96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0787 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0787  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 		 224 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.298553  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.84 
 
 		 216 aa  87  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.325011 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0160  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.57 
 
 		 171 aa  64.3  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.329476  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  21.13 
 
 		 168 aa  59.7  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.93 
 
 		 183 aa  58.9  0.00000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4345  sigma-24 (FecI)  25.29 
 
 		 181 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.09 
 
 		 173 aa  55.5  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  27.74 
 
 		 158 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  25.55 
 
 		 158 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  28.03 
 
 		 181 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  28.03 
 
 		 181 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0813524 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  25.55 
 
 		 158 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.21 
 
 		 170 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  23.81 
 
 		 183 aa  52  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.37 
 
 		 171 aa  51.6  0.000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  23.12 
 
 		 172 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.21 
 
 		 170 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.21 
 
 		 170 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2075  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.45 
 
 		 173 aa  50.8  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  26.21 
 
 		 170 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  27.74 
 
 		 158 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  24.03 
 
 		 166 aa  50.4  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  28.46 
 
 		 193 aa  50.1  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5187  RNA polymerase sigma factor  23.72 
 
 		 172 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.879511  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  23.12 
 
 		 164 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  23.68 
 
 		 172 aa  48.9  0.00007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4172  RNA polymerase sigma factor  23.87 
 
 		 161 aa  48.5  0.00009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  21.99 
 
 		 202 aa  47.8  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.29 
 
 		 169 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  23.18 
 
 		 172 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  23.18 
 
 		 172 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  27.82 
 
 		 194 aa  47.8  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  26.61 
 
 		 180 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.26 
 
 		 173 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.91 
 
 		 190 aa  47.4  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  23.18 
 
 		 172 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.39 
 
 		 189 aa  47  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.98 
 
 		 163 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  22.3 
 
 		 160 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22650  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  29.41 
 
 		 174 aa  46.6  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.308383  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0399  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.21 
 
 		 291 aa  46.6  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  27.41 
 
 		 185 aa  46.6  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  22.52 
 
 		 172 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  22.93 
 
 		 168 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  23.03 
 
 		 188 aa  45.8  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  23.94 
 
 		 178 aa  45.8  0.0005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  29.31 
 
 		 172 aa  45.4  0.0006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.84 
 
 		 194 aa  45.1  0.0008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1151  RNA polymerase sigma factor  22.67 
 
 		 173 aa  45.1  0.0008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8916  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  21.84 
 
 		 170 aa  45.1  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0707335  normal  0.329972 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  26.03 
 
 		 151 aa  44.7  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2472  sigma-24  24.4 
 
 		 198 aa  45.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0863635 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.13 
 
 		 165 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.97 
 
 		 210 aa  44.7  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1134  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.36 
 
 		 175 aa  44.7  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21550  ECF sigma factor, FecI family  23.33 
 
 		 175 aa  45.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1209  RNA polymerase sigma-70 family protein  25.79 
 
 		 168 aa  45.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  21.64 
 
 		 187 aa  45.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47170  RNA polymerase sigma factor, FecI family  23.48 
 
 		 160 aa  45.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.236837  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1270  RNA polymerase sigma factor  22.58 
 
 		 161 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.125733  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3437  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.71 
 
 		 172 aa  43.9  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0331646  hitchhiker  0.00375659 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3126  RNA polymerase sigma factor  23.49 
 
 		 168 aa  43.9  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  29.63 
 
 		 195 aa  43.9  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.87 
 
 		 171 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  23.45 
 
 		 169 aa  43.9  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  29.63 
 
 		 181 aa  43.9  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  21.99 
 
 		 172 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.97 
 
 		 174 aa  43.9  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  26.09 
 
 		 171 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4611  RNA polymerase sigma factor  23.08 
 
 		 170 aa  43.5  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1522  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.63 
 
 		 189 aa  43.5  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  27.12 
 
 		 168 aa  43.1  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2248  RNA polymerase sigma factor SigJ  25.83 
 
 		 289 aa  43.5  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00552813  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2472  RNA polymerase sigma factor SigJ  25.83 
 
 		 289 aa  43.5  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2279  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.12 
 
 		 171 aa  42.7  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.965307  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4049  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.43 
 
 		 186 aa  42.7  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  21.53 
 
 		 172 aa  42.4  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2245  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.15 
 
 		 167 aa  42.7  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.487032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  24.66 
 
 		 180 aa  42.7  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.66 
 
 		 180 aa  42.7  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2551  RNA polymerase sigma factor SigJ  23.49 
 
 		 289 aa  42.4  0.006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.962391  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.64 
 
 		 159 aa  42  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.813832 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.21 
 
 		 166 aa  42  0.007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0955  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.38 
 
 		 283 aa  42  0.008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0246581  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  20.75 
 
 		 193 aa  42  0.008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.681146  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3848  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.19 
 
 		 292 aa  42  0.008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  24.59 
 
 		 179 aa  42  0.008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  25 
 
 		 157 aa  42  0.008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3315  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.59 
 
 		 176 aa  42  0.008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  23.02 
 
 		 182 aa  41.6  0.009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4644  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.31 
 
 		 172 aa  41.6  0.009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1040  RNA polymerase sigma factor  21.79 
 
 		 167 aa  41.6  0.009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.08 
 
 		 168 aa  41.6  0.01  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.69 
 
 		 187 aa  41.6  0.01  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5893  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.09 
 
 		 171 aa  41.6  0.01  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.830728  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2252  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.1 
 
 		 193 aa  41.6  0.01  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708239  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>