More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2420 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2420  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 		 728 aa  1497    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1931  TonB-dependent siderophore receptor  86.86 
 
 		 723 aa  1318    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0298623 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4567  TonB-dependent siderophore receptor  60.25 
 
 		 746 aa  845    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.436524  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5560  TonB-dependent receptor  55.6 
 
 		 739 aa  797    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3275  TonB-dependent siderophore receptor  97.25 
 
 		 742 aa  1459    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2060  TonB-dependent siderophore receptor  93.08 
 
 		 708 aa  1359    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.267326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0594  TonB-dependent siderophore receptor  61.63 
 
 		 708 aa  871    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2243  putative TonB-dependent receptor  66.57 
 
 		 720 aa  962    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26420  putative TonB-dependent receptor  66.48 
 
 		 718 aa  966    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0316508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0102  TonB-dependent siderophore receptor  44.85 
 
 		 755 aa  565  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058066  normal  0.995779 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2118  TonB-dependent siderophore receptor  42.31 
 
 		 704 aa  550  1e-155  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4489  TonB-dependent siderophore receptor  43.68 
 
 		 696 aa  536  1e-151  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.515859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2705  TonB-dependent siderophore receptor  41.23 
 
 		 705 aa  538  1e-151  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3457  TonB-dependent siderophore receptor  40.56 
 
 		 707 aa  536  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.343998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1329  TonB-dependent siderophore receptor  43.83 
 
 		 701 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.267924 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4064  TonB-dependent siderophore receptor  40.4 
 
 		 707 aa  535  1e-150  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0700  TonB-dependent siderophore receptor  42.3 
 
 		 776 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0376627  normal  0.580851 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0866  TonB-dependent siderophore receptor  43.54 
 
 		 696 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.86038  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1347  TonB-dependent siderophore receptor  43.54 
 
 		 696 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.122487  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1412  TonB-dependent siderophore receptor family protein  41.92 
 
 		 822 aa  527  1e-148  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0411  TonB-dependent siderophore receptor  41.64 
 
 		 758 aa  526  1e-148  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0877  TonB-dependent siderophore receptor  43.07 
 
 		 756 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0596191  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1899  TonB-dependent siderophore receptor  43.07 
 
 		 756 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2036  TonB-dependent siderophore receptor family protein  43.07 
 
 		 756 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3209  TonB-dependent siderophore receptor family protein  42.35 
 
 		 820 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0227  TonB-dependent siderophore receptor  42.58 
 
 		 738 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.373801 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3193  Outer membrane receptor protein, mostly Fe transport  42.5 
 
 		 756 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3154  TonB-dependent siderophore receptor  42.35 
 
 		 756 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2711  TonB-dependent siderophore receptor  43.07 
 
 		 756 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.192964  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1407  TonB-dependent siderophore receptor  42.47 
 
 		 705 aa  519  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2899  TonB-dependent siderophore receptor  42.02 
 
 		 689 aa  512  1e-144  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.27988  normal  0.214281 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0907  TonB-dependent siderophore receptor  41.96 
 
 		 712 aa  506  9.999999999999999e-143  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4827  TonB-dependent siderophore receptor  40.85 
 
 		 690 aa  486  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.497518 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4232  TonB-dependent siderophore receptor  41.24 
 
 		 747 aa  486  1e-136  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2754  TonB-dependent siderophore receptor  41.24 
 
 		 747 aa  486  1e-136  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0831  TonB-dependent receptor plug  40.48 
 
 		 721 aa  478  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.519524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2855  TonB-dependent siderophore receptor  40.63 
 
 		 747 aa  475  1e-132  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2631  TonB-dependent siderophore receptor  40.48 
 
 		 770 aa  474  1e-132  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0859  TonB-dependent siderophore receptor  40.84 
 
 		 727 aa  465  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00225734 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2054  TonB-dependent siderophore receptor  38.08 
 
 		 703 aa  450  1e-125  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.314681  normal  0.98162 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0109  TonB-dependent siderophore receptor  35.8 
 
 		 703 aa  424  1e-117  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3793  TonB-dependent siderophore receptor  37.36 
 
 		 720 aa  412  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.16695  normal  0.789951 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3002  TonB-dependent siderophore receptor  34.66 
 
 		 717 aa  345  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527618 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2047  TonB-dependent siderophore receptor  34.6 
 
 		 716 aa  339  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.977961 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2412  TonB-dependent siderophore receptor  33.01 
 
 		 717 aa  335  2e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3330  TonB-dependent siderophore receptor  32.87 
 
 		 728 aa  332  1e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.417694  normal  0.580446 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2853  TonB-dependent receptor, putative  33.73 
 
 		 784 aa  328  3e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0123555  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0537  TonB-dependent siderophore receptor  33.78 
 
