More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3835 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_3835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
188 aa  391  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  60.59 
 
 
189 aa  221  7e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  51.6 
 
 
196 aa  196  1.0000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  52.15 
 
 
185 aa  196  1.0000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2816  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  38.01 
 
 
192 aa  122  4e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0479904  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02747  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  36.41 
 
 
210 aa  114  6.9999999999999995e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0700  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.57 
 
 
201 aa  112  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00161913  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3503  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.5 
 
 
203 aa  100  2e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.707859  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  34.87 
 
 
185 aa  83.6  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.58 
 
 
163 aa  81.6  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.47 
 
 
194 aa  79.3  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  31.45 
 
 
158 aa  79  0.00000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.04 
 
 
193 aa  78.2  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.681146  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  34.88 
 
 
159 aa  78.2  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  30.97 
 
 
158 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  31.29 
 
 
172 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  32.09 
 
 
159 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.33 
 
 
169 aa  75.1  0.0000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0937  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.22 
 
 
206 aa  74.7  0.0000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  32.35 
 
 
160 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  28.93 
 
 
158 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.16 
 
 
170 aa  72.4  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.81 
 
 
170 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.23 
 
 
171 aa  71.6  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  29.66 
 
 
151 aa  71.2  0.000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
170 aa  71.2  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  30 
 
 
173 aa  71.2  0.000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30 
 
 
170 aa  71.2  0.000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.83 
 
 
169 aa  71.2  0.000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
170 aa  71.2  0.000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  28.66 
 
 
181 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  27.33 
 
 
234 aa  70.5  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.46 
 
 
165 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  29.11 
 
 
158 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.21 
 
 
172 aa  69.7  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3720  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.71 
 
 
186 aa  70.1  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.344923  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2188  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.85 
 
 
167 aa  68.9  0.00000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.652193  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30.83 
 
 
171 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  28.89 
 
 
180 aa  68.2  0.00000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.43 
 
 
162 aa  68.2  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.89 
 
 
180 aa  68.2  0.00000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  28.67 
 
 
175 aa  67.8  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  31.06 
 
 
174 aa  67.4  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  30.72 
 
 
170 aa  67  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  29.5 
 
 
168 aa  67  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  29.45 
 
 
175 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  28.05 
 
 
195 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.1 
 
 
166 aa  66.2  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2381  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.85 
 
 
195 aa  65.9  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.599454  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  31.47 
 
 
374 aa  65.5  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.06 
 
 
165 aa  65.1  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.42 
 
 
173 aa  65.1  0.0000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  28.78 
 
 
188 aa  64.7  0.0000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  29.38 
 
 
214 aa  64.7  0.0000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  30 
 
 
171 aa  64.7  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  27.85 
 
 
194 aa  64.3  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1226  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.97 
 
 
155 aa  63.9  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.670431  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.89 
 
 
166 aa  64.3  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.77 
 
 
161 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.77 
 
 
165 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  30 
 
 
374 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  25.48 
 
 
178 aa  63.2  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30 
 
 
374 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  27.04 
 
 
187 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  30 
 
 
166 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.24 
 
 
162 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  24.31 
 
 
440 aa  61.6  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.82 
 
 
169 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4611  RNA polymerase sigma factor  28.28 
 
 
170 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  27.49 
 
 
188 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6284  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.77 
 
 
227 aa  60.1  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.354079 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  28.1 
 
 
166 aa  60.1  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  28.97 
 
 
164 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.71 
 
 
173 aa  60.5  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.19 
 
 
198 aa  59.3  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  28.08 
 
 
172 aa  59.3  0.00000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2387  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.09 
 
 
169 aa  58.9  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572366  normal  0.608857 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1040  RNA polymerase sigma factor  25.52 
 
 
167 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18120  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  31.5 
 
 
299 aa  58.9  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2728  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.54 
 
 
165 aa  58.5  0.00000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122387 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.92 
 
 
202 aa  58.5  0.00000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  23.75 
 
 
176 aa  58.2  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.2 
 
 
191 aa  58.2  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4780  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.83 
 
 
194 aa  57.4  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.4 
 
 
189 aa  57.4  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  27.45 
 
 
166 aa  57  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1990  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.22 
 
 
178 aa  57  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.730289  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4013  RNA polymerase sigma-70 factor  32.41 
 
 
193 aa  57.8  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  23.75 
 
 
176 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.48 
 
 
168 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.11 
 
 
260 aa  57.8  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.93 
 
 
167 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6315  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.59 
 
 
305 aa  57.4  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2075  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.07 
 
 
173 aa  57  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  26.47 
 
 
166 aa  56.6  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  24.82 
 
 
164 aa  57  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  29.86 
 
 
183 aa  56.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  23.75 
 
 
176 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  28.36 
 
 
165 aa  56.2  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  26.28 
 
 
169 aa  56.2  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>