitchhiker  0.00326086 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  29.94 
 
 
171 aa  52.8  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  29.38 
 
 
172 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  29.01 
 
 
196 aa  53.1  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.07 
 
 
168 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.43 
 
 
182 aa  52.8  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2950  sigma-70 region 2  30.71 
 
 
180 aa  52.8  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  27.63 
 
 
172 aa  52.8  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4954  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.32 
 
 
182 aa  52.8  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.35389  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1861  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.01 
 
 
197 aa  52.8  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.24154  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0606  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.63 
 
 
180 aa  52.4  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2728  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.71 
 
 
165 aa  52.4  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122387 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.89 
 
 
169 aa  52.4  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  28.14 
 
 
168 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  28.48 
 
 
164 aa  52  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  28.87 
 
 
166 aa  52  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.98 
 
 
174 aa  52  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.2 
 
 
191 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4787  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.31 
 
 
286 aa  51.6  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4981  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25 
 
 
193 aa  51.6  0.000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000475224 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2779  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.32 
 
 
168 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.310958  normal  0.121216 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  29.38 
 
 
172 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.41 
 
 
171 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.95 
 
 
188 aa  51.6  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  28.12 
 
 
178 aa  51.6  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>