More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2205 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  100 
 
 
193 aa  384  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2212  sigma-24 (FecI-like)  47.88 
 
 
202 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  49.35 
 
 
183 aa  138  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  46.01 
 
 
182 aa  123  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  40.85 
 
 
181 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  40.85 
 
 
181 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0813524 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0480  sigma-24 (FecI-like)  41.88 
 
 
182 aa  114  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0637094  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3128  sigma-24 (FecI-like)  43.31 
 
 
169 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.311095 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2102  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.03 
 
 
178 aa  110  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.488578  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2905  sigma-24 (FecI-like)  38.26 
 
 
180 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0305707  normal  0.216525 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3198  sigma-24 (FecI)  39.39 
 
 
183 aa  105  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0767993  hitchhiker  0.00326086 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2219  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.96 
 
 
176 aa  103  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0934432  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2217  sigma-24 (FecI-like)  35.26 
 
 
183 aa  100  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.10129  normal  0.130898 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2232  sigma-24 (FecI-like)  39.16 
 
 
181 aa  95.5  5e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.684813  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.9 
 
 
171 aa  92.4  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.1 
 
 
173 aa  90.5  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.35 
 
 
181 aa  87.4  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.68 
 
 
194 aa  81.3  0.000000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  32.95 
 
 
188 aa  77.8  0.00000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  36.81 
 
 
173 aa  75.1  0.0000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  38.62 
 
 
180 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.62 
 
 
180 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  32.1 
 
 
165 aa  72.8  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  34.18 
 
 
234 aa  72  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.64 
 
 
165 aa  71.2  0.000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  33.55 
 
 
173 aa  70.9  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.55 
 
 
173 aa  70.9  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  33.12 
 
 
174 aa  70.5  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  38.56 
 
 
172 aa  70.5  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  31.25 
 
 
160 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  33.55 
 
 
173 aa  70.9  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  33.55 
 
 
173 aa  70.9  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  33.55 
 
 
173 aa  70.9  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.62 
 
 
171 aa  69.3  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00587435 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  35.67 
 
 
170 aa  69.3  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  35.48 
 
 
159 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  34.15 
 
 
158 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.93 
 
 
166 aa  68.9  0.00000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  33.96 
 
 
175 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.96 
 
 
189 aa  68.2  0.00000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  31.65 
 
 
158 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.44 
 
 
171 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1990  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.25 
 
 
178 aa  66.6  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.730289  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2018  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.54 
 
 
228 aa  65.9  0.0000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.865187  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.12 
 
 
169 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0690  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.05 
 
 
168 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  32.68 
 
 
166 aa  65.5  0.0000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  33.08 
 
 
172 aa  65.5  0.0000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  33.33 
 
 
166 aa  65.5  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.44 
 
 
171 aa  65.1  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  33.96 
 
 
175 aa  65.1  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.45 
 
 
170 aa  64.7  0.0000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.45 
 
 
170 aa  64.7  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  32.32 
 
 
176 aa  64.7  0.0000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.45 
 
 
170 aa  64.7  0.0000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.92 
 
 
374 aa  64.7  0.0000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.45 
 
 
170 aa  64.7  0.0000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  32.92 
 
 
374 aa  64.7  0.0000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  33.55 
 
 
168 aa  64.7  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00872  extracytoplasmic function sigma factor transcription regulator protein  29.8 
 
 
194 aa  63.9  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.037032  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  29.82 
 
 
188 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.52 
 
 
187 aa  63.2  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.77 
 
 
171 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  33.76 
 
 
187 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.67 
 
 
157 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  29.45 
 
 
172 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  30.92 
 
 
172 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.92 
 
 
183 aa  62.4  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572123  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  33.33 
 
 
166 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.94 
 
 
174 aa  62.4  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.47 
 
 
169 aa  62.4  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  29.81 
 
 
158 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4750  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.94 
 
 
199 aa  62.4  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135059  normal  0.660799 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  33.12 
 
 
159 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  31.58 
 
 
172 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4021  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  27.74 
 
 
174 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27293  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3752  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.19 
 
 
181 aa  61.6  0.000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401428  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  29.17 
 
 
171 aa  61.2  0.000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.11 
 
 
210 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7286  sigma factor  33.54 
 
 
180 aa  60.8  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  33.33 
 
 
374 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  30.26 
 
 
172 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.62 
 
 
170 aa  61.2  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.21 
 
 
161 aa  61.2  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2245  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.07 
 
 
167 aa  60.5  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.487032  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  31.47 
 
 
172 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46660  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  27.22 
 
 
246 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00128883  hitchhiker  0.00000365459 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  32.08 
 
 
158 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.1 
 
 
169 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.41 
 
 
171 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.615408 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1340  fec I like protein  31.82 
 
 
186 aa  59.7  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.47 
 
 
171 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1606  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.62 
 
 
161 aa  58.9  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.861326  normal  0.425671 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  31.79 
 
 
172 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.94 
 
 
165 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.94 
 
 
161 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.52 
 
 
182 aa  58.5  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2381  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.3 
 
 
195 aa  58.5  0.00000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.599454  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.34 
 
 
167 aa  58.2  0.00000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.58 
 
 
175 aa  58.2  0.00000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>