198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1108 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_1108  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
173 aa  342  2e-93  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  57.83 
 
 
170 aa  184  7e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1808  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.78 
 
 
221 aa  124  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.37 
 
 
161 aa  80.5  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.29 
 
 
203 aa  71.6  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.1 
 
 
171 aa  68.2  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  34.75 
 
 
194 aa  67  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2728  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35 
 
 
165 aa  65.1  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122387 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.43 
 
 
194 aa  64.7  0.0000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.87 
 
 
173 aa  63.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  32.12 
 
 
187 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
202 aa  62.4  0.000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  35 
 
 
178 aa  61.6  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35.53 
 
 
195 aa  61.6  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.42 
 
 
170 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.42 
 
 
170 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  31.45 
 
 
164 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.42 
 
 
170 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4611  RNA polymerase sigma factor  30.82 
 
 
170 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  33.77 
 
 
188 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.06 
 
 
165 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  34.78 
 
 
183 aa  58.5  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  34.21 
 
 
181 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.77 
 
 
170 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  29.01 
 
 
159 aa  58.5  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  32.67 
 
 
172 aa  57.8  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  31.21 
 
 
171 aa  57.4  0.00000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.55 
 
 
171 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  34.07 
 
 
176 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  34.75 
 
 
169 aa  57  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.15 
 
 
190 aa  56.6  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4804  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.28 
 
 
219 aa  55.8  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127624  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  31.75 
 
 
172 aa  55.8  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.86 
 
 
171 aa  55.5  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1522  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.82 
 
 
189 aa  55.5  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  31.39 
 
 
166 aa  54.7  0.0000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3098  RNA polymerase sigma-70 factor  31.48 
 
 
199 aa  55.1  0.0000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.29649 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.66 
 
 
169 aa  54.7  0.0000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  33.08 
 
 
178 aa  54.7  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1040  RNA polymerase sigma factor  29.59 
 
 
167 aa  54.7  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  30.06 
 
 
164 aa  54.7  0.0000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.59 
 
 
176 aa  54.3  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
170 aa  54.3  0.0000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.01 
 
 
178 aa  54.3  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  32.17 
 
 
151 aa  54.3  0.0000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.59 
 
 
176 aa  54.3  0.0000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.57 
 
 
148 aa  53.5  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239083  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  30.46 
 
 
165 aa  53.5  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3286  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.57 
 
 
190 aa  53.5  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.561294  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.8 
 
 
169 aa  53.5  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.16 
 
 
177 aa  53.9  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.189895 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0176  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.03 
 
 
206 aa  53.5  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.658272  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2387  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
169 aa  53.9  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572366  normal  0.608857 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.95 
 
 
171 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.95 
 
 
171 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.75 
 
 
183 aa  53.1  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572123  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.13 
 
 
169 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4275  sigma24, FecI  32.09 
 
 
165 aa  53.1  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4119  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.09 
 
 
165 aa  53.1  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.85 
 
 
176 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  32 
 
 
236 aa  52.4  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2827  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.82 
 
 
187 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1861  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.54 
 
 
197 aa  52.4  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.24154  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
191 aa  52  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  29.01 
 
 
187 aa  52  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.65 
 
 
176 aa  52  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3998  RNA polymerase sigma-70 factor  25.9 
 
 
202 aa  52  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.79 
 
 
191 aa  51.6  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1209  RNA polymerase sigma-70 family protein  29.19 
 
 
168 aa  52  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2356  RNA polymerase sigma-70 factor  23.08 
 
 
200 aa  51.6  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.240028  normal  0.522752 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.11 
 
 
184 aa  51.6  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2381  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.88 
 
 
195 aa  51.6  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.599454  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.87 
 
 
260 aa  51.6  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  31.45 
 
 
170 aa  51.2  0.000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4178  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.61 
 
 
193 aa  51.2  0.000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.804313  normal  0.070484 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.33 
 
 
165 aa  51.2  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  28.77 
 
 
173 aa  50.8  0.000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.71 
 
 
181 aa  51.2  0.000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  31.01 
 
 
440 aa  50.8  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1286  RNA polymerase sigma-70 family protein  29.88 
 
 
180 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0303  RNA polymerase sigma-70 factor  28.28 
 
 
203 aa  50.8  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000168317 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.21 
 
 
166 aa  50.4  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1381  RNA polymerase sigma-70 factor  27.52 
 
 
201 aa  50.8  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.57599  normal  0.201536 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.46 
 
 
194 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.83 
 
 
171 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.615408 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
171 aa  50.1  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00587435 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  31.39 
 
 
158 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  31.65 
 
 
174 aa  49.7  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  31.75 
 
 
214 aa  50.1  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  30.53 
 
 
193 aa  50.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  26.11 
 
 
158 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  25.69 
 
 
171 aa  49.7  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.41 
 
 
174 aa  50.1  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25290  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.08 
 
 
166 aa  50.1  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.94 
 
 
161 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2219  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.8 
 
 
176 aa  49.3  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0934432  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.98 
 
 
165 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  30.72 
 
 
188 aa  48.9  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.41 
 
 
187 aa  48.9  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.88 
 
 
173 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>