More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2994 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  100 
 
 
183 aa  359  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  46.11 
 
 
181 aa  140  7e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2217  sigma-24 (FecI-like)  44.16 
 
 
183 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.10129  normal  0.130898 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2905  sigma-24 (FecI-like)  44.72 
 
 
180 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0305707  normal  0.216525 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2212  sigma-24 (FecI-like)  46.11 
 
 
202 aa  138  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  44.91 
 
 
181 aa  136  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0813524 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2102  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.58 
 
 
178 aa  129  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.488578  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  48.25 
 
 
193 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2232  sigma-24 (FecI-like)  42.51 
 
 
181 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.684813  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3128  sigma-24 (FecI-like)  42.24 
 
 
169 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.311095 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  39.77 
 
 
182 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0480  sigma-24 (FecI-like)  39.23 
 
 
182 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0637094  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3198  sigma-24 (FecI)  44.87 
 
 
183 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0767993  hitchhiker  0.00326086 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.18 
 
 
181 aa  115  5e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.27 
 
 
173 aa  104  8e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.51 
 
 
171 aa  101  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2219  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.4 
 
 
176 aa  99.4  3e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0934432  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  39.57 
 
 
172 aa  97.1  1e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  39.1 
 
 
173 aa  95.5  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  35.44 
 
 
188 aa  87.8  7e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  39.86 
 
 
214 aa  86.3  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1990  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.14 
 
 
178 aa  85.9  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.730289  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  40.4 
 
 
176 aa  85.1  4e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  34.91 
 
 
374 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.91 
 
 
374 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.42 
 
 
194 aa  82.8  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.17 
 
 
165 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  36.6 
 
 
374 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  33.33 
 
 
165 aa  79.7  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  34.19 
 
 
158 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  33.33 
 
 
188 aa  78.6  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  33.77 
 
 
234 aa  77.4  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  36.54 
 
 
174 aa  77.4  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  38.1 
 
 
180 aa  76.6  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  36.69 
 
 
151 aa  76.6  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.1 
 
 
180 aa  76.6  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  34.42 
 
 
158 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.41 
 
 
169 aa  75.5  0.0000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  33.13 
 
 
171 aa  75.5  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.67 
 
 
166 aa  75.1  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
159 aa  75.1  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  34.62 
 
 
158 aa  74.7  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2381  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.79 
 
 
195 aa  73.9  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.599454  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  30.63 
 
 
160 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.47 
 
 
166 aa  73.6  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  36.13 
 
 
172 aa  73.2  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.37 
 
 
167 aa  73.2  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  32.69 
 
 
158 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.03 
 
 
163 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.59 
 
 
171 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.36 
 
 
165 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  35.22 
 
 
171 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  32.28 
 
 
182 aa  71.2  0.000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  29.81 
 
 
175 aa  71.2  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  29.68 
 
 
175 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  33.56 
 
 
168 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  28.93 
 
 
185 aa  70.1  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.85 
 
 
157 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.52 
 
 
189 aa  69.3  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
193 aa  69.3  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.681146  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  33.97 
 
 
159 aa  68.6  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4119  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.11 
 
 
165 aa  68.2  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4275  sigma24, FecI  33.11 
 
 
165 aa  68.2  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  36.23 
 
 
171 aa  68.2  0.00000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  32.05 
 
 
170 aa  68.2  0.00000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.67 
 
 
174 aa  67.8  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02250  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.29 
 
 
167 aa  67  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.42 
 
 
191 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46660  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  30.86 
 
 
246 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00128883  hitchhiker  0.00000365459 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3720  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.47 
 
 
186 aa  67  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.344923  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2245  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.81 
 
 
167 aa  66.6  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.487032  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.91 
 
 
165 aa  66.6  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.588251  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.11 
 
 
173 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.89 
 
 
194 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  30.18 
 
 
194 aa  66.6  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4021  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  30.25 
 
 
174 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27293  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  29.49 
 
 
173 aa  65.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.49 
 
 
173 aa  65.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  29.49 
 
 
173 aa  65.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  29.49 
 
 
173 aa  65.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  29.49 
 
 
173 aa  65.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5824  RNA polymerase sigma factor  35.77 
 
 
264 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.417668  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2979  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.36 
 
 
170 aa  65.9  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834183  normal  0.211367 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7286  sigma factor  33.77 
 
 
180 aa  65.5  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35.1 
 
 
191 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  31.08 
 
 
189 aa  65.5  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1760  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
205 aa  65.5  0.0000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.431195 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  33.12 
 
 
166 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.74 
 
 
206 aa  65.5  0.0000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6117  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.56 
 
 
183 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.45 
 
 
170 aa  65.1  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.68 
 
 
171 aa  65.1  0.0000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00587435 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3889  RNA polymerase sigma factor  35.04 
 
 
225 aa  64.7  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.97 
 
 
171 aa  64.7  0.0000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.12 
 
 
169 aa  64.7  0.0000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4479  RNA polymerase sigma factor  35.04 
 
 
264 aa  64.3  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1379  RNA polymerase sigma factor  35.04 
 
 
222 aa  64.3  0.0000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.12669  normal  0.0781006 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2429  transcriptional regulator, LuxR family  38.06 
 
 
196 aa  64.3  0.0000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2337  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.97 
 
 
170 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.76938  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.06 
 
 
190 aa  63.5  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>