291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2217 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2217  sigma-24 (FecI-like)  100 
 
 
183 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.10129  normal  0.130898 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  44.57 
 
 
181 aa  156  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0813524 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  47.2 
 
 
181 aa  152  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  44.65 
 
 
183 aa  144  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2905  sigma-24 (FecI-like)  41.9 
 
 
180 aa  143  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0305707  normal  0.216525 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2232  sigma-24 (FecI-like)  44.12 
 
 
181 aa  137  6e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.684813  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3128  sigma-24 (FecI-like)  44.38 
 
 
169 aa  136  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.311095 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0480  sigma-24 (FecI-like)  38.76 
 
 
182 aa  134  8e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0637094  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2102  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.9 
 
 
178 aa  129  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.488578  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3198  sigma-24 (FecI)  42.53 
 
 
183 aa  122  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0767993  hitchhiker  0.00326086 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2212  sigma-24 (FecI-like)  35.15 
 
 
202 aa  114  6e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  32.78 
 
 
182 aa  105  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  34.03 
 
 
193 aa  88.6  5e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2219  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.12 
 
 
176 aa  88.2  6e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0934432  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.94 
 
 
181 aa  86.3  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  33.11 
 
 
158 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  33.77 
 
 
158 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  34.21 
 
 
158 aa  71.2  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.43 
 
 
171 aa  70.5  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.79 
 
 
173 aa  69.7  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.82 
 
 
165 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  33.33 
 
 
214 aa  65.5  0.0000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  29.8 
 
 
159 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  32.24 
 
 
180 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.01 
 
 
166 aa  63.2  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.24 
 
 
180 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
190 aa  62.4  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4021  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  26.35 
 
 
174 aa  62  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27293  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.82 
 
 
166 aa  62  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46660  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  26.35 
 
 
246 aa  62  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00128883  hitchhiker  0.00000365459 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28 
 
 
174 aa  61.6  0.000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  28.86 
 
 
165 aa  61.2  0.000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  30.25 
 
 
158 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  30.46 
 
 
160 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  26.9 
 
 
175 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  29.31 
 
 
175 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  33.07 
 
 
188 aa  58.5  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.25 
 
 
161 aa  57.8  0.00000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28970  hypothetical protein  30.56 
 
 
179 aa  57.8  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.52458  hitchhiker  0.000032284 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.68 
 
 
183 aa  57  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572123  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  28.24 
 
 
173 aa  57  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3664  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.06 
 
 
166 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.409178  normal  0.448138 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.26 
 
 
187 aa  57.4  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  29.87 
 
 
159 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  29.22 
 
 
176 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  31.34 
 
 
172 aa  56.2  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.21 
 
 
170 aa  55.8  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0253  RNA polymerase sigma-70 factor  27.65 
 
 
202 aa  55.1  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.83737  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3889  RNA polymerase sigma factor  31.01 
 
 
225 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5824  RNA polymerase sigma factor  29.33 
 
 
264 aa  55.1  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.417668  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0644  RNA polymerase sigma factor SigY  22.94 
 
 
176 aa  55.1  0.0000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4479  RNA polymerase sigma factor  29.33 
 
 
264 aa  54.7  0.0000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  26.32 
 
 
176 aa  54.3  0.0000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1379  RNA polymerase sigma factor  29.33 
 
 
222 aa  54.7  0.0000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.12669  normal  0.0781006 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1587  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.52 
 
 
166 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.681382  normal  0.242514 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  24.1 
 
 
169 aa  54.7  0.0000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  27.63 
 
 
178 aa  54.3  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.68 
 
 
163 aa  54.3  0.0000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  27.78 
 
 
166 aa  54.3  0.0000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1134  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.26 
 
 
175 aa  54.3  0.0000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  28.1 
 
 
174 aa  53.9  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  26.32 
 
 
176 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  28.19 
 
 
166 aa  54.3  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.03 
 
 
176 aa  54.3  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.57 
 
 
176 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  27.63 
 
 
178 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28 
 
 
169 aa  53.1  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4381  RNA polymerase sigma factor  30.26 
 
 
250 aa  53.5  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.566975 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.67 
 
 
167 aa  53.1  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3752  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.82 
 
 
181 aa  52.8  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401428  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  30.99 
 
 
236 aa  52.8  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3917  RNA polymerase sigma factor  29.8 
 
 
250 aa  52.8  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0048  transcriptional regulator, LuxR family  27.59 
 
 
184 aa  52.4  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.426983  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  25.81 
 
 
169 aa  52  0.000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1932  RNA polymerase sigma-70 factor  27.56 
 
 
195 aa  51.6  0.000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.442091  normal  0.0192744 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  28.03 
 
 
151 aa  51.2  0.000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6883  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.66 
 
 
214 aa  50.8  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  29.37 
 
 
440 aa  50.4  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2075  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.91 
 
 
173 aa  50.4  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1172  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.85 
 
 
189 aa  50.4  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  26.49 
 
 
234 aa  50.8  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1768  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.87 
 
 
198 aa  49.7  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.433786 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.62 
 
 
162 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4499  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.54 
 
 
196 aa  50.1  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.878271  normal  0.799417 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.67 
 
 
201 aa  49.7  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  26.92 
 
 
171 aa  49.7  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  28.75 
 
 
166 aa  49.7  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.42 
 
 
223 aa  49.7  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.188745  normal  0.196172 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1990  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.86 
 
 
178 aa  50.1  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.730289  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0200  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.53 
 
 
188 aa  50.1  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.594006  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  26.14 
 
 
159 aa  49.3  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.15 
 
 
194 aa  49.3  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2423  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.05 
 
 
194 aa  49.3  0.00003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5383  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.82 
 
 
356 aa  49.3  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0235678  normal  0.161919 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4804  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.05 
 
 
219 aa  48.9  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127624  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  28.66 
 
 
166 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  29.08 
 
 
166 aa  48.9  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  26.14 
 
 
179 aa  48.5  0.00005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1760  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.58 
 
 
205 aa  48.5  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.431195 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
182 aa  48.5  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>