More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_0655 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
189 aa  375  1e-103  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.03 
 
 
193 aa  103  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.681146  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  41.45 
 
 
180 aa  98.6  4e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.45 
 
 
180 aa  99  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.14 
 
 
173 aa  97.4  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.74 
 
 
194 aa  94.4  9e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.27 
 
 
169 aa  92.4  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  40.14 
 
 
159 aa  88.6  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.33 
 
 
171 aa  88.2  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  35.58 
 
 
172 aa  86.7  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2381  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.18 
 
 
195 aa  86.7  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.599454  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  35.86 
 
 
188 aa  86.7  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  36.11 
 
 
165 aa  85.5  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.59 
 
 
159 aa  84.7  7e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.813832 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  36.13 
 
 
158 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  37.59 
 
 
166 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  34.62 
 
 
158 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  34.84 
 
 
158 aa  81.6  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  39.29 
 
 
173 aa  81.6  0.000000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  32.19 
 
 
168 aa  81.6  0.000000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  33.96 
 
 
160 aa  81.3  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  31.37 
 
 
172 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  35.44 
 
 
158 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  39.22 
 
 
175 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  36.88 
 
 
168 aa  80.1  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.3 
 
 
187 aa  79.3  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.91 
 
 
187 aa  78.6  0.00000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  37.21 
 
 
151 aa  77.4  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  37.91 
 
 
175 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.06 
 
 
167 aa  77.4  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.12 
 
 
171 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  35.29 
 
 
189 aa  76.6  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  33.77 
 
 
234 aa  77  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  33.09 
 
 
169 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.91 
 
 
166 aa  76.3  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.36 
 
 
165 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.59 
 
 
161 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.59 
 
 
165 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1920  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.31 
 
 
198 aa  75.5  0.0000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0798561  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4146  sigma-24 (FecI-like)  34.59 
 
 
187 aa  75.5  0.0000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.06 
 
 
162 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4074  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.75 
 
 
172 aa  75.1  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.240702  normal  0.858688 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13460  RNA polymerase sigma factor  33.09 
 
 
169 aa  75.1  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0861545  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3503  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.92 
 
 
203 aa  74.7  0.0000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.707859  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1151  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.72 
 
 
232 aa  74.7  0.0000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0582871  normal  0.0116011 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1209  RNA polymerase sigma-70 family protein  32.26 
 
 
168 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.67 
 
 
170 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3666  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.87 
 
 
189 aa  73.9  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000000159733  normal  0.134182 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.47 
 
 
171 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.09 
 
 
162 aa  73.9  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.03 
 
 
165 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.12 
 
 
171 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0877  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.45 
 
 
169 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.47 
 
 
171 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1359  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.45 
 
 
169 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1040  RNA polymerase sigma factor  34 
 
 
167 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6760  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.19 
 
 
183 aa  72.4  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  32.67 
 
 
170 aa  72  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2194  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.37 
 
 
170 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3577  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35.37 
 
 
170 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  33.57 
 
 
180 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  31.01 
 
 
164 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0160  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25 
 
 
171 aa  72  0.000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.329476  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.94 
 
 
173 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  31.13 
 
 
187 aa  71.6  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  31.21 
 
 
171 aa  71.6  0.000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.33 
 
 
175 aa  71.6  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02250  RNA polymerase sigma factor, FecI family  26.25 
 
 
167 aa  71.2  0.000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.3 
 
 
171 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.56 
 
 
169 aa  71.6  0.000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6117  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.97 
 
 
183 aa  71.2  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  36.84 
 
 
159 aa  71.2  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  29.87 
 
 
185 aa  71.2  0.000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11245  RNA polymerase sigma factor SigE  31.47 
 
 
257 aa  70.9  0.00000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00634169  normal  0.0158718 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3274  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.3 
 
 
167 aa  70.9  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.41453  normal  0.0460186 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  33.96 
 
 
440 aa  70.9  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0757  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.43 
 
 
168 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.990255  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  36.17 
 
 
166 aa  70.5  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.13 
 
 
184 aa  70.9  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2200  RNA polymerase sigma factor SigE  29.94 
 
 
282 aa  69.7  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.681344  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4008  RNA polymerase sigma factor SigE  30.77 
 
 
253 aa  69.7  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.290369  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3268  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.8 
 
 
163 aa  70.1  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.191467  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3998  RNA polymerase sigma-70 factor  27.54 
 
 
202 aa  69.7  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4099  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.5 
 
 
180 aa  70.5  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  37.32 
 
 
183 aa  69.7  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3994  RNA polymerase sigma factor SigE  30.77 
 
 
260 aa  69.7  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.622546  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  35.37 
 
 
196 aa  69.7  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4068  RNA polymerase sigma factor SigE  30.77 
 
 
260 aa  69.7  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0887025  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.33 
 
 
170 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  32.48 
 
 
182 aa  69.7  0.00000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  30.38 
 
 
164 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  33.57 
 
 
196 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.9 
 
 
166 aa  69.7  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.33 
 
 
170 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2979  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.3 
 
 
170 aa  69.3  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834183  normal  0.211367 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.33 
 
 
170 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.66 
 
 
169 aa  68.9  0.00000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  36.02 
 
 
174 aa  68.9  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4502  sigma-24 (FecI-like)  31.79 
 
 
169 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0212205  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  30 
 
 
172 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>