More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4244 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  100 
 
 
176 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  94.89 
 
 
176 aa  348  2e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  94.29 
 
 
176 aa  344  3e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  94.86 
 
 
176 aa  345  3e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2827  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  85.88 
 
 
187 aa  317  7e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  85.31 
 
 
187 aa  316  1e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  82.95 
 
 
184 aa  307  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  79.55 
 
 
178 aa  297  6e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  80.12 
 
 
178 aa  293  9e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  69.23 
 
 
159 aa  236  1e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25290  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  55.7 
 
 
166 aa  175  3e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  46.79 
 
 
169 aa  136  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0517  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  42.58 
 
 
223 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4047  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  39.52 
 
 
244 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.750975  normal  0.908185 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4063  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  41.94 
 
 
223 aa  124  9e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.806814 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1191  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  42.58 
 
 
207 aa  122  2e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.38 
 
 
210 aa  122  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2427  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  42.58 
 
 
237 aa  122  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.773332  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1917  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  42.58 
 
 
237 aa  122  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2076  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  42.58 
 
 
237 aa  122  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.370816  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0297  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  42.58 
 
 
237 aa  122  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330584  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0864  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  42.58 
 
 
237 aa  122  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0195971  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1634  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  42.58 
 
 
237 aa  122  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0463569  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1931  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  42.58 
 
 
237 aa  122  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.385484  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.77 
 
 
260 aa  122  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4778  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  38.32 
 
 
218 aa  119  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.310601  normal  0.199717 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1607  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  40.65 
 
 
222 aa  118  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483087  normal  0.0648127 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1632  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  40.65 
 
 
222 aa  118  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281996  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1152  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  40.65 
 
 
222 aa  118  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0103149  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1550  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  40.65 
 
 
222 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.362931  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1529  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  40.65 
 
 
222 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.77026  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1606  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  40 
 
 
215 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000842587 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  37.42 
 
 
179 aa  100  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  36.02 
 
 
171 aa  99.8  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5732  sigma factor  37.5 
 
 
207 aa  99  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3752  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.18 
 
 
181 aa  98.6  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401428  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3323  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.46 
 
 
204 aa  98.6  4e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.130474 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.95 
 
 
177 aa  95.9  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.189895 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.03 
 
 
171 aa  95.5  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4804  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.48 
 
 
219 aa  95.1  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127624  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.54 
 
 
175 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  31.54 
 
 
175 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.93 
 
 
174 aa  82.4  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  38.17 
 
 
236 aa  80.5  0.00000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  33.11 
 
 
172 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.91 
 
 
169 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  33.11 
 
 
172 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1340  fec I like protein  32.41 
 
 
186 aa  78.6  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  31.79 
 
 
172 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  31.79 
 
 
172 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0844  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.54 
 
 
175 aa  75.1  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.498181  normal  0.882124 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  32.45 
 
 
172 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  31.29 
 
 
180 aa  75.1  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  33.12 
 
 
170 aa  75.1  0.0000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  33.11 
 
 
174 aa  74.7  0.0000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  35.92 
 
 
173 aa  74.7  0.0000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  31.13 
 
 
172 aa  74.3  0.0000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  33.33 
 
 
187 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.85 
 
 
165 aa  73.2  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.588251  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  32.45 
 
 
188 aa  73.2  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  31.06 
 
 
188 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7286  sigma factor  31.58 
 
 
180 aa  73.2  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.06 
 
 
173 aa  73.6  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  33.55 
 
 
159 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  30.82 
 
 
194 aa  72.8  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1388  sigma-24 (FecI)  30.06 
 
 
193 aa  72  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.441206 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.52 
 
 
191 aa  71.2  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  33.33 
 
 
178 aa  71.2  0.000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.23 
 
 
171 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  31.79 
 
 
179 aa  70.5  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.13 
 
 
165 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.78 
 
 
171 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  35.61 
 
 
185 aa  68.9  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.93 
 
 
169 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.54 
 
 
165 aa  68.2  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.54 
 
 
161 aa  68.2  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  29.63 
 
 
181 aa  68.2  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.22 
 
 
191 aa  67.8  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0858  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.74 
 
 
175 aa  67.8  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  30.92 
 
 
172 aa  67.8  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
166 aa  67.8  0.00000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  32.08 
 
 
374 aa  67.4  0.00000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.22 
 
 
194 aa  67.4  0.00000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  28.48 
 
 
176 aa  67.4  0.00000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.08 
 
 
374 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.69 
 
 
181 aa  67  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  29.63 
 
 
195 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
180 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  31.65 
 
 
374 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  30.63 
 
 
171 aa  67.4  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.4 
 
 
165 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
180 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4159  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.31 
 
 
168 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0606  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.41 
 
 
180 aa  66.6  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4231  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.31 
 
 
168 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30.77 
 
 
171 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  31.47 
 
 
151 aa  65.9  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  31.41 
 
 
214 aa  66.2  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4366  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.93 
 
 
168 aa  65.1  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  30.82 
 
 
166 aa  64.7  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>