More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02747 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_02747  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  100 
 
 
210 aa  431  1e-120  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2816  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  54.49 
 
 
192 aa  193  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0479904  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0700  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50.82 
 
 
201 aa  192  4e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00161913  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  40.35 
 
 
185 aa  127  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  35.67 
 
 
189 aa  119  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.41 
 
 
188 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  27.62 
 
 
196 aa  87.8  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  30.06 
 
 
181 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30.72 
 
 
195 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  26.35 
 
 
175 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  27.54 
 
 
175 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.75 
 
 
171 aa  72.8  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  30.72 
 
 
194 aa  72.8  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2075  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.82 
 
 
173 aa  72.4  0.000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.76 
 
 
166 aa  71.2  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.51 
 
 
173 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0937  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.71 
 
 
206 aa  69.3  0.00000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.61 
 
 
170 aa  68.2  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.67 
 
 
165 aa  68.2  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.74 
 
 
191 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.66 
 
 
170 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.66 
 
 
170 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.66 
 
 
170 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  28.12 
 
 
158 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  28.81 
 
 
188 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  28.46 
 
 
158 aa  65.1  0.0000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  27.69 
 
 
158 aa  64.7  0.0000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  31.21 
 
 
168 aa  64.3  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0642  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.13 
 
 
197 aa  63.5  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0843129 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  29.01 
 
 
151 aa  62.4  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  26.83 
 
 
172 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  25.41 
 
 
191 aa  62  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.07 
 
 
194 aa  61.6  0.000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.86 
 
 
194 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  28.12 
 
 
187 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0399  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.19 
 
 
291 aa  61.2  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  29.01 
 
 
173 aa  60.8  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  28.46 
 
 
158 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.78 
 
 
189 aa  61.2  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.43 
 
 
175 aa  61.2  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.06 
 
 
170 aa  60.5  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0048  transcriptional regulator, LuxR family  26.35 
 
 
184 aa  59.7  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.426983  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  30 
 
 
166 aa  59.7  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.06 
 
 
162 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
165 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  25.76 
 
 
166 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0089  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.74 
 
 
215 aa  58.9  0.00000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.67 
 
 
171 aa  58.9  0.00000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00587435 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.81 
 
 
193 aa  58.5  0.00000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.681146  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  25.98 
 
 
234 aa  58.5  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  23.7 
 
 
188 aa  58.2  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2381  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.56 
 
 
195 aa  58.2  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.599454  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.23 
 
 
171 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.615408 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  27.63 
 
 
166 aa  57.4  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18120  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  27.33 
 
 
299 aa  57.4  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1226  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.3 
 
 
155 aa  57.4  0.0000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.670431  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2827  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  24.4 
 
 
187 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  27.5 
 
 
170 aa  56.2  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  28.03 
 
 
164 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  28.24 
 
 
160 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02250  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.65 
 
 
167 aa  56.2  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  29.17 
 
 
164 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4499  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.03 
 
 
196 aa  56.2  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.878271  normal  0.799417 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  28.24 
 
 
166 aa  55.8  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  24.12 
 
 
187 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3720  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.44 
 
 
186 aa  55.8  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.344923  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  28.36 
 
 
168 aa  55.8  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2598  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.68 
 
 
201 aa  55.8  0.0000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7122  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.32 
 
 
294 aa  55.8  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.786552  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0872  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.24 
 
 
168 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.02 
 
 
203 aa  55.5  0.0000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00426853  hitchhiker  0.000149569 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5619  RNA polymerase sigma factor  28.29 
 
 
178 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0955  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.22 
 
 
283 aa  55.1  0.0000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0246581  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3274  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.58 
 
 
167 aa  54.7  0.0000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.41453  normal  0.0460186 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  22.28 
 
 
178 aa  55.1  0.0000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.14 
 
 
180 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.1 
 
 
173 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000293029 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  24.84 
 
 
159 aa  54.7  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.1 
 
 
169 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  27.66 
 
 
166 aa  54.7  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.16 
 
 
202 aa  54.3  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  27.14 
 
 
180 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  27.08 
 
 
170 aa  53.9  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2979  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.81 
 
 
170 aa  54.7  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834183  normal  0.211367 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.79 
 
 
177 aa  54.3  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.189895 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.08 
 
 
173 aa  54.3  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.29 
 
 
165 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  25.48 
 
 
184 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1808  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.86 
 
 
221 aa  53.9  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.24 
 
 
210 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0181  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.27 
 
 
173 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.252415 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  26.06 
 
 
219 aa  53.9  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.738543 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1861  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.3 
 
 
197 aa  53.5  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.24154  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.32 
 
 
216 aa  53.5  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.325011 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2057  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.44 
 
 
219 aa  53.9  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.400859  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3503  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.37 
 
 
203 aa  53.5  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.707859  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6284  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.22 
 
 
227 aa  53.5  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.354079 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  25.52 
 
 
174 aa  53.1  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.63 
 
 
159 aa  53.1  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.813832 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0232  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.67 
 
 
335 aa  53.1  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.122052 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>