More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0176 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



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Plasmid clonability

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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0176  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
206 aa  410  1e-114  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.658272  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.81 
 
 
183 aa  119  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572123  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.2 
 
 
202 aa  82.4  0.000000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  37.66 
 
 
175 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.8 
 
 
190 aa  78.2  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4099  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.6 
 
 
180 aa  78.2  0.00000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  36.71 
 
 
175 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  36.65 
 
 
171 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.42 
 
 
171 aa  75.9  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  32.54 
 
 
179 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2598  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.2 
 
 
201 aa  74.3  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.02 
 
 
171 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.65 
 
 
171 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.78 
 
 
187 aa  73.2  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.43 
 
 
194 aa  72.4  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  36.43 
 
 
191 aa  71.6  0.000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
167 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.4 
 
 
171 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0872  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.82 
 
 
168 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  37.86 
 
 
188 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  33.8 
 
 
188 aa  69.3  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35 
 
 
191 aa  68.2  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.9 
 
 
173 aa  68.2  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  36.76 
 
 
171 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.93 
 
 
180 aa  65.9  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  32.93 
 
 
180 aa  65.9  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2301  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.53 
 
 
174 aa  65.9  0.0000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.288382  normal  0.197557 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35 
 
 
165 aa  65.5  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  36.03 
 
 
171 aa  65.5  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  32.52 
 
 
180 aa  65.1  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  35.76 
 
 
172 aa  65.1  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3315  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.9 
 
 
176 aa  65.1  0.0000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  33.33 
 
 
173 aa  64.7  0.0000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.9 
 
 
161 aa  64.7  0.0000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  36.43 
 
 
194 aa  63.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.41 
 
 
148 aa  62.8  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239083  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  33.77 
 
 
172 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  32.35 
 
 
174 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.55 
 
 
162 aa  62.8  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3360  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.17 
 
 
170 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.289127  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.32 
 
 
163 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  33.12 
 
 
166 aa  62.4  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  36.43 
 
 
181 aa  62  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.87 
 
 
166 aa  61.6  0.000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  36.62 
 
 
195 aa  61.6  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  32.48 
 
 
172 aa  61.6  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2580  sigma-70 region 2  30.54 
 
 
169 aa  61.6  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.346499  normal  0.245048 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.37 
 
 
165 aa  61.2  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1490  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.55 
 
 
171 aa  61.2  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.4513 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1861  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.23 
 
 
197 aa  60.8  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.24154  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  32.85 
 
 
168 aa  61.2  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.63 
 
 
165 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.63 
 
 
161 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  34 
 
 
172 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.55 
 
 
169 aa  60.5  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5187  RNA polymerase sigma factor  31.36 
 
 
172 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.879511  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.29 
 
 
181 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
168 aa  60.5  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.1 
 
 
169 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  32.93 
 
 
172 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  32.61 
 
 
166 aa  60.1  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.74 
 
 
170 aa  59.7  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.55 
 
 
193 aa  59.3  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.681146  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02250  RNA polymerase sigma factor, FecI family  29.88 
 
 
167 aa  59.3  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5129  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.76 
 
 
166 aa  59.3  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0324934  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.08 
 
 
169 aa  59.3  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  31.43 
 
 
160 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3268  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.56 
 
 
163 aa  58.9  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.191467  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  32.53 
 
 
172 aa  58.5  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.63 
 
 
162 aa  58.2  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0160  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.24 
 
 
171 aa  58.2  0.00000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.329476  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.39 
 
 
159 aa  58.2  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.813832 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.57 
 
 
171 aa  58.2  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2305  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.91 
 
 
229 aa  58.2  0.00000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.00225526  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0757  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.34 
 
 
168 aa  58.2  0.00000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.990255  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6284  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.22 
 
 
227 aa  58.2  0.00000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.354079 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  31.74 
 
 
172 aa  58.2  0.00000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.35 
 
 
182 aa  58.2  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.17 
 
 
260 aa  57.4  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1134  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.39 
 
 
175 aa  57.8  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1587  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.09 
 
 
166 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.681382  normal  0.242514 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.34 
 
 
169 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0681  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.06 
 
 
170 aa  56.6  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.08 
 
 
171 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.615408 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  31.14 
 
 
172 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1522  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.67 
 
 
189 aa  57  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.94 
 
 
157 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3274  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.43 
 
 
167 aa  56.6  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.41453  normal  0.0460186 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  34.31 
 
 
178 aa  56.2  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1151  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.64 
 
 
232 aa  56.2  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0582871  normal  0.0116011 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4981  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.94 
 
 
193 aa  56.6  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000475224 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3664  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.46 
 
 
166 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.409178  normal  0.448138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4178  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.1 
 
 
193 aa  55.8  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.804313  normal  0.070484 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.87 
 
 
170 aa  55.8  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2921  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.25 
 
 
195 aa  55.5  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.485125  hitchhiker  0.00580905 
 
 
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NC_002947  PP_3086  RNA polymerase sigma-70 factor, putative  32.1 
 
 
168 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.13 
 
 
169 aa  55.1  0.0000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
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NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  30.07 
 
 
183 aa  55.1  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
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NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.39 
 
 
168 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_009654  Mmwyl1_4299  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.48 
 
 
169 aa  54.7  0.0000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.031779 
 
 
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