More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcep18194_B1076 on replicon NC_007511
Organism: Burkholderia sp. 383



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  100 
 
 
182 aa  368  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0480  sigma-24 (FecI-like)  47.22 
 
 
182 aa  143  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0637094  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2212  sigma-24 (FecI-like)  40.72 
 
 
202 aa  120  8e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  40.96 
 
 
181 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2102  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.46 
 
 
178 aa  119  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.488578  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2232  sigma-24 (FecI-like)  41.67 
 
 
181 aa  119  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.684813  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  40.36 
 
 
181 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0813524 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  39.77 
 
 
183 aa  117  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  46.01 
 
 
193 aa  114  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2217  sigma-24 (FecI-like)  32.78 
 
 
183 aa  105  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.10129  normal  0.130898 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3198  sigma-24 (FecI)  37.95 
 
 
183 aa  100  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0767993  hitchhiker  0.00326086 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2905  sigma-24 (FecI-like)  31.67 
 
 
180 aa  97.1  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0305707  normal  0.216525 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3128  sigma-24 (FecI-like)  37.5 
 
 
169 aa  92.8  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.311095 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2219  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.62 
 
 
176 aa  92  4e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0934432  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  36.6 
 
 
173 aa  83.6  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.32 
 
 
181 aa  82.8  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  39.86 
 
 
176 aa  82.8  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34 
 
 
165 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  32.1 
 
 
187 aa  82  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.12 
 
 
173 aa  81.3  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.93 
 
 
180 aa  80.9  0.000000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  37.93 
 
 
180 aa  80.9  0.000000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.59 
 
 
171 aa  79.3  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  31.01 
 
 
166 aa  77  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.69 
 
 
166 aa  76.3  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  32.12 
 
 
172 aa  76.6  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  32.67 
 
 
188 aa  73.2  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  32.28 
 
 
159 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.56 
 
 
194 aa  72  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1286  RNA polymerase sigma-70 family protein  31.48 
 
 
180 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  32.16 
 
 
374 aa  71.6  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.16 
 
 
374 aa  70.9  0.000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  30.32 
 
 
172 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  28.67 
 
 
165 aa  68.9  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  27.59 
 
 
175 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  29.44 
 
 
175 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  30.71 
 
 
151 aa  68.2  0.00000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2633  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.87 
 
 
173 aa  68.2  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.81 
 
 
174 aa  67.8  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  33.13 
 
 
374 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  33.33 
 
 
170 aa  67  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  32.93 
 
 
164 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.49 
 
 
166 aa  66.2  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  28.4 
 
 
180 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  28.93 
 
 
166 aa  66.6  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.46 
 
 
163 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  30.43 
 
 
234 aa  66.6  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.99 
 
 
170 aa  65.9  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  33.08 
 
 
182 aa  65.5  0.0000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  30.63 
 
 
160 aa  65.5  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
159 aa  65.1  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.4 
 
 
182 aa  63.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  28.3 
 
 
171 aa  63.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.94 
 
 
148 aa  63.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239083  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.19 
 
 
169 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  29.19 
 
 
214 aa  63.2  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.61 
 
 
169 aa  63.5  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.48 
 
 
191 aa  63.5  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2018  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.97 
 
 
228 aa  62.4  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.865187  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  29.45 
 
 
164 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  28.66 
 
 
172 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4611  RNA polymerase sigma factor  30.25 
 
 
170 aa  62  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  31.17 
 
 
158 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  30.25 
 
 
166 aa  62  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.87 
 
 
210 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  24.83 
 
 
171 aa  61.6  0.000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  27.78 
 
 
176 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  30.19 
 
 
168 aa  60.8  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.34 
 
 
171 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.17 
 
 
169 aa  60.5  0.00000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.61 
 
 
170 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.82 
 
 
167 aa  59.7  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.46 
 
 
169 aa  59.7  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  24.56 
 
 
185 aa  60.1  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  28.06 
 
 
179 aa  60.1  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.67 
 
 
189 aa  59.3  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  29.33 
 
 
166 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4345  sigma-24 (FecI)  29.19 
 
 
181 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.07 
 
 
216 aa  59.3  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.325011 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02250  RNA polymerase sigma factor, FecI family  26.38 
 
 
167 aa  59.3  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0667  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.49 
 
 
178 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3323  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.81 
 
 
204 aa  58.5  0.00000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.130474 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  28.22 
 
 
157 aa  58.5  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  26.22 
 
 
178 aa  58.2  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  30.53 
 
 
178 aa  58.5  0.00000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  30.38 
 
 
158 aa  58.2  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.79 
 
 
171 aa  58.2  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  29.11 
 
 
158 aa  57.8  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  27.22 
 
 
178 aa  57.8  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.74 
 
 
169 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.427786  normal  0.0741559 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.46 
 
 
171 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0757  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.22 
 
 
168 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.990255  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.22 
 
 
170 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.22 
 
 
170 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  25.79 
 
 
184 aa  57  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.22 
 
 
170 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  23.39 
 
 
196 aa  57  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3752  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.95 
 
 
181 aa  57.4  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401428  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  29.75 
 
 
158 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.54 
 
 
260 aa  56.2  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>