More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1500 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
170 aa  339  1e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1108  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  57.83 
 
 
173 aa  172  1.9999999999999998e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1808  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  53.85 
 
 
221 aa  155  4e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.84 
 
 
161 aa  102  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.58 
 
 
203 aa  92.4  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  33.33 
 
 
165 aa  90.1  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2728  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.3 
 
 
165 aa  80.9  0.000000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122387 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.46 
 
 
169 aa  76.3  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.13 
 
 
165 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  35.29 
 
 
169 aa  75.9  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.48 
 
 
169 aa  73.9  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
202 aa  73.2  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  33.33 
 
 
188 aa  71.2  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35 
 
 
170 aa  71.2  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  37.4 
 
 
172 aa  69.3  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.14 
 
 
169 aa  69.3  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.84 
 
 
171 aa  69.7  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  36.91 
 
 
194 aa  68.2  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  37.01 
 
 
181 aa  67.4  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  34.84 
 
 
188 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.41 
 
 
174 aa  66.2  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35.53 
 
 
195 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.14 
 
 
166 aa  65.5  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
194 aa  65.5  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  30.99 
 
 
182 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  33.14 
 
 
187 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0160  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.63 
 
 
171 aa  65.5  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.329476  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35 
 
 
173 aa  64.7  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  36.02 
 
 
171 aa  64.3  0.0000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  34.51 
 
 
151 aa  64.3  0.0000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.38 
 
 
170 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
170 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  32.35 
 
 
183 aa  63.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  26.51 
 
 
179 aa  63.2  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.38 
 
 
170 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.43 
 
 
148 aa  62.8  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239083  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.33 
 
 
176 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  30.99 
 
 
174 aa  63.2  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  33.33 
 
 
236 aa  62.8  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.38 
 
 
170 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2598  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.19 
 
 
201 aa  63.2  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.67 
 
 
176 aa  62  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4804  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.96 
 
 
219 aa  62.4  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127624  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.21 
 
 
183 aa  62.4  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572123  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.67 
 
 
176 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  32.03 
 
 
171 aa  62  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  33.54 
 
 
214 aa  61.2  0.000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  31.58 
 
 
193 aa  61.2  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3326  anti-FecI sigma factor, FecR  30.13 
 
 
444 aa  60.8  0.000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.468182  normal  0.167582 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  28.87 
 
 
171 aa  60.8  0.000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  33.77 
 
 
175 aa  60.8  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.13 
 
 
190 aa  60.5  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  31.21 
 
 
168 aa  60.1  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  29.7 
 
 
172 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.59 
 
 
177 aa  60.5  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.189895 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64700  RNA polymerase sigma factor  31.97 
 
 
178 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00208026  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30 
 
 
176 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.64 
 
 
191 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.99 
 
 
194 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1039  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.18 
 
 
201 aa  59.7  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.148351  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0176  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.74 
 
 
206 aa  59.7  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.658272  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1388  sigma-24 (FecI)  30.77 
 
 
193 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.441206 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.12 
 
 
176 aa  59.7  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.38 
 
 
165 aa  58.9  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.588251  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.15 
 
 
260 aa  58.9  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02250  RNA polymerase sigma factor, FecI family  33.54 
 
 
167 aa  58.9  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  29.81 
 
 
172 aa  58.9  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  34.31 
 
 
170 aa  58.9  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1522  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.07 
 
 
189 aa  58.9  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  29.7 
 
 
172 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  34.56 
 
 
166 aa  58.5  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3752  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.71 
 
 
181 aa  58.2  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401428  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3098  RNA polymerase sigma-70 factor  29.19 
 
 
199 aa  58.2  0.00000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.29649 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3251  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.59 
 
 
201 aa  57.8  0.00000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145067 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  32.88 
 
 
158 aa  57.8  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1106  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.59 
 
 
201 aa  57.8  0.00000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.59449  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.05 
 
 
187 aa  57.8  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.83 
 
 
169 aa  57.4  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  33.33 
 
 
170 aa  57.4  0.00000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.68 
 
 
191 aa  57.4  0.00000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  30.38 
 
 
440 aa  57.4  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25290  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.85 
 
 
166 aa  57.4  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.01 
 
 
175 aa  57  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  31.21 
 
 
172 aa  57  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.67 
 
 
165 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.48 
 
 
187 aa  57.4  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36 
 
 
218 aa  57  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.941158  normal  0.954881 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0480  sigma-24 (FecI-like)  33.09 
 
 
182 aa  57  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0637094  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4499  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30 
 
 
196 aa  57.4  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.878271  normal  0.799417 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1587  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.47 
 
 
166 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.681382  normal  0.242514 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2387  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
169 aa  56.2  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572366  normal  0.608857 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4954  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.86 
 
 
182 aa  56.6  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.35389  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1140  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.99 
 
 
201 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.556495  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.58 
 
 
184 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.1 
 
 
162 aa  56.6  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4611  RNA polymerase sigma factor  26.92 
 
 
170 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  28.21 
 
 
164 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2212  sigma-24 (FecI-like)  30.6 
 
 
202 aa  55.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2217  sigma-24 (FecI-like)  31.21 
 
 
183 aa  55.8  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.10129  normal  0.130898 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  29.8 
 
 
158 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>