252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3198 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3198  sigma-24 (FecI)  100 
 
 
183 aa  368  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0767993  hitchhiker  0.00326086 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  71.82 
 
 
181 aa  262  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0813524 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  71.27 
 
 
181 aa  262  2e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2232  sigma-24 (FecI-like)  51.76 
 
 
181 aa  159  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.684813  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2212  sigma-24 (FecI-like)  41.32 
 
 
202 aa  130  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2217  sigma-24 (FecI-like)  42.53 
 
 
183 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.10129  normal  0.130898 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  44.87 
 
 
183 aa  127  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3128  sigma-24 (FecI-like)  41.42 
 
 
169 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.311095 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  37.95 
 
 
182 aa  117  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2102  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.14 
 
 
178 aa  114  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.488578  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0480  sigma-24 (FecI-like)  35.71 
 
 
182 aa  111  5e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0637094  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  39.39 
 
 
193 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2905  sigma-24 (FecI-like)  32.76 
 
 
180 aa  103  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0305707  normal  0.216525 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.12 
 
 
181 aa  95.9  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2219  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.76 
 
 
176 aa  89.7  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0934432  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  36.11 
 
 
188 aa  89.7  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.87 
 
 
171 aa  84  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  37.97 
 
 
173 aa  84  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46660  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  27.37 
 
 
246 aa  82  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00128883  hitchhiker  0.00000365459 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  34.39 
 
 
174 aa  79.3  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.61 
 
 
174 aa  75.5  0.0000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.37 
 
 
180 aa  75.1  0.0000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  35.37 
 
 
180 aa  75.1  0.0000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4021  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  26.47 
 
 
174 aa  74.7  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27293  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  32.68 
 
 
160 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  35.46 
 
 
158 aa  71.6  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7286  sigma factor  33.55 
 
 
180 aa  71.6  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  28.36 
 
 
185 aa  71.2  0.000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.95 
 
 
170 aa  70.9  0.000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.95 
 
 
170 aa  70.9  0.000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.95 
 
 
170 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.88 
 
 
166 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  32.19 
 
 
175 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.33 
 
 
190 aa  70.5  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.54 
 
 
170 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.12 
 
 
194 aa  70.1  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  34.39 
 
 
166 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.33 
 
 
165 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  34.93 
 
 
158 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1340  fec I like protein  32.69 
 
 
186 aa  68.9  0.00000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  34.64 
 
 
158 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.48 
 
 
169 aa  68.6  0.00000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  34.01 
 
 
234 aa  68.2  0.00000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
210 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  30.34 
 
 
169 aa  67  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32 
 
 
175 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.77 
 
 
187 aa  67.4  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  36.23 
 
 
158 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  37.68 
 
 
159 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.54 
 
 
162 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_003296  RS00872  extracytoplasmic function sigma factor transcription regulator protein  27.22 
 
 
194 aa  65.5  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.037032  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.69 
 
 
161 aa  65.5  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1990  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.09 
 
 
178 aa  65.5  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.730289  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.41 
 
 
183 aa  65.5  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572123  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.54 
 
 
161 aa  64.7  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.54 
 
 
165 aa  64.7  0.0000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  31.25 
 
 
236 aa  63.9  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  34.27 
 
 
214 aa  63.9  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  31.72 
 
 
179 aa  64.3  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.26 
 
 
173 aa  64.3  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.21 
 
 
163 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  32.05 
 
 
176 aa  63.2  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.92 
 
 
165 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.13 
 
 
166 aa  62.8  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  30.41 
 
 
440 aa  61.6  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2387  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.41 
 
 
169 aa  61.6  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572366  normal  0.608857 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  29.56 
 
 
185 aa  61.6  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.09 
 
 
374 aa  61.2  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  29.7 
 
 
374 aa  61.2  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  30 
 
 
187 aa  61.2  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  29.5 
 
 
172 aa  60.5  0.00000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.14 
 
 
169 aa  60.5  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  35.42 
 
 
159 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  28.48 
 
 
374 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1286  RNA polymerase sigma-70 family protein  30.59 
 
 
180 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1522  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
189 aa  59.7  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.19 
 
 
169 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2381  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.09 
 
 
195 aa  59.3  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.599454  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.56 
 
 
182 aa  59.3  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  26.88 
 
 
180 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  28.79 
 
 
189 aa  58.5  0.00000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  26.63 
 
 
188 aa  58.5  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  26.45 
 
 
166 aa  58.5  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.34 
 
 
167 aa  58.2  0.00000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  28.38 
 
 
171 aa  58.2  0.00000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  28.17 
 
 
196 aa  57  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  29.34 
 
 
195 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.97 
 
 
173 aa  57  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  29.68 
 
 
178 aa  57.4  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  32.68 
 
 
166 aa  57.4  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.86 
 
 
159 aa  57  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  30.43 
 
 
178 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  29.55 
 
 
151 aa  56.6  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  31.47 
 
 
171 aa  56.6  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.19 
 
 
189 aa  56.6  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4119  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.77 
 
 
165 aa  56.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4275  sigma24, FecI  28.77 
 
 
165 aa  56.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.63 
 
 
178 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.58 
 
 
182 aa  56.2  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.56762 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  30 
 
 
166 aa  55.8  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>