More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3612 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2303  TonB-dependent siderophore receptor  96.2 
 
 		 710 aa  1412    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.470584  normal  0.447365 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3612  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 		 770 aa  1585    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.565753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3109  TonB-dependent siderophore receptor  99.86 
 
 		 710 aa  1452    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2953  TonB-dependent siderophore receptor  46.52 
 
 		 792 aa  621  1e-176  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2878  TonB-dependent siderophore receptor  48.66 
 
 		 707 aa  609  1e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3203  TonB-dependent siderophore receptor  47.02 
 
 		 694 aa  587  1e-166  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5058  TonB-dependent siderophore receptor  46.64 
 
 		 715 aa  586  1e-166  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00424318  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3980  TonB-dependent siderophore receptor  45.73 
 
 		 719 aa  561  1e-158  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348977  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4376  TonB-dependent siderophore receptor  44.1 
 
 		 706 aa  552  1e-156  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0886158 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4266  TonB-dependent siderophore receptor  44.1 
 
 		 706 aa  552  1e-156  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.569556  normal  0.280378 
 
 
-
 
NC_003296  RS02469  ferrisiderophore receptor protein  43.95 
 
 		 695 aa  536  1e-151  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4056  TonB-dependent siderophore receptor  42.27 
 
 		 709 aa  536  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3465  TonB-dependent siderophore receptor  42.27 
 
 		 757 aa  537  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7101  TonB-dependent siderophore receptor  33.19 
 
 		 732 aa  386  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0218  TonB-dependent siderophore receptor  33.43 
 
 		 732 aa  387  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0293  TonB-dependent siderophore receptor  35.72 
 
 		 700 aa  374  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5373  TonB-dependent siderophore receptor  31.35 
 
 		 745 aa  362  1e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.834495  normal  0.604125 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3574  TonB-dependent siderophore receptor  31.08 
 
 		 734 aa  355  1e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.647008 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2876  TonB-dependent siderophore receptor  30.7 
 
 		 751 aa  353  7e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3915  TonB-dependent siderophore receptor  32.15 
 
 		 742 aa  352  1e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3802  TonB-dependent siderophore receptor  32.15 
 
 		 742 aa  352  1e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.799699  normal  0.136718 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1523  TonB-dependent siderophore receptor  31.53 
 
 		 727 aa  351  3e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.249023  normal  0.758259 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3077  TonB-dependent siderophore receptor  32.18 
 
 		 753 aa  350  5e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1260  TonB-dependent siderophore receptor  33.28 
 
 		 755 aa  348  2e-94  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4480  TonB-dependent siderophore receptor  31.22 
 
 		 734 aa  347  5e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.938344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5005  TonB-dependent siderophore receptor  31.22 
 
 		 736 aa  345  1e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0283  TonB-dependent siderophore receptor  33.19 
 
 		 689 aa  342  2e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0267  TonB-dependent siderophore receptor  33.53 
 
 		 689 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0216741 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2053  TonB-dependent siderophore receptor  34.12 
 
 		 719 aa  331  2e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0293  TonB-dependent siderophore receptor  33.24 
 
 		 698 aa  332  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3292  TonB-dependent siderophore receptor  33.48 
 
 		 771 aa  330  4e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2005  TonB-dependent siderophore receptor  34.42 
 
 		 724 aa  325  2e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.22147  normal  0.931942 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2282  TonB-dependent siderophore receptor  33.87 
 
 		 724 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1961  TonB-dependent siderophore receptor  34.22 
 
 		 705 aa  320  5e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.353089 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58570  putative outer membrane ferric siderophore receptor  31.17 
 
 		 753 aa  310  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.21459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5128  TonB-dependent receptor  31.34 
 
 		 766 aa  306  9.000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.497755  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4395  TonB-dependent siderophore receptor  31.59 
 
 		 756 aa  305  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.421557 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0805  TonB-dependent siderophore receptor  33.85 
 
 		 731 aa  297  4e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4026  TonB-dependent siderophore receptor  31.94 
 
 		 755 aa  296  1e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.865466  normal  0.196913 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4659  TonB-dependent siderophore receptor  30.43 
 
 		 747 aa  294  5e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2662  TonB system receptor  31.03 
 
 		 680 aa  294  5e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0618091  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1055  TonB-dependent siderophore receptor  29.41 
 
 		 720 aa  291  3e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2232  TonB-dependent siderophore receptor  31.51 
 
 		 708 aa  283  1e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2091  TonB-dependent siderophore receptor  31.57 
 
 		 735 aa  281  3e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.761777  normal  0.724468 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3082  TonB-dependent siderophore receptor  30.75 
 
 		 825 aa  280  5e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.213327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3638  TonB-dependent siderophore receptor  31.35 
 
 		 821 aa  280  5e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4103  TonB-dependent siderophore receptor  31.66 
 
 		 710 aa  280  8e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1987  TonB-dependent siderophore receptor  29.5 
 
 		 769 aa  277  7e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3039  TonB-dependent siderophore receptor  30.14 
 
 		 825 aa  277  7e-73  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2558  TonB-dependent siderophore receptor  28.27 
 
 		 760 aa  276  1.0000000000000001e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.897783  normal  0.0361628 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1629  TonB-dependent siderophore receptor  31.03 
 
