More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_2598 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_2598  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
201 aa  408  1e-113  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  54.12 
 
 
202 aa  190  2e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.95 
 
 
183 aa  86.3  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572123  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  37.65 
 
 
195 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.66 
 
 
171 aa  80.5  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.39 
 
 
187 aa  78.6  0.00000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  35 
 
 
179 aa  79  0.00000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  36.47 
 
 
181 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  34.19 
 
 
194 aa  76.3  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.02 
 
 
175 aa  76.3  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3691  RNA polymerase sigma-70 factor  31.47 
 
 
202 aa  75.9  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.513254  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0176  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.2 
 
 
206 aa  74.3  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.658272  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.12 
 
 
163 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4981  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.95 
 
 
193 aa  73.6  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000475224 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  33.33 
 
 
188 aa  73.2  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  36.22 
 
 
172 aa  72.8  0.000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2779  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.76 
 
 
168 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.310958  normal  0.121216 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.57 
 
 
190 aa  72  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  37.27 
 
 
196 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.84 
 
 
191 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.84 
 
 
194 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  29.03 
 
 
164 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.59 
 
 
170 aa  69.7  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3086  RNA polymerase sigma-70 factor, putative  34.16 
 
 
168 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
159 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.13 
 
 
166 aa  68.2  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  32.41 
 
 
158 aa  67.8  0.00000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4099  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.85 
 
 
180 aa  67  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  30.88 
 
 
169 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  27.33 
 
 
168 aa  66.6  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.48 
 
 
165 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1209  RNA polymerase sigma-70 family protein  29.61 
 
 
168 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.97 
 
 
174 aa  66.2  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1040  RNA polymerase sigma factor  28.57 
 
 
167 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  29.45 
 
 
166 aa  65.9  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1861  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.41 
 
 
197 aa  65.9  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.24154  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.01 
 
 
167 aa  65.1  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.07 
 
 
191 aa  65.5  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  32.17 
 
 
158 aa  64.7  0.0000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.61 
 
 
168 aa  64.7  0.0000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13460  RNA polymerase sigma factor  31.16 
 
 
169 aa  64.7  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0861545  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.92 
 
 
171 aa  64.7  0.0000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2949  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.92 
 
 
196 aa  64.7  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.713286  normal  0.15342 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.34 
 
 
169 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  31.51 
 
 
171 aa  63.9  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2301  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.48 
 
 
174 aa  63.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.288382  normal  0.197557 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.17 
 
 
170 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  32.87 
 
 
158 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  30 
 
 
188 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  29.93 
 
 
168 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.17 
 
 
170 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.17 
 
 
170 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.75 
 
 
170 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.19 
 
 
170 aa  63.2  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28970  hypothetical protein  31.18 
 
 
179 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.52458  hitchhiker  0.000032284 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3664  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.34 
 
 
166 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.409178  normal  0.448138 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1587  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.66 
 
 
166 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.681382  normal  0.242514 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1990  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.9 
 
 
178 aa  62.4  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.730289  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  26.62 
 
 
185 aa  62.4  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  30.57 
 
 
170 aa  62  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  34.23 
 
 
173 aa  62  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3315  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.25 
 
 
176 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30.43 
 
 
175 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  29.93 
 
 
157 aa  61.6  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  28.3 
 
 
180 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  30.99 
 
 
234 aa  61.2  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2245  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.61 
 
 
167 aa  60.8  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.487032  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.92 
 
 
223 aa  61.2  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.188745  normal  0.196172 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0690  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.87 
 
 
168 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  30.22 
 
 
168 aa  60.8  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.75 
 
 
169 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  32.16 
 
 
171 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  29.13 
 
 
173 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.13 
 
 
173 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.71 
 
 
165 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4780  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.26 
 
 
194 aa  60.1  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2387  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.59 
 
 
169 aa  60.5  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572366  normal  0.608857 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  29.13 
 
 
173 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.26 
 
 
167 aa  60.1  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1075  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
187 aa  60.5  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4345  sigma-24 (FecI)  34.04 
 
 
181 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  29.13 
 
 
173 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1134  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.13 
 
 
175 aa  60.5  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  35.17 
 
 
171 aa  60.1  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.39 
 
 
181 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  29.13 
 
 
173 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2400  transcriptional regulator, LuxR family  31.16 
 
 
195 aa  60.5  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  31.13 
 
 
172 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.33 
 
 
174 aa  60.1  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  30.28 
 
 
158 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  29.14 
 
 
172 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.75 
 
 
173 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  30.3 
 
 
172 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6117  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.52 
 
 
183 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.16 
 
 
171 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.32 
 
 
171 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.18 
 
 
169 aa  59.3  0.00000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  28.22 
 
 
183 aa  59.3  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3274  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.16 
 
 
167 aa  59.3  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.41453  normal  0.0460186 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
182 aa  59.3  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>