More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2060 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4567  TonB-dependent siderophore receptor  61.96 
 
 		 746 aa  868    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.436524  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2420  TonB-dependent siderophore receptor  93.08 
 
 		 728 aa  1359    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5560  TonB-dependent receptor  56.1 
 
 		 739 aa  809    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2243  putative TonB-dependent receptor  67.68 
 
 		 720 aa  980    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0594  TonB-dependent siderophore receptor  61.18 
 
 		 708 aa  880    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1931  TonB-dependent siderophore receptor  87.15 
 
 		 723 aa  1292    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0298623 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2060  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 		 708 aa  1453    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.267326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3275  TonB-dependent siderophore receptor  93.79 
 
 		 742 aa  1372    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26420  putative TonB-dependent receptor  67.59 
 
 		 718 aa  985    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0316508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0102  TonB-dependent siderophore receptor  44.92 
 
 		 755 aa  572  1e-161  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058066  normal  0.995779 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2118  TonB-dependent siderophore receptor  43.54 
 
 		 704 aa  561  1e-158  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4489  TonB-dependent siderophore receptor  44.73 
 
 		 696 aa  547  1e-154  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.515859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0700  TonB-dependent siderophore receptor  43.27 
 
 		 776 aa  548  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0376627  normal  0.580851 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0227  TonB-dependent siderophore receptor  42.27 
 
 		 738 aa  542  1e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.373801 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1329  TonB-dependent siderophore receptor  44.05 
 
 		 701 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.267924 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2705  TonB-dependent siderophore receptor  41.44 
 
 		 705 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1412  TonB-dependent siderophore receptor family protein  42.82 
 
 		 822 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4064  TonB-dependent siderophore receptor  41.78 
 
 		 707 aa  538  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0866  TonB-dependent siderophore receptor  43.75 
 
 		 696 aa  537  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.86038  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1347  TonB-dependent siderophore receptor  43.75 
 
 		 696 aa  537  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.122487  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3457  TonB-dependent siderophore receptor  41.93 
 
 		 707 aa  538  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.343998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0411  TonB-dependent siderophore receptor  42.51 
 
 		 758 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2036  TonB-dependent siderophore receptor family protein  42.73 
 
 		 756 aa  530  1e-149  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2711  TonB-dependent siderophore receptor  42.73 
 
 		 756 aa  529  1e-149  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.192964  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0877  TonB-dependent siderophore receptor  42.73 
 
 		 756 aa  530  1e-149  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0596191  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3209  TonB-dependent siderophore receptor family protein  42.58 
 
 		 820 aa  529  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1899  TonB-dependent siderophore receptor  42.73 
 
 		 756 aa  530  1e-149  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3154  TonB-dependent siderophore receptor  42.58 
 
 		 756 aa  530  1e-149  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3193  Outer membrane receptor protein, mostly Fe transport  42.73 
 
 		 756 aa  531  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1407  TonB-dependent siderophore receptor  42.34 
 
 		 705 aa  526  1e-148  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2899  TonB-dependent siderophore receptor  41.87 
 
 		 689 aa  516  1.0000000000000001e-145  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.27988  normal  0.214281 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0907  TonB-dependent siderophore receptor  42.43 
 
 		 712 aa  514  1e-144  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4232  TonB-dependent siderophore receptor  42.36 
 
 		 747 aa  495  1e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4827  TonB-dependent siderophore receptor  41.46 
 
 		 690 aa  498  1e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.497518 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2754  TonB-dependent siderophore receptor  42.36 
 
 		 747 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2631  TonB-dependent siderophore receptor  41.91 
 
 		 770 aa  487  1e-136  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0831  TonB-dependent receptor plug  40.39 
 
 		 721 aa  483  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.519524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2855  TonB-dependent siderophore receptor  41.75 
 
 		 747 aa  484  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0859  TonB-dependent siderophore receptor  40.83 
 
 		 727 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00225734 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2054  TonB-dependent siderophore receptor  40.18 
 
 		 703 aa  463  1e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.314681  normal  0.98162 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0109  TonB-dependent siderophore receptor  35.52 
 
 		 703 aa  424  1e-117  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3793  TonB-dependent siderophore receptor  37.64 
 
 		 720 aa  416  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.16695  normal  0.789951 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3002  TonB-dependent siderophore receptor  34.84 
 
 		 717 aa  353  8e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2412  TonB-dependent siderophore receptor  33.61 
 
 		 717 aa  340  7e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2853  TonB-dependent receptor, putative  34.93 
 
 		 784 aa  339  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0123555  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3330  TonB-dependent siderophore receptor  33.47 
 
 		 728 aa  337  5e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.417694  normal  0.580446 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0537  TonB-dependent siderophore receptor  34.52 
 
 		 749 aa  335  2e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0190971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2047  TonB-dependent siderophore receptor  33.38 
 
 		 716 aa  332  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.977961 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3318  TonB-dependent siderophore receptor  31.74 
 
 		 710 aa  329  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0535  hypothetical protein  34.3 
 
 		 730 aa  326  1e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05640  hypothetical protein  33.94 
 
