More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0700 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_0700  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
201 aa  409  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00161913  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2816  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  60 
 
 
192 aa  223  2e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0479904  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02747  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  50.82 
 
 
210 aa  192  3e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  39.26 
 
 
185 aa  129  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  41.51 
 
 
189 aa  122  5e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.57 
 
 
188 aa  112  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  35.71 
 
 
196 aa  107  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.74 
 
 
171 aa  77  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  29.8 
 
 
173 aa  77  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.85 
 
 
166 aa  75.1  0.0000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2075  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.25 
 
 
173 aa  72.4  0.000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.84 
 
 
170 aa  68.2  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  27.2 
 
 
158 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  29.14 
 
 
234 aa  67.4  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  28 
 
 
158 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  28.79 
 
 
158 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0937  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.06 
 
 
206 aa  67  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.8 
 
 
171 aa  66.6  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00587435 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  29.6 
 
 
160 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  27.38 
 
 
175 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  27.42 
 
 
194 aa  66.2  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  26.19 
 
 
175 aa  65.5  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  28 
 
 
158 aa  65.5  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.7 
 
 
194 aa  64.7  0.0000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  25.66 
 
 
195 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  28.86 
 
 
168 aa  64.3  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.39 
 
 
170 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  25.66 
 
 
181 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  28.68 
 
 
151 aa  62.4  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  29.86 
 
 
188 aa  61.6  0.000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.15 
 
 
175 aa  61.6  0.000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  26.45 
 
 
170 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.45 
 
 
170 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.45 
 
 
170 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3503  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.19 
 
 
203 aa  60.5  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.707859  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  28.47 
 
 
159 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3804  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.82 
 
 
189 aa  60.5  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.4 
 
 
165 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2188  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.55 
 
 
167 aa  60.1  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.652193  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  30.16 
 
 
188 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  26.47 
 
 
171 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  24.4 
 
 
171 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  30.51 
 
 
159 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0048  transcriptional regulator, LuxR family  26.54 
 
 
184 aa  58.9  0.00000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.426983  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25 
 
 
173 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.74 
 
 
198 aa  58.9  0.00000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  25.93 
 
 
164 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.82 
 
 
169 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  25.95 
 
 
182 aa  58.5  0.00000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0872  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.28 
 
 
168 aa  58.2  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  25.87 
 
 
170 aa  58.2  0.00000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3121  transcriptional regulator, LuxR family  29.53 
 
 
180 aa  57.8  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.766027 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.68 
 
 
190 aa  57.8  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.53 
 
 
171 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.79 
 
 
223 aa  57  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.188745  normal  0.196172 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4299  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.45 
 
 
169 aa  57  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.25 
 
 
173 aa  57.4  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3720  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.82 
 
 
186 aa  57.4  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.344923  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4344  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.92 
 
 
324 aa  56.2  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.415782 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.74 
 
 
211 aa  56.2  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0432  sigma-70 region 2 domain-containing protein  24.2 
 
 
292 aa  56.6  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.320521  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.3 
 
 
191 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  27.46 
 
 
185 aa  55.8  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.3 
 
 
194 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.48 
 
 
163 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  25.69 
 
 
164 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.53 
 
 
171 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  23.9 
 
 
178 aa  55.5  0.0000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.57 
 
 
199 aa  54.7  0.0000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47170  RNA polymerase sigma factor, FecI family  30.15 
 
 
160 aa  55.1  0.0000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.236837  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.91 
 
 
169 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  25.87 
 
 
214 aa  54.7  0.0000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.71 
 
 
189 aa  54.7  0.0000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2381  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.09 
 
 
195 aa  54.7  0.0000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.599454  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.79 
 
 
169 aa  54.3  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.53 
 
 
171 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4611  RNA polymerase sigma factor  25 
 
 
170 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0690  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.64 
 
 
168 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.83 
 
 
174 aa  54.3  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0288  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.5 
 
 
179 aa  54.3  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.06 
 
 
215 aa  54.7  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.68 
 
 
191 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  29.05 
 
 
173 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.05 
 
 
173 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  29.05 
 
 
173 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  29.05 
 
 
173 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1920  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.81 
 
 
198 aa  53.5  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0798561  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3264  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.46 
 
 
189 aa  53.5  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  24.18 
 
 
169 aa  53.1  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25 
 
 
169 aa  53.9  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18120  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  25.78 
 
 
299 aa  53.9  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.16 
 
 
165 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3068  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.67 
 
 
211 aa  53.9  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  26.32 
 
 
180 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.53 
 
 
171 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  29.05 
 
 
173 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.32 
 
 
180 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  55.56 
 
 
193 aa  53.1  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.681146  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  24.7 
 
 
179 aa  53.1  0.000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.8 
 
 
165 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>