203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0937 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_0937  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
206 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  28.99 
 
 
185 aa  94.7  7e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  31.79 
 
 
196 aa  93.2  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  31.72 
 
 
189 aa  86.7  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.51 
 
 
193 aa  80.5  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.681146  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2816  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  31.52 
 
 
192 aa  79.3  0.00000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0479904  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.22 
 
 
188 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0700  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.12 
 
 
201 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00161913  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02747  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  29.71 
 
 
210 aa  71.2  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  30.18 
 
 
168 aa  70.5  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3720  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.45 
 
 
186 aa  68.6  0.00000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.344923  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3503  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.81 
 
 
203 aa  66.6  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.707859  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  30.83 
 
 
159 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  29.01 
 
 
234 aa  65.9  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  30.77 
 
 
160 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.5 
 
 
166 aa  62.8  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  31.82 
 
 
158 aa  61.6  0.000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  31.54 
 
 
158 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.75 
 
 
171 aa  60.5  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  31.3 
 
 
158 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  27.65 
 
 
166 aa  58.5  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  25.68 
 
 
174 aa  57  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  26.95 
 
 
166 aa  57  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1226  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  29.01 
 
 
155 aa  57.4  0.0000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.670431  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00554  DNA-directed RNA polymerase subunit sigma  27.74 
 
 
173 aa  57  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  29.23 
 
 
158 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  28.1 
 
 
182 aa  55.8  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.93 
 
 
187 aa  56.2  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  28.12 
 
 
171 aa  55.1  0.0000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.57 
 
 
180 aa  55.1  0.0000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  26.57 
 
 
180 aa  55.1  0.0000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  22.56 
 
 
175 aa  54.7  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1821  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
198 aa  54.3  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0306783  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  29.23 
 
 
173 aa  54.3  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
165 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  30.89 
 
 
159 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.24 
 
 
166 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6742  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.17 
 
 
196 aa  53.5  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318471  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.94 
 
 
189 aa  53.9  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.65 
 
 
169 aa  52.8  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2381  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.34 
 
 
195 aa  52  0.000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.599454  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  21.74 
 
 
175 aa  52  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4299  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.42 
 
 
169 aa  52  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.36 
 
 
223 aa  51.6  0.000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1394  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.8 
 
 
194 aa  51.2  0.000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0219156  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25 
 
 
203 aa  50.8  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  29.41 
 
 
185 aa  51.2  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  23.72 
 
 
188 aa  50.8  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5484  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25 
 
 
180 aa  50.1  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.233066  normal  0.0394769 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2979  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.97 
 
 
170 aa  50.1  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834183  normal  0.211367 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.54 
 
 
165 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.43 
 
 
191 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4122  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.69 
 
 
203 aa  49.3  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.911085  normal  0.605829 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1381  RNA polymerase sigma-70 factor  25 
 
 
201 aa  49.3  0.00005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.57599  normal  0.201536 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.97 
 
 
194 aa  48.5  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  25 
 
 
194 aa  48.1  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2633  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.74 
 
 
173 aa  48.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1490  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.38 
 
 
171 aa  48.1  0.00009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.4513 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7184  transcriptional regulator, LuxR family  26.22 
 
 
212 aa  48.1  0.00009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.67 
 
 
161 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  25.77 
 
 
188 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  26.28 
 
 
166 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  26.54 
 
 
169 aa  47.8  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  25.35 
 
 
183 aa  47.8  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.47 
 
 
198 aa  47.4  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3994  RNA polymerase sigma factor SigE  24 
 
 
260 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.622546  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4068  RNA polymerase sigma factor SigE  24 
 
 
260 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0887025  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2200  RNA polymerase sigma factor SigE  22.83 
 
 
282 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.681344  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.05 
 
 
182 aa  47.4  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0414375  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.7 
 
 
165 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4021  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  22.75 
 
 
174 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27293  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.97 
 
 
192 aa  47.4  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  23.23 
 
 
173 aa  47  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.23 
 
 
173 aa  47  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  26.88 
 
 
191 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.06 
 
 
169 aa  47  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  23.53 
 
 
179 aa  47.4  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6468  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.18 
 
 
206 aa  47  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000775614  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.7 
 
 
192 aa  47  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  23.23 
 
 
173 aa  47  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  23.46 
 
 
181 aa  47  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46660  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  24.55 
 
 
246 aa  47  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00128883  hitchhiker  0.00000365459 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.35 
 
 
162 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.7 
 
 
192 aa  46.6  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4008  RNA polymerase sigma factor SigE  24 
 
 
253 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.290369  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  23.23 
 
 
173 aa  47  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1279  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  26.32 
 
 
196 aa  46.6  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.638979  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11245  RNA polymerase sigma factor SigE  24.02 
 
 
257 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00634169  normal  0.0158718 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  23.46 
 
 
195 aa  47  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  26.32 
 
 
171 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.7 
 
 
192 aa  46.6  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.7 
 
 
192 aa  46.6  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  23.23 
 
 
173 aa  47  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.7 
 
 
192 aa  46.6  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  26.95 
 
 
172 aa  46.2  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.63 
 
 
165 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  24.86 
 
 
214 aa  46.6  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  22.42 
 
 
171 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.75 
 
 
194 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3274  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.34 
 
 
167 aa  46.6  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.41453  normal  0.0460186 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>