More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_2428 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
203 aa  410  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2728  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.95 
 
 
165 aa  154  7e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122387 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.91 
 
 
161 aa  108  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.25 
 
 
171 aa  103  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.58 
 
 
170 aa  92.4  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.78 
 
 
173 aa  88.2  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  37.58 
 
 
159 aa  87.8  9e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.59 
 
 
175 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.87 
 
 
188 aa  85.1  6e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  33.33 
 
 
175 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  33.55 
 
 
234 aa  83.6  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.37 
 
 
165 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.25 
 
 
169 aa  82.8  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1861  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.39 
 
 
197 aa  80.9  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.24154  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.29 
 
 
169 aa  79.7  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  31.17 
 
 
160 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1808  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.55 
 
 
221 aa  79.7  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  34.23 
 
 
158 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  34.44 
 
 
158 aa  78.2  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  35.81 
 
 
158 aa  78.2  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  33.56 
 
 
158 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_003296  RS00872  extracytoplasmic function sigma factor transcription regulator protein  32.08 
 
 
194 aa  75.5  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.037032  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.57 
 
 
162 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.53 
 
 
148 aa  74.7  0.0000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239083  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  29.68 
 
 
166 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  35.44 
 
 
178 aa  74.3  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.87 
 
 
195 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.94 
 
 
165 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.94 
 
 
161 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  27.85 
 
 
165 aa  72  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  34.19 
 
 
174 aa  71.6  0.000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
162 aa  70.9  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  30.77 
 
 
194 aa  70.9  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  29.45 
 
 
188 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  31.68 
 
 
171 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.62 
 
 
190 aa  70.5  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.68 
 
 
171 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  28.95 
 
 
169 aa  69.7  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4099  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.78 
 
 
180 aa  68.9  0.00000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  32.7 
 
 
173 aa  68.9  0.00000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  31.4 
 
 
236 aa  68.2  0.00000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1522  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.25 
 
 
189 aa  67.8  0.00000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.76 
 
 
183 aa  67.8  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572123  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1108  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.25 
 
 
173 aa  67  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  30 
 
 
181 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  33.77 
 
 
172 aa  65.9  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.81 
 
 
165 aa  65.5  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.14 
 
 
165 aa  63.9  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.588251  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  26.71 
 
 
168 aa  64.3  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2356  RNA polymerase sigma-70 factor  26.54 
 
 
200 aa  64.3  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.240028  normal  0.522752 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.76 
 
 
169 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.29 
 
 
166 aa  63.5  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  33.11 
 
 
159 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  30.06 
 
 
440 aa  63.2  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.19 
 
 
180 aa  62.8  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  34.19 
 
 
180 aa  62.8  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.22 
 
 
168 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1381  RNA polymerase sigma-70 factor  28.03 
 
 
201 aa  62.8  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.57599  normal  0.201536 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  25.56 
 
 
179 aa  62.4  0.000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.94 
 
 
165 aa  62  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.47 
 
 
171 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1954  RNA polymerase factor sigma-70  31.21 
 
 
188 aa  62.4  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1768  RNA polymerase factor sigma-70  31.21 
 
 
188 aa  62.4  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.43 
 
 
189 aa  62  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  30.77 
 
 
168 aa  61.2  0.000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.77 
 
 
171 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.83 
 
 
260 aa  61.2  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3752  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.9 
 
 
181 aa  60.8  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401428  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.08 
 
 
166 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.77 
 
 
171 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  26.42 
 
 
374 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  26.42 
 
 
374 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.77 
 
 
171 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3706  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.25 
 
 
191 aa  59.7  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  26.83 
 
 
374 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2188  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.37 
 
 
167 aa  59.3  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.652193  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.1 
 
 
176 aa  59.3  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.05 
 
 
181 aa  59.3  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  26.32 
 
 
185 aa  58.9  0.00000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  29.86 
 
 
169 aa  58.9  0.00000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.13 
 
 
174 aa  58.9  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4275  sigma24, FecI  28.29 
 
 
165 aa  58.9  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4119  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.29 
 
 
165 aa  58.9  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1586  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.25 
 
 
192 aa  58.5  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0659987 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.5 
 
 
191 aa  58.2  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  28.48 
 
 
182 aa  58.2  0.00000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.54 
 
 
202 aa  58.2  0.00000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2979  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.54 
 
 
170 aa  58.2  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834183  normal  0.211367 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1744  RNA polymerase factor sigma-70  32.73 
 
 
189 aa  58.2  0.00000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.315388 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.77 
 
 
170 aa  58.2  0.00000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.5 
 
 
194 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  28.1 
 
 
180 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  26.92 
 
 
169 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0443  RNA polymerase sigma-70 factor  24.81 
 
 
182 aa  57.4  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.76 
 
 
223 aa  57.4  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.188745  normal  0.196172 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  30.92 
 
 
214 aa  57.8  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.59 
 
 
182 aa  57.8  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.56762 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13460  RNA polymerase sigma factor  27.56 
 
 
169 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0861545  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.85 
 
 
177 aa  57.4  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.189895 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  27.82 
 
 
171 aa  57  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>