More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_3282 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
194 aa  384  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50.96 
 
 
172 aa  153  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3720  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.97 
 
 
186 aa  109  2.0000000000000002e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.344923  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3503  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.99 
 
 
203 aa  105  4e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.707859  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.9 
 
 
193 aa  102  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.681146  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2381  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.22 
 
 
195 aa  101  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.599454  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  35.16 
 
 
185 aa  88.6  5e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  33.1 
 
 
189 aa  86.7  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.96 
 
 
189 aa  86.7  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  31.65 
 
 
196 aa  84.3  9e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  36.05 
 
 
180 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.05 
 
 
180 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.41 
 
 
169 aa  82.8  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  36.42 
 
 
183 aa  82.8  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.65 
 
 
173 aa  82  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  31.9 
 
 
173 aa  82  0.000000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  38.62 
 
 
172 aa  80.9  0.00000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  32.35 
 
 
188 aa  80.5  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
171 aa  80.1  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.47 
 
 
188 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.09 
 
 
169 aa  77.4  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  29.2 
 
 
168 aa  77  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  38.02 
 
 
193 aa  75.9  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  31.72 
 
 
165 aa  73.2  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  30.5 
 
 
180 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.45 
 
 
190 aa  72.8  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  33.11 
 
 
173 aa  72.4  0.000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.11 
 
 
173 aa  72.4  0.000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  33.11 
 
 
173 aa  72.4  0.000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  33.11 
 
 
173 aa  72.4  0.000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  33.11 
 
 
173 aa  72.4  0.000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  35.04 
 
 
194 aa  72  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.38 
 
 
166 aa  72  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  30.56 
 
 
182 aa  72  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.57 
 
 
169 aa  71.6  0.000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3752  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.21 
 
 
181 aa  71.2  0.000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401428  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  33.33 
 
 
151 aa  71.2  0.000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  33.12 
 
 
174 aa  70.9  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  33.11 
 
 
166 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  30.95 
 
 
160 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  29.11 
 
 
169 aa  69.3  0.00000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  31.58 
 
 
179 aa  69.7  0.00000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  31.58 
 
 
170 aa  69.7  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.03 
 
 
168 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0667  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.94 
 
 
178 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.3 
 
 
174 aa  69.3  0.00000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  32.65 
 
 
166 aa  68.9  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.41 
 
 
171 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.79 
 
 
161 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.97 
 
 
165 aa  68.6  0.00000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.588251  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.79 
 
 
165 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  33.09 
 
 
181 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.91 
 
 
165 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  30.13 
 
 
171 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.82 
 
 
162 aa  66.6  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  32 
 
 
234 aa  66.6  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  30.26 
 
 
172 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  31.37 
 
 
172 aa  67  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.46 
 
 
162 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.5 
 
 
181 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0813524 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.51 
 
 
171 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  31.21 
 
 
168 aa  66.2  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
169 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  28.74 
 
 
172 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.61 
 
 
176 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  32.8 
 
 
178 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  29.61 
 
 
172 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  30.32 
 
 
166 aa  65.9  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
170 aa  65.5  0.0000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.8 
 
 
178 aa  65.5  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.45 
 
 
168 aa  65.1  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30.99 
 
 
175 aa  65.1  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.08 
 
 
171 aa  65.1  0.0000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2387  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.21 
 
 
169 aa  65.1  0.0000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572366  normal  0.608857 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.19 
 
 
171 aa  65.1  0.0000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  28.81 
 
 
172 aa  65.1  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0700  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.7 
 
 
201 aa  64.7  0.0000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00161913  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  29.85 
 
 
175 aa  64.7  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.46 
 
 
165 aa  64.3  0.0000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.77 
 
 
176 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  28.76 
 
 
157 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4502  sigma-24 (FecI-like)  31.13 
 
 
169 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0212205  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2212  sigma-24 (FecI-like)  32.12 
 
 
202 aa  63.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  27.44 
 
 
171 aa  64.3  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1359  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.13 
 
 
169 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0877  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.13 
 
 
169 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.77 
 
 
187 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.77 
 
 
176 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  30.46 
 
 
172 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.51 
 
 
163 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.93 
 
 
176 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  32.12 
 
 
164 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.65 
 
 
159 aa  63.5  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.813832 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.77 
 
 
159 aa  63.5  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  30.72 
 
 
174 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2827  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.77 
 
 
187 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  35.34 
 
 
171 aa  62.8  0.000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.06 
 
 
216 aa  63.2  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.325011 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  30.67 
 
 
159 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  31.01 
 
 
159 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>