261 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3323 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_3323  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
204 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.130474 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4804  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.8 
 
 
219 aa  112  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127624  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.81 
 
 
260 aa  106  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1607  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  42.04 
 
 
222 aa  101  9e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483087  normal  0.0648127 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1152  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  42.04 
 
 
222 aa  101  9e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0103149  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1632  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  42.04 
 
 
222 aa  101  9e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281996  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4778  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  41.77 
 
 
218 aa  100  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.310601  normal  0.199717 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  37.82 
 
 
178 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.82 
 
 
178 aa  99.8  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1550  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  41.94 
 
 
222 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.362931  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1529  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  41.94 
 
 
222 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.77026  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  38.46 
 
 
176 aa  98.6  6e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4063  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  40.13 
 
 
223 aa  98.2  7e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.806814 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0517  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  39.49 
 
 
223 aa  97.4  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1606  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  42.14 
 
 
215 aa  97.4  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000842587 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  38.46 
 
 
184 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2827  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.82 
 
 
187 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.82 
 
 
187 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4047  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  40.26 
 
 
244 aa  95.9  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.750975  normal  0.908185 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.82 
 
 
176 aa  95.1  6e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.18 
 
 
176 aa  95.1  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  38.16 
 
 
159 aa  94.4  9e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.18 
 
 
176 aa  94  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.74 
 
 
174 aa  91.7  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2427  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.57 
 
 
237 aa  90.9  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.773332  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1191  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.57 
 
 
207 aa  89.7  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2076  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.57 
 
 
237 aa  90.1  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.370816  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1917  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.57 
 
 
237 aa  90.1  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0864  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.57 
 
 
237 aa  90.1  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0195971  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1931  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.57 
 
 
237 aa  90.1  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.385484  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1634  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.57 
 
 
237 aa  90.1  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0463569  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0297  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.57 
 
 
237 aa  90.1  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330584  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.13 
 
 
169 aa  89.4  4e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.58 
 
 
210 aa  89  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3752  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.78 
 
 
181 aa  80.9  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401428  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.36 
 
 
177 aa  80.9  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.189895 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25290  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.91 
 
 
166 aa  79.7  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5732  sigma factor  33.13 
 
 
207 aa  78.6  0.00000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  35.5 
 
 
179 aa  78.6  0.00000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  33.73 
 
 
170 aa  71.2  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  34.5 
 
 
171 aa  70.9  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.76 
 
 
166 aa  68.9  0.00000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  32.86 
 
 
151 aa  68.6  0.00000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  28.74 
 
 
188 aa  67.4  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.51 
 
 
173 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  32.73 
 
 
188 aa  62  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  31.06 
 
 
194 aa  62  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
171 aa  61.6  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  32.93 
 
 
172 aa  60.1  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4275  sigma24, FecI  31.88 
 
 
165 aa  60.1  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4119  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.88 
 
 
165 aa  60.1  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  32.92 
 
 
166 aa  59.7  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  29.88 
 
 
171 aa  58.9  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35.86 
 
 
374 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  35.86 
 
 
374 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  32.81 
 
 
182 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.76 
 
 
167 aa  58.9  0.00000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  32.3 
 
 
170 aa  58.5  0.00000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.17 
 
 
170 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  29.07 
 
 
180 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.54 
 
 
163 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3315  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.29 
 
 
176 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.17 
 
 
170 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  29.76 
 
 
172 aa  57  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  32.37 
 
 
173 aa  56.6  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.71 
 
 
165 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.17 
 
 
170 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  29.65 
 
 
181 aa  57  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.31 
 
 
173 aa  56.6  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2212  sigma-24 (FecI-like)  30.07 
 
 
202 aa  56.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2598  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.14 
 
 
201 aa  56.2  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.16 
 
 
171 aa  56.6  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00587435 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  29.87 
 
 
214 aa  55.8  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  32.75 
 
 
183 aa  55.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30 
 
 
195 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.47 
 
 
165 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  30.87 
 
 
166 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2381  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
195 aa  55.1  0.0000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.599454  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1825  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.09 
 
 
182 aa  55.1  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0355081  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.39 
 
 
190 aa  54.3  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.52 
 
 
191 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  31.25 
 
 
236 aa  53.5  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30 
 
 
175 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  34.75 
 
 
374 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  28.66 
 
 
175 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  29.45 
 
 
172 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.9 
 
 
187 aa  52.8  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1659  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.2 
 
 
203 aa  52.4  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.245812 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.63 
 
 
170 aa  52.8  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.57 
 
 
191 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.28 
 
 
170 aa  52  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  30.36 
 
 
178 aa  52.4  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0858  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.77 
 
 
175 aa  52  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.66 
 
 
170 aa  52  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  31.54 
 
 
179 aa  52  0.000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4099  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.62 
 
 
180 aa  52  0.000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.92 
 
 
165 aa  52  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.74 
 
 
194 aa  52  0.000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  25 
 
 
185 aa  51.6  0.000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  29.45 
 
 
193 aa  51.6  0.000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>