More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avin_45020 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  100 
 
 
172 aa  341  2.9999999999999997e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.98 
 
 
171 aa  117  7e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  40.37 
 
 
175 aa  105  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  40.4 
 
 
158 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  39.75 
 
 
175 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  37.74 
 
 
160 aa  102  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  39.74 
 
 
158 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  41.45 
 
 
159 aa  101  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.58 
 
 
165 aa  101  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  40.4 
 
 
158 aa  101  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  39.07 
 
 
158 aa  101  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  38.61 
 
 
165 aa  100  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  41.61 
 
 
178 aa  96.3  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  38.27 
 
 
180 aa  95.5  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.27 
 
 
180 aa  95.5  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  38.41 
 
 
234 aa  94.4  8e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  38.85 
 
 
374 aa  94  9e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  39.16 
 
 
173 aa  94  9e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  39.62 
 
 
374 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  42.96 
 
 
168 aa  92.8  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.32 
 
 
169 aa  90.9  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  39.13 
 
 
185 aa  90.1  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  39.35 
 
 
374 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.75 
 
 
182 aa  90.1  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  38.18 
 
 
166 aa  89  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40 
 
 
166 aa  88.6  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  39.42 
 
 
188 aa  87.8  6e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.02 
 
 
183 aa  86.3  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572123  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5893  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.91 
 
 
171 aa  85.9  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.830728  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.22 
 
 
173 aa  85.5  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  39.07 
 
 
159 aa  85.5  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  36.13 
 
 
183 aa  84.7  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6117  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.71 
 
 
183 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  38.27 
 
 
171 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.72 
 
 
181 aa  82.4  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.6 
 
 
165 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  36.71 
 
 
194 aa  82  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  38.27 
 
 
171 aa  81.6  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.27 
 
 
168 aa  81.3  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.76 
 
 
167 aa  80.9  0.000000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.42 
 
 
161 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  40 
 
 
176 aa  80.5  0.00000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.77 
 
 
162 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.42 
 
 
165 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4074  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.51 
 
 
172 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.240702  normal  0.858688 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.67 
 
 
206 aa  79.7  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.56 
 
 
169 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  32.26 
 
 
182 aa  79.3  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4159  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.02 
 
 
168 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.8 
 
 
169 aa  79  0.00000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4231  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.02 
 
 
168 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  33.78 
 
 
171 aa  79.3  0.00000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4366  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.02 
 
 
168 aa  79  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.81 
 
 
171 aa  78.6  0.00000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00587435 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  39.58 
 
 
172 aa  78.2  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  38.19 
 
 
172 aa  78.6  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  37.27 
 
 
170 aa  78.2  0.00000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  37.5 
 
 
172 aa  77.8  0.00000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  38.22 
 
 
166 aa  77.8  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  31.65 
 
 
173 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.65 
 
 
173 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  31.65 
 
 
173 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  31.65 
 
 
173 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  31.65 
 
 
173 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  36.31 
 
 
166 aa  77  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.62 
 
 
202 aa  77  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.81 
 
 
157 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2979  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.34 
 
 
170 aa  76.6  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834183  normal  0.211367 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  37.97 
 
 
171 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0872  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.74 
 
 
168 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
216 aa  75.9  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.325011 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.54 
 
 
170 aa  76.6  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.77 
 
 
203 aa  75.9  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.91 
 
 
167 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  36.48 
 
 
195 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.49 
 
 
171 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35 
 
 
168 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3577  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35.85 
 
 
170 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  35.54 
 
 
180 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  31.79 
 
 
174 aa  75.1  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  37.76 
 
 
193 aa  75.1  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  35.17 
 
 
179 aa  75.1  0.0000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.01 
 
 
189 aa  74.7  0.0000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  34.94 
 
 
236 aa  74.3  0.0000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.71 
 
 
176 aa  74.3  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0667  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.14 
 
 
178 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.52 
 
 
165 aa  73.2  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.588251  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2194  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.22 
 
 
170 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.16 
 
 
187 aa  73.9  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.12 
 
 
171 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  35.85 
 
 
181 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  39.86 
 
 
174 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  34.1 
 
 
171 aa  72.8  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.97 
 
 
171 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.34 
 
 
171 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.56 
 
 
193 aa  72  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.681146  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  33.12 
 
 
166 aa  71.6  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2337  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.7 
 
 
170 aa  71.2  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.76938  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21550  ECF sigma factor, FecI family  35.26 
 
 
175 aa  71.2  0.000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  36.36 
 
 
172 aa  70.9  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>