 		 730 aa  324  4e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4740  TonB-dependent siderophore receptor  32.58 
 
 		 726 aa  302  1e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.58513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1297  TonB-dependent siderophore receptor  32.49 
 
 		 721 aa  295  2e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1526  TonB-dependent siderophore receptor  31.1 
 
 		 724 aa  289  1e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.970314  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3657  TonB-dependent receptor  32.12 
 
 		 735 aa  288  2e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.558128  normal  0.251953 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2318  TonB-dependent siderophore receptor  29.15 
 
 		 779 aa  269  1e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.375964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3462  hypothetical protein  28.02 
 
 		 797 aa  238  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.385249 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3326  TonB-dependent receptor, plug  28.15 
 
 		 737 aa  233  8.000000000000001e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.686308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3362  tonB-dependent receptor family protein  26.93 
 
 		 813 aa  225  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0573796  normal  0.429192 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2952  TonB-dependent receptor  37.33 
 
 		 399 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2303  TonB-dependent siderophore receptor  26.1 
 
 		 710 aa  181  4e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.470584  normal  0.447365 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3716  TonB-dependent receptor, plug  28.64 
 
 		 527 aa  180  9e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0878035  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3612  TonB-dependent siderophore receptor  25.89 
 
 		 770 aa  177  5e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.565753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3109  TonB-dependent siderophore receptor  25.75 
 
 		 710 aa  176  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3640  TonB-dependent siderophore receptor  27.05 
 
 		 708 aa  173  7.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.168279  normal  0.0985281 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1006  TonB-dependent siderophore receptor  24.23 
 
 		 726 aa  172  1e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32740  TonB-dependent receptor  27.35 
 
 		 820 aa  172  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.014522  hitchhiker  0.000022757 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2772  TonB-dependent receptor  26.65 
 
 		 794 aa  169  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.600395  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2736  TonB-dependent siderophore receptor  26.08 
 
 		 705 aa  168  4e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111092 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2878  TonB-dependent siderophore receptor  24.86 
 
 		 707 aa  167  6.9999999999999995e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3258  TonB-dependent siderophore receptor  23.67 
 
 		 736 aa  161  4e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.875335  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2891  TonB-dependent siderophore receptor  26.24 
 
 		 711 aa  160  7e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1142  TonB-dependent siderophore receptor  24.93 
 
 		 711 aa  159  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.634377  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2559  TonB-dependent siderophore receptor  27.15 
 
 		 708 aa  159  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0701  TonB-dependent siderophore receptor  27.37 
 
 		 778 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0300951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1503  TonB-dependent siderophore receptor  25.41 
 
 		 643 aa  157  5.0000000000000005e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00020  TonB-dependent outer membrane Receptor  30.63 
 
 		 601 aa  157  5.0000000000000005e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00000882452  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2386  TonB-dependent siderophore receptor  25.48 
 
 		 742 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000185534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4624  TonB-dependent siderophore receptor  26.58 
 
 		 797 aa  157  8e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185618  decreased coverage  0.0000000123032 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3322  TonB-dependent siderophore receptor  25.51 
 
 		 828 aa  157  9e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4755  TonB-dependent siderophore receptor  26.4 
 
 		 797 aa  156  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.251254  hitchhiker  0.00353592 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4068  putative TonB-dependent receptor  27.39 
 
 		 733 aa  156  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3980  TonB-dependent siderophore receptor  25.84 
 
 		 719 aa  155  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348977  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0102  TonB-dependent siderophore receptor  24.62 
 
 		 795 aa  155  2.9999999999999998e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3203  TonB-dependent siderophore receptor  25.31 
 
 		 694 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2458  TonB-dependent siderophore receptor  25.31 
 
 		 742 aa  154  5e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0314212 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2232  TonB-dependent siderophore receptor  25.8 
 
 		 708 aa  154  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3133  TonB-dependent siderophore receptor  24.58 
 
 		 776 aa  154  8e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.989614  normal  0.593866 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0227  ferrichrome outer membrane transporter  25.58 
 
 		 747 aa  153  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.71013  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3736  TonB-dependent siderophore receptor  25.61 
 
 		 735 aa  153  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4761  TonB-dependent siderophore receptor  25.97 
 
 		 797 aa  153  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2551  TonB-dependent siderophore receptor  25.2 
 
 		 738 aa  152  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000835907  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3773  TonB-dependent siderophore receptor  23.37 
 
 		 701 aa  152  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2121  TonB-dependent siderophore receptor  25.6 
 
 		 722 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0440064  normal  0.552205 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2662  TonB system receptor  25.56 
 
 		 680 aa  152  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0618091  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5058  TonB-dependent siderophore receptor  24.93 
 
 		 715 aa  152  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00424318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0747  TonB-dependent siderophore receptor  26.57 
 
 		 806 aa  151  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3979  ferrichrome outer membrane transporter  26.22 
 
 		 729 aa  151  4e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1826  TonB-dependent siderophore receptor  26.58 
 
 		 779 aa  151  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.605271  normal  0.34402 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0179  TonB-dependent siderophore receptor  25.27 
 
 		 828 aa  151  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.267617 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>