More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1645 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
158 aa  319  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  83.54 
 
 
158 aa  268  2e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  82.91 
 
 
158 aa  266  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  82.91 
 
 
158 aa  262  1e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  66.46 
 
 
160 aa  212  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  67.09 
 
 
159 aa  205  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  68.35 
 
 
159 aa  196  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  49.04 
 
 
234 aa  164  5e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.87 
 
 
171 aa  119  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  40.79 
 
 
166 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.94 
 
 
162 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.94 
 
 
165 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.6 
 
 
161 aa  103  9e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.6 
 
 
165 aa  103  9e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  40.91 
 
 
166 aa  102  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  38.46 
 
 
175 aa  102  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  42.41 
 
 
173 aa  100  6e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  38.22 
 
 
175 aa  97.4  7e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  41.55 
 
 
168 aa  96.3  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  35 
 
 
374 aa  93.6  9e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35 
 
 
374 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  40.54 
 
 
180 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.54 
 
 
180 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  34.23 
 
 
171 aa  90.5  8e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  36.88 
 
 
174 aa  89.7  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  40.4 
 
 
172 aa  89.7  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  35.62 
 
 
374 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  38.46 
 
 
173 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.46 
 
 
173 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  38.46 
 
 
173 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  38.46 
 
 
173 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.14 
 
 
169 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  38.46 
 
 
173 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  37.35 
 
 
440 aa  89  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.36 
 
 
173 aa  89.4  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.5 
 
 
187 aa  87.8  5e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  40.28 
 
 
188 aa  88.2  5e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1587  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.95 
 
 
166 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.681382  normal  0.242514 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.13 
 
 
166 aa  87.4  7e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.62 
 
 
169 aa  87  9e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3664  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.29 
 
 
166 aa  87  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.409178  normal  0.448138 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  37.84 
 
 
166 aa  85.5  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  37.67 
 
 
180 aa  84.7  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  34.21 
 
 
165 aa  84.3  6e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02250  RNA polymerase sigma factor, FecI family  36.96 
 
 
167 aa  84  8e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.03 
 
 
168 aa  84  8e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.7 
 
 
171 aa  83.6  9e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00587435 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.8 
 
 
174 aa  83.6  9e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  34.93 
 
 
166 aa  82.8  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2979  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.65 
 
 
170 aa  82.8  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834183  normal  0.211367 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  35.4 
 
 
169 aa  82.4  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2337  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.33 
 
 
170 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.76938  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  40.97 
 
 
173 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000293029 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.32 
 
 
171 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.14 
 
 
169 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.93 
 
 
187 aa  81.6  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.62 
 
 
171 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0123  sigma-24 (FecI)  38.19 
 
 
182 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.332302  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.62 
 
 
189 aa  81.6  0.000000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  34.25 
 
 
172 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  36.11 
 
 
171 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  34.25 
 
 
172 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  32.19 
 
 
172 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.16 
 
 
165 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.92 
 
 
171 aa  80.9  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.615408 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  39.16 
 
 
196 aa  80.5  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2194  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
170 aa  80.5  0.000000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37430  RNA polymerase sigma factor  34.84 
 
 
169 aa  80.5  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.031593  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35 
 
 
167 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  32.19 
 
 
172 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6117  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.48 
 
 
183 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  36.11 
 
 
169 aa  79.7  0.00000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0690  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.43 
 
 
168 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  34.19 
 
 
183 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.92 
 
 
171 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1226  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  32.88 
 
 
155 aa  79.7  0.00000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.670431  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  34.93 
 
 
172 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3126  RNA polymerase sigma factor  33.77 
 
 
168 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5893  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.88 
 
 
171 aa  79  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.830728  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5187  RNA polymerase sigma factor  30.82 
 
 
172 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.879511  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.23 
 
 
203 aa  79.7  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  30.63 
 
 
189 aa  79  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0181  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.58 
 
 
173 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.252415 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.76 
 
 
161 aa  79  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  34.25 
 
 
174 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13460  RNA polymerase sigma factor  35.92 
 
 
169 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0861545  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  34.46 
 
 
172 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  34.25 
 
 
172 aa  78.2  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  35.21 
 
 
172 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  36.76 
 
 
185 aa  77.8  0.00000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0180  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.28 
 
 
167 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.553473  normal  0.734896 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4299  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.93 
 
 
169 aa  77.4  0.00000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  34.25 
 
 
172 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2580  sigma-70 region 2  33.57 
 
 
169 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.346499  normal  0.245048 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  33.59 
 
 
185 aa  77  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4194  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.93 
 
 
170 aa  76.6  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.746772  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.06 
 
 
182 aa  76.6  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3577  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.67 
 
 
170 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.51 
 
 
171 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  33.11 
 
 
178 aa  76.3  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>