More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmob_1582 on replicon NC_010003
Organism: Petrotoga mobilis SJ95



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010003  Pmob_1582  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
186 aa  373  1e-103  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1194  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.66 
 
 
189 aa  164  5.9999999999999996e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000462206  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1261  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.66 
 
 
189 aa  164  5.9999999999999996e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.782588  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.52 
 
 
203 aa  148  4e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0719  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.59 
 
 
206 aa  140  9.999999999999999e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0145  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.7 
 
 
192 aa  119  1.9999999999999998e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 
208 aa  114  7.999999999999999e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1062  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.83 
 
 
191 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000160674  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.25 
 
 
192 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3296  RNA polymerase sigma factor  31.75 
 
 
201 aa  113  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02467  RNA polymerase, sigma 24 (sigma E) factor  35.2 
 
 
191 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.2 
 
 
191 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1129  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.27 
 
 
191 aa  113  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0822674  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2791  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.71 
 
 
191 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00850329  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
191 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2726  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
191 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11882  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
191 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
191 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3604  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.27 
 
 
191 aa  113  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0116592  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1182  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.27 
 
 
191 aa  113  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0314169  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
191 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  35.2 
 
 
191 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3676  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
191 aa  112  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.302795  normal  0.408035 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
191 aa  112  3e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2750  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
191 aa  112  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.405161  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
191 aa  112  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.249889 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1605  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.14 
 
 
191 aa  112  3e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2832  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
191 aa  112  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2850  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
191 aa  112  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718935  normal  0.190623 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2966  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
191 aa  112  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.64 
 
 
191 aa  112  4.0000000000000004e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.79 
 
 
192 aa  111  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1198  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
191 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000152256  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3077  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
191 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0022477  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
192 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.86 
 
 
192 aa  109  3e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
192 aa  109  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
192 aa  109  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2077  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.84 
 
 
197 aa  109  3e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
192 aa  109  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
192 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.05 
 
 
192 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.05 
 
 
192 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.05 
 
 
192 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.05 
 
 
192 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.25 
 
 
206 aa  108  5e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.14 
 
 
199 aa  108  6e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.76 
 
 
193 aa  107  9.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.43 
 
 
192 aa  107  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.06 
 
 
199 aa  106  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.14 
 
 
199 aa  106  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.06 
 
 
199 aa  106  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.11 
 
 
192 aa  106  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.85 
 
 
199 aa  105  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.38 
 
 
199 aa  106  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.38 
 
 
199 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.38 
 
 
199 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1369  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.39 
 
 
206 aa  105  3e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0484883  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.85 
 
 
199 aa  105  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.89 
 
 
192 aa  105  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.38 
 
 
199 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1438  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.39 
 
 
206 aa  105  3e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.389052  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.85 
 
 
199 aa  105  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.96 
 
 
199 aa  105  4e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.85 
 
 
392 aa  105  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.14 
 
 
199 aa  105  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
192 aa  105  5e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.85 
 
 
199 aa  104  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.85 
 
 
199 aa  104  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.85 
 
 
199 aa  104  7e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.85 
 
 
199 aa  104  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.85 
 
 
199 aa  104  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.85 
 
 
199 aa  104  7e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.85 
 
 
199 aa  104  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.85 
 
 
199 aa  104  7e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.09 
 
 
192 aa  104  8e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.37 
 
 
192 aa  104  9e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1471  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
192 aa  103  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.8 
 
 
200 aa  104  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.22 
 
 
199 aa  103  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.15 
 
 
193 aa  103  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.84 
 
 
203 aa  103  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00426853  hitchhiker  0.000149569 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.77 
 
 
198 aa  103  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.89 
 
 
206 aa  103  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.68 
 
 
192 aa  102  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  102  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.62 
 
 
199 aa  102  5e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.84 
 
 
200 aa  101  7e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1626  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.97 
 
 
201 aa  101  7e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.909239  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4485  RNA polymerase sigma factor  31.03 
 
 
188 aa  99.8  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0832298 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0635  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.03 
 
 
211 aa  99.8  2e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4421  RNA polymerase sigma factor  31.03 
 
 
188 aa  99.8  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3684  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.54 
 
 
247 aa  99.4  3e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.328373  normal  0.718843 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4167  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.26 
 
 
205 aa  98.2  5e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.209234  normal  0.395118 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.11 
 
 
205 aa  98.2  5e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.11 
 
 
205 aa  98.2  5e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.32 
 
 
190 aa  98.6  5e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.91 
 
 
191 aa  98.2  5e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.89 
 
 
200 aa  98.2  6e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0312752  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.64 
 
 
200 aa  98.2  7e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>