227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2905 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_2905  sigma-24 (FecI-like)  100 
 
 
180 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0305707  normal  0.216525 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  44.72 
 
 
183 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2217  sigma-24 (FecI-like)  41.9 
 
 
183 aa  135  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.10129  normal  0.130898 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2102  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.86 
 
 
178 aa  120  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.488578  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3128  sigma-24 (FecI-like)  37.87 
 
 
169 aa  115  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.311095 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  33.91 
 
 
181 aa  109  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0813524 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.48 
 
 
181 aa  108  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0480  sigma-24 (FecI-like)  34.64 
 
 
182 aa  105  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0637094  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2232  sigma-24 (FecI-like)  36.72 
 
 
181 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.684813  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2212  sigma-24 (FecI-like)  34.13 
 
 
202 aa  99.8  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3198  sigma-24 (FecI)  32.76 
 
 
183 aa  98.6  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0767993  hitchhiker  0.00326086 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  31.67 
 
 
182 aa  97.1  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  38.26 
 
 
193 aa  96.3  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.01 
 
 
181 aa  85.5  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  35.97 
 
 
172 aa  80.9  0.000000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.29 
 
 
171 aa  78.2  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  31.85 
 
 
174 aa  73.6  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2219  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.21 
 
 
176 aa  72.4  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0934432  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.2 
 
 
173 aa  70.9  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  28.3 
 
 
188 aa  65.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.56 
 
 
374 aa  64.7  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  32.7 
 
 
374 aa  65.1  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4047  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.97 
 
 
244 aa  64.7  0.0000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.750975  normal  0.908185 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4021  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  26.51 
 
 
174 aa  60.8  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27293  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  32.21 
 
 
176 aa  60.8  0.00000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  33.33 
 
 
170 aa  60.5  0.00000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  32.21 
 
 
374 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46660  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  27.11 
 
 
246 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00128883  hitchhiker  0.00000365459 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.72 
 
 
165 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  28.38 
 
 
158 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.56 
 
 
174 aa  58.5  0.00000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  27.67 
 
 
234 aa  58.2  0.00000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1990  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.48 
 
 
178 aa  57.8  0.00000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.730289  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  32.62 
 
 
165 aa  57.4  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  28.57 
 
 
214 aa  56.2  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  26.49 
 
 
169 aa  56.2  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  32.69 
 
 
166 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  27.03 
 
 
158 aa  55.5  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4063  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  27.38 
 
 
223 aa  54.7  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.806814 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0517  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  27.38 
 
 
223 aa  54.7  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.56 
 
 
191 aa  54.7  0.0000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  27.27 
 
 
185 aa  54.3  0.0000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4275  sigma24, FecI  28.78 
 
 
165 aa  54.3  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4119  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.78 
 
 
165 aa  54.3  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  27.22 
 
 
180 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  25.93 
 
 
169 aa  53.1  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  30.92 
 
 
171 aa  53.1  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.71 
 
 
166 aa  53.1  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  25.32 
 
 
160 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.06 
 
 
162 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2077  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.7 
 
 
197 aa  52.4  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.86 
 
 
180 aa  52  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  25.5 
 
 
159 aa  52  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  28.86 
 
 
180 aa  52  0.000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  28.17 
 
 
166 aa  51.6  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.9 
 
 
194 aa  52  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.17 
 
 
163 aa  52  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  26.45 
 
 
187 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  26.9 
 
 
191 aa  51.2  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  29.1 
 
 
182 aa  51.2  0.000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  25.16 
 
 
175 aa  51.2  0.000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5383  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.82 
 
 
356 aa  50.8  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0235678  normal  0.161919 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3752  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.88 
 
 
181 aa  50.8  0.000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401428  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  27.16 
 
 
176 aa  50.8  0.000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.95 
 
 
175 aa  51.2  0.000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.62 
 
 
161 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.07 
 
 
165 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3720  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.2 
 
 
186 aa  50.8  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.344923  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  25.83 
 
 
159 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.62 
 
 
165 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  27.82 
 
 
151 aa  50.1  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
176 aa  49.7  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1582  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.34 
 
 
186 aa  50.1  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.1 
 
 
189 aa  49.7  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  26.54 
 
 
176 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  26.54 
 
 
176 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  26.54 
 
 
176 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  25.81 
 
 
175 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.1 
 
 
166 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3727  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.06 
 
 
178 aa  48.9  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2793  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.08 
 
 
200 aa  48.9  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.129916  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.43 
 
 
194 aa  48.9  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.28 
 
 
165 aa  48.5  0.00005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  27.46 
 
 
166 aa  48.5  0.00005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.77 
 
 
188 aa  48.5  0.00005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  26.32 
 
 
196 aa  48.5  0.00005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1550  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.57 
 
 
222 aa  48.5  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.362931  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1529  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.57 
 
 
222 aa  48.1  0.00006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.77026  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  26.92 
 
 
178 aa  48.1  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  25 
 
 
158 aa  48.1  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4778  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.57 
 
 
218 aa  47.8  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.310601  normal  0.199717 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.97 
 
 
192 aa  47.8  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1607  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.57 
 
 
222 aa  47.8  0.00008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483087  normal  0.0648127 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1152  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.57 
 
 
222 aa  47.8  0.00008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0103149  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3889  RNA polymerase sigma factor  30.53 
 
 
225 aa  47.8  0.00008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  27.27 
 
 
195 aa  47.8  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.38 
 
 
171 aa  47.8  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1632  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.57 
 
 
222 aa  47.8  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281996  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.83 
 
 
206 aa  47.8  0.00008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25290  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.87 
 
 
166 aa  47.8  0.00009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>