More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1079 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
216 aa  435  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.325011 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0787  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.84 
 
 
224 aa  87  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.298553  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.13 
 
 
175 aa  85.1  8e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  31.93 
 
 
175 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  31.93 
 
 
180 aa  79.7  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.93 
 
 
180 aa  79.7  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0858  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.82 
 
 
175 aa  75.1  0.0000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  30.25 
 
 
168 aa  74.7  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  31.17 
 
 
179 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  31.21 
 
 
172 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.11 
 
 
171 aa  73.9  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.32 
 
 
166 aa  73.2  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.11 
 
 
169 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  33.96 
 
 
174 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  31.21 
 
 
172 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  29.68 
 
 
180 aa  72.4  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0844  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.14 
 
 
175 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.498181  normal  0.882124 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.19 
 
 
202 aa  69.3  0.00000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.41 
 
 
195 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  29.68 
 
 
172 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.41 
 
 
166 aa  68.6  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  29.11 
 
 
172 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  29.03 
 
 
172 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  29.03 
 
 
172 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5187  RNA polymerase sigma factor  29.75 
 
 
172 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.879511  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  29.75 
 
 
188 aa  65.5  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  33.61 
 
 
172 aa  65.5  0.0000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2337  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.26 
 
 
170 aa  65.5  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.76938  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  30.32 
 
 
172 aa  65.5  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.91 
 
 
169 aa  65.1  0.0000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.21 
 
 
171 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2194  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.61 
 
 
170 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.11 
 
 
168 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  34.51 
 
 
181 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  29.03 
 
 
172 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3577  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.61 
 
 
170 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.96 
 
 
171 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.22 
 
 
189 aa  63.5  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3274  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.14 
 
 
167 aa  63.9  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.41453  normal  0.0460186 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.57 
 
 
171 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2779  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.57 
 
 
168 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.310958  normal  0.121216 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  31.65 
 
 
196 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.06 
 
 
194 aa  63.2  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.83 
 
 
183 aa  63.2  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572123  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00872  extracytoplasmic function sigma factor transcription regulator protein  31.08 
 
 
194 aa  62.8  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.037032  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.13 
 
 
187 aa  62.8  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.57 
 
 
171 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1522  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.94 
 
 
189 aa  62.4  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3086  RNA polymerase sigma-70 factor, putative  30.57 
 
 
168 aa  62  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.28 
 
 
173 aa  62.4  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  33.33 
 
 
172 aa  60.8  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.67 
 
 
169 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2381  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.39 
 
 
195 aa  60.5  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.599454  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  33.33 
 
 
182 aa  60.8  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  29.52 
 
 
170 aa  60.8  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3733  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.7 
 
 
207 aa  60.1  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3812  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.26 
 
 
172 aa  60.5  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0938836  normal  0.91348 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  30.07 
 
 
182 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  26.81 
 
 
185 aa  59.3  0.00000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22650  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  27.74 
 
 
174 aa  59.3  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.308383  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.1 
 
 
167 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5893  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.66 
 
 
171 aa  59.3  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.830728  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  29.05 
 
 
158 aa  58.9  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02250  RNA polymerase sigma factor, FecI family  29.38 
 
 
167 aa  58.5  0.00000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1209  RNA polymerase sigma-70 family protein  30.97 
 
 
168 aa  58.5  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1040  RNA polymerase sigma factor  30.25 
 
 
167 aa  58.2  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.92 
 
 
168 aa  58.5  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0667  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.16 
 
 
178 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6117  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.86 
 
 
183 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  26.51 
 
 
185 aa  57.8  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2427  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.57 
 
 
237 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.773332  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0757  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
168 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.990255  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  29.61 
 
 
169 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  26.49 
 
 
173 aa  57  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.49 
 
 
173 aa  57  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  26.49 
 
 
173 aa  57  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2580  sigma-70 region 2  29.61 
 
 
169 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.346499  normal  0.245048 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  28.35 
 
 
165 aa  57  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  27.5 
 
 
159 aa  56.6  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  26.49 
 
 
173 aa  57  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1151  RNA polymerase sigma factor  25.48 
 
 
173 aa  57  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25290  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.33 
 
 
166 aa  56.6  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4194  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.34 
 
 
170 aa  57  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.746772  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  26.49 
 
 
173 aa  57  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  32.06 
 
 
194 aa  57  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1340  fec I like protein  30.94 
 
 
186 aa  56.6  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1587  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.83 
 
 
166 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.681382  normal  0.242514 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1383  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.12 
 
 
169 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00102713  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  28.48 
 
 
157 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.09 
 
 
169 aa  56.6  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1182  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.75 
 
 
169 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.324595  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  28.83 
 
 
164 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.75 
 
 
169 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0728748  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4299  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.11 
 
 
169 aa  56.2  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0420  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.75 
 
 
164 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.193061  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.67 
 
 
166 aa  56.2  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1159  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.75 
 
 
169 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.12 
 
 
188 aa  56.2  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4611  RNA polymerase sigma factor  25.14 
 
 
170 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.92 
 
 
174 aa  55.8  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>