More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1522 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_1522  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
189 aa  382  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.67 
 
 
190 aa  96.3  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4299  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.19 
 
 
169 aa  80.9  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  27.98 
 
 
175 aa  77.8  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  28.57 
 
 
168 aa  77.4  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.09 
 
 
163 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  32.52 
 
 
172 aa  75.1  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.66 
 
 
171 aa  74.3  0.0000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  29.19 
 
 
175 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
181 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1861  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.36 
 
 
197 aa  71.2  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.24154  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.16 
 
 
173 aa  70.5  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  31.16 
 
 
178 aa  68.2  0.00000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  31.47 
 
 
158 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.25 
 
 
203 aa  67.8  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  34.42 
 
 
185 aa  67.8  0.00000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.06 
 
 
168 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1134  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.77 
 
 
175 aa  67.4  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2387  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.1 
 
 
169 aa  66.6  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572366  normal  0.608857 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  33.54 
 
 
168 aa  66.2  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2728  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.99 
 
 
165 aa  66.2  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122387 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3315  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.38 
 
 
176 aa  65.1  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.57 
 
 
162 aa  64.3  0.0000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0898  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.01 
 
 
183 aa  64.3  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  33.62 
 
 
188 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  28.99 
 
 
160 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.64 
 
 
187 aa  63.5  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  32.12 
 
 
172 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.64 
 
 
189 aa  63.5  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  32.93 
 
 
174 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4231  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.82 
 
 
168 aa  62.8  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4366  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.82 
 
 
168 aa  62.8  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2921  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.67 
 
 
195 aa  62.8  0.000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.485125  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4159  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.82 
 
 
168 aa  62.8  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.94 
 
 
216 aa  62.4  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.325011 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30 
 
 
195 aa  62  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  30 
 
 
181 aa  62  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.76 
 
 
165 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.66 
 
 
165 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  30.06 
 
 
172 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.52 
 
 
194 aa  61.2  0.000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.16 
 
 
191 aa  61.2  0.000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.32 
 
 
148 aa  61.2  0.000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239083  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0811  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.87 
 
 
177 aa  61.2  0.000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  29.41 
 
 
176 aa  61.2  0.000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21550  ECF sigma factor, FecI family  32.48 
 
 
175 aa  61.2  0.000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1210  RNA polymerase sigma factor SigE  31.17 
 
 
230 aa  61.2  0.000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.380405  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.87 
 
 
183 aa  60.5  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572123  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.52 
 
 
184 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  32.54 
 
 
171 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  29.94 
 
 
166 aa  60.5  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  30.91 
 
 
172 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  34.35 
 
 
374 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  32.3 
 
 
180 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  29.81 
 
 
172 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  32.14 
 
 
194 aa  59.7  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.81 
 
 
166 aa  60.1  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0981  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.66 
 
 
195 aa  59.7  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.748497  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  31.34 
 
 
172 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2075  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.06 
 
 
173 aa  59.7  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  29.89 
 
 
180 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1151  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.03 
 
 
232 aa  59.7  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0582871  normal  0.0116011 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30.97 
 
 
181 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0813524 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2795  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.77 
 
 
209 aa  60.1  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.365192  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  29.71 
 
 
158 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.57 
 
 
374 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.78 
 
 
191 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5187  RNA polymerase sigma factor  30.91 
 
 
172 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.879511  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  29.76 
 
 
172 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  33.57 
 
 
374 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.12 
 
 
176 aa  59.3  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.78 
 
 
194 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.95 
 
 
167 aa  58.9  0.00000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  29.17 
 
 
172 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.31 
 
 
180 aa  58.9  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  29.2 
 
 
159 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  25.62 
 
 
179 aa  58.9  0.00000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.07 
 
 
170 aa  58.9  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2515  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.45 
 
 
204 aa  58.9  0.00000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000238354 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3941  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.71 
 
 
178 aa  58.5  0.00000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.663751  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  28.99 
 
 
158 aa  58.2  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3274  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.13 
 
 
167 aa  58.2  0.00000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.41453  normal  0.0460186 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  28.99 
 
 
158 aa  58.2  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.49 
 
 
199 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1616  RNA polymerase sigma factor  26.97 
 
 
184 aa  57.8  0.00000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0618359  normal  0.0178191 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  32.09 
 
 
172 aa  57.4  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  28.3 
 
 
196 aa  57  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  30.12 
 
 
232 aa  57.4  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5619  RNA polymerase sigma factor  30.36 
 
 
178 aa  57  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  27.43 
 
 
234 aa  57.8  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2827  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.19 
 
 
187 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.19 
 
 
187 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.97 
 
 
187 aa  57.8  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.06 
 
 
173 aa  56.6  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.1 
 
 
176 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  26.06 
 
 
173 aa  56.6  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0176  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.67 
 
 
206 aa  57  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.658272  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1809  sigma-24 (FecI)  27.27 
 
 
181 aa  57  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.19 
 
 
176 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0245  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.04 
 
 
167 aa  56.6  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>