 		 712 aa  276  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00385709 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0217  TonB-dependent siderophore receptor  30.54 
 
 		 850 aa  275  2.0000000000000002e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3280  TonB-dependent siderophore receptor  30 
 
 		 707 aa  275  2.0000000000000002e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0713327  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2439  TonB-dependent siderophore receptor  29.61 
 
 		 860 aa  274  4.0000000000000004e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000275089 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3085  TonB-dependent siderophore receptor  28.95 
 
 		 767 aa  273  1e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.432475  normal  0.216415 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2813  molybdate ABC transporter permease  30.88 
 
 		 743 aa  273  1e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000103561  decreased coverage  0.000000463153 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0904  TonB-dependent siderophore receptor  32.04 
 
 		 768 aa  273  1e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551593 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1175  TonB-dependent siderophore receptor  29.85 
 
 		 749 aa  271  4e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4317  TonB-dependent siderophore receptor  31.81 
 
 		 760 aa  270  5e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00531839 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5758  TonB-dependent siderophore receptor  31.29 
 
 		 815 aa  271  5e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0861  TonB-dependent siderophore receptor  31.32 
 
 		 780 aa  270  7e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0798  TonB-dependent siderophore receptor  30.38 
 
 		 773 aa  270  1e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.302135 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5556  outer membrane protein  30.32 
 
 		 703 aa  268  4e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.459514  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2318  TonB-dependent siderophore receptor  28.63 
 
 		 724 aa  266  8e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000356836  hitchhiker  0.000261806 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47140  putative TonB-dependent receptor  33.15 
 
 		 732 aa  266  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63960  putative uter membrane protein precursor  29.8 
 
 		 708 aa  266  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3155  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  29.66 
 
 		 709 aa  266  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.990361 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02662  putative TonB-dependent receptor  29.97 
 
 		 693 aa  265  2e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196813  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0891  TonB-dependent siderophore receptor  31.14 
 
 		 763 aa  264  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.31218 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51930  TonB-dependent siderophore receptor  29.96 
 
 		 709 aa  264  4.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0887  TonB-dependent siderophore receptor  30.61 
 
 		 692 aa  264  4.999999999999999e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4617  TonB-dependent siderophore receptor  28.21 
 
 		 741 aa  263  6.999999999999999e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2419  TonB-dependent siderophore receptor  29.79 
 
 		 696 aa  263  8.999999999999999e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.56644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4362  TonB-dependent siderophore receptor  30.78 
 
 		 706 aa  263  8.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000023504  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4307  TonB-dependent siderophore receptor  30.64 
 
 		 706 aa  263  8.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000234699  hitchhiker  0.000000000225287 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1655  TonB-dependent siderophore receptor  30.9 
 
 		 656 aa  262  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4363  TonB-dependent siderophore receptor  30.35 
 
 		 706 aa  261  3e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12430  TonB-dependent siderophore receptor  29.44 
 
 		 753 aa  261  4e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.396509  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6070  TonB-dependent siderophore receptor  31.27 
 
 		 738 aa  261  4e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.537532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4042  TonB-dependent siderophore receptor  31.11 
 
 		 697 aa  261  4e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.296308  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5875  TonB-dependent siderophore receptor  32.21 
 
 		 689 aa  261  4e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.18447 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0238  TonB-dependent siderophore receptor  27.9 
 
 		 777 aa  260  6e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0584339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3047  TonB-dependent siderophore receptor  27.14 
 
 		 737 aa  260  6e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3297  TonB-dependent siderophore receptor  30.47 
 
 		 733 aa  260  7e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3325  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  29.65 
 
 		 696 aa  260  8e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.54373 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4504  TonB-dependent siderophore receptor  30.54 
 
 		 703 aa  260  9e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000141313  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2122  TonB-dependent siderophore receptor  30.67 
 
 		 726 aa  259  1e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.892393  normal  0.0378186 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2559  TonB-dependent siderophore receptor  29.13 
 
 		 708 aa  259  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3124  TonB-dependent siderophore receptor  29.71 
 
 		 710 aa  259  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.319333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2891  TonB-dependent siderophore receptor  29.34 
 
 		 711 aa  259  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3526  TonB-dependent siderophore receptor  28.9 
 
 		 722 aa  258  2e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2414  TonB-dependent siderophore receptor  31.26 
 
 		 817 aa  257  5e-67  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.281451 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0723  TonB-dependent siderophore receptor  29.03 
 
 		 740 aa  256  8e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0469238  normal  0.27958 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2399  TonB-dependent siderophore receptor  30 
 
 		 726 aa  256  9e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3135  TonB-dependent siderophore receptor  31.31 
 
 		 734 aa  256  9e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1120  TonB-dependent siderophore receptor  30.68 
 
 		 701 aa  256  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1281  TonB-dependent siderophore receptor  29.75 
 
 		 699 aa  255  2.0000000000000002e-66  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4000  TonB-dependent siderophore receptor  30.77 
 
 		 722 aa  255  2.0000000000000002e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4068  putative TonB-dependent receptor  32.31 
 
 		 733 aa  254  5.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3001  TonB-dependent siderophore receptor  30.31 
 
 		 721 aa  254  5.000000000000001e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.463402  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>