More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_1990 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_1990  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
178 aa  359  1e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.730289  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2245  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.61 
 
 
167 aa  102  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.487032  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  37.14 
 
 
183 aa  87.4  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.62 
 
 
171 aa  76.6  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.36 
 
 
174 aa  75.5  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1040  RNA polymerase sigma factor  31.48 
 
 
167 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3577  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.93 
 
 
170 aa  75.1  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.17 
 
 
188 aa  75.1  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  35.1 
 
 
173 aa  73.9  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.1 
 
 
173 aa  73.9  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  35.1 
 
 
173 aa  73.9  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.12 
 
 
182 aa  73.6  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  35.1 
 
 
173 aa  73.9  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  35.1 
 
 
173 aa  73.9  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  30.19 
 
 
164 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2194  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
170 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.45 
 
 
202 aa  72.4  0.000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  31.82 
 
 
185 aa  71.6  0.000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13460  RNA polymerase sigma factor  33.11 
 
 
169 aa  71.6  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0861545  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2337  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
170 aa  71.2  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.76938  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3268  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.87 
 
 
163 aa  70.5  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.191467  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1209  RNA polymerase sigma-70 family protein  29.75 
 
 
168 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35.06 
 
 
195 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2301  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.92 
 
 
174 aa  68.6  0.00000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.288382  normal  0.197557 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4074  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.25 
 
 
172 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.240702  normal  0.858688 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.11 
 
 
168 aa  68.2  0.00000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  31.79 
 
 
169 aa  67.8  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.17 
 
 
167 aa  67.8  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.49 
 
 
187 aa  67.8  0.00000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  35.21 
 
 
158 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  30.19 
 
 
164 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  34.31 
 
 
170 aa  66.2  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  33.93 
 
 
181 aa  65.1  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37990  RNA polymerase sigma factor  32.17 
 
 
168 aa  65.1  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000275942  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.06 
 
 
181 aa  64.7  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  32.45 
 
 
188 aa  64.3  0.0000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47170  RNA polymerase sigma factor, FecI family  32.43 
 
 
160 aa  63.5  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.236837  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  32.39 
 
 
160 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4611  RNA polymerase sigma factor  30.41 
 
 
170 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.13 
 
 
177 aa  62.8  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.189895 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.27 
 
 
173 aa  63.5  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  30.72 
 
 
193 aa  63.2  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30.92 
 
 
157 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0872  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.54 
 
 
168 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2598  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.59 
 
 
201 aa  63.2  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.29 
 
 
169 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3274  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.29 
 
 
167 aa  62.4  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.41453  normal  0.0460186 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
171 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  27.71 
 
 
196 aa  62  0.000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1182  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.01 
 
 
169 aa  62  0.000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.324595  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.01 
 
 
169 aa  62  0.000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0728748  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1159  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.01 
 
 
169 aa  62  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.65 
 
 
168 aa  62  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1506  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  29.01 
 
 
169 aa  61.2  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0804229  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.01 
 
 
169 aa  61.2  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.50478  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1419  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  29.01 
 
 
169 aa  61.2  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0340587  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  30.46 
 
 
179 aa  61.2  0.000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0420  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.68 
 
 
164 aa  61.2  0.000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.193061  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  31.33 
 
 
194 aa  61.2  0.000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  29.73 
 
 
172 aa  61.2  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.61 
 
 
165 aa  60.8  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  35.14 
 
 
158 aa  60.8  0.000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  29.19 
 
 
172 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  32 
 
 
158 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21550  ECF sigma factor, FecI family  29.88 
 
 
175 aa  60.8  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2613  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35 
 
 
192 aa  60.8  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.6855  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  29.38 
 
 
166 aa  60.1  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  31.33 
 
 
174 aa  59.7  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  34.48 
 
 
158 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  29.73 
 
 
172 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.48 
 
 
168 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1935  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.08 
 
 
169 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.020135 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1383  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.4 
 
 
169 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00102713  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30.56 
 
 
181 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0813524 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.41 
 
 
191 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  29.81 
 
 
172 aa  58.9  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  29.59 
 
 
180 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  33.11 
 
 
166 aa  59.3  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.41 
 
 
194 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  33.11 
 
 
159 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
166 aa  58.9  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1359  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.73 
 
 
169 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0877  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.73 
 
 
169 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6117  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.3 
 
 
183 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  36.3 
 
 
173 aa  58.5  0.00000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  30.72 
 
 
179 aa  58.5  0.00000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5187  RNA polymerase sigma factor  29.63 
 
 
172 aa  58.2  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.879511  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3128  sigma-24 (FecI-like)  31.25 
 
 
169 aa  58.2  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.311095 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3198  sigma-24 (FecI)  30.82 
 
 
183 aa  57.8  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0767993  hitchhiker  0.00326086 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2232  sigma-24 (FecI-like)  33.33 
 
 
181 aa  57.8  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.684813  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2905  sigma-24 (FecI-like)  34.48 
 
 
180 aa  57.8  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0305707  normal  0.216525 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.7 
 
 
171 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.56 
 
 
165 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  29.3 
 
 
185 aa  57  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.38 
 
 
171 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4231  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.5 
 
 
168 aa  57.4  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4502  sigma-24 (FecI-like)  30.41 
 
 
169 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0212205  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4366  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.5 
 
 
168 aa  57.4  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.89 
 
 
175 aa  57.4  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.99 
 
 
191 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>