 		 749 aa  324  4e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0190971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0535  hypothetical protein  33.15 
 
 		 730 aa  322  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05640  hypothetical protein  33.01 
 
 		 730 aa  322  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3318  TonB-dependent siderophore receptor  31.2 
 
 		 710 aa  319  1e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4740  TonB-dependent siderophore receptor  32.91 
 
 		 726 aa  308  2.0000000000000002e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.58513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3657  TonB-dependent receptor  32.75 
 
 		 735 aa  294  4e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.558128  normal  0.251953 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1526  TonB-dependent siderophore receptor  31.33 
 
 		 724 aa  293  1e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.970314  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1297  TonB-dependent siderophore receptor  31.84 
 
 		 721 aa  291  4e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2318  TonB-dependent siderophore receptor  28.55 
 
 		 779 aa  269  2e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.375964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3326  TonB-dependent receptor, plug  28.44 
 
 		 737 aa  242  2e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.686308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3462  hypothetical protein  27.8 
 
 		 797 aa  237  5.0000000000000005e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.385249 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3362  tonB-dependent receptor family protein  26.23 
 
 		 813 aa  221  3.9999999999999997e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0573796  normal  0.429192 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2952  TonB-dependent receptor  36.46 
 
 		 399 aa  192  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1006  TonB-dependent siderophore receptor  25.03 
 
 		 726 aa  181  5.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3640  TonB-dependent siderophore receptor  27.37 
 
 		 708 aa  179  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.168279  normal  0.0985281 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3716  TonB-dependent receptor, plug  27.95 
 
 		 527 aa  174  3.9999999999999995e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0878035  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32740  TonB-dependent receptor  26.41 
 
 		 820 aa  170  8e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.014522  hitchhiker  0.000022757 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2772  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 		 794 aa  167  8e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.600395  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2736  TonB-dependent siderophore receptor  26.13 
 
 		 705 aa  166  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111092 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2303  TonB-dependent siderophore receptor  26.47 
 
 		 710 aa  165  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.470584  normal  0.447365 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3612  TonB-dependent siderophore receptor  26.04 
 
 		 770 aa  164  7e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.565753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3109  TonB-dependent siderophore receptor  25.91 
 
 		 710 aa  162  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3258  TonB-dependent siderophore receptor  23.78 
 
 		 736 aa  159  2e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.875335  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0747  TonB-dependent siderophore receptor  27.64 
 
 		 806 aa  157  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3979  ferrichrome outer membrane transporter  25.94 
 
 		 729 aa  157  7e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2559  TonB-dependent siderophore receptor  26.93 
 
 		 708 aa  157  8e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2878  TonB-dependent siderophore receptor  24.83 
 
 		 707 aa  157  9e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3133  TonB-dependent siderophore receptor  24.93 
 
 		 776 aa  156  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.989614  normal  0.593866 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0227  ferrichrome outer membrane transporter  25.38 
 
 		 747 aa  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.71013  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00020  TonB-dependent outer membrane Receptor  30.39 
 
 		 601 aa  155  2.9999999999999998e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00000882452  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0102  TonB-dependent siderophore receptor  25.15 
 
 		 795 aa  154  4e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0687  TonB-dependent siderophore receptor  26.46 
 
 		 797 aa  154  5e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.862135  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1503  TonB-dependent siderophore receptor  25.6 
 
 		 643 aa  154  7e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4068  putative TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 733 aa  153  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0701  TonB-dependent siderophore receptor  26.74 
 
 		 778 aa  153  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0300951  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4755  TonB-dependent siderophore receptor  24.96 
 
 		 797 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.251254  hitchhiker  0.00353592 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4624  TonB-dependent siderophore receptor  25.46 
 
 		 797 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185618  decreased coverage  0.0000000123032 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0224  ferrichrome outer membrane transporter  25.1 
 
 		 747 aa  151  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.969953  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3773  TonB-dependent siderophore receptor  23.87 
 
 		 701 aa  151  4e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2386  TonB-dependent siderophore receptor  25.93 
 
 		 742 aa  151  4e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000185534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3322  TonB-dependent siderophore receptor  25.27 
 
 		 828 aa  151  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3270  TonB-dependent siderophore receptor  27.64 
 
 		 831 aa  151  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0050464 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003567  ferrichrome-iron receptor  23.63 
 
 		 740 aa  150  6e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001284  putative iron(III) compound receptor  26.36 
 
 		 701 aa  150  7e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000165675  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4761  TonB-dependent siderophore receptor  25.95 
 
 		 797 aa  150  7e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3736  TonB-dependent siderophore receptor  24.36 
 
 		 735 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0178  TonB-dependent siderophore receptor  24.7 
 
 		 828 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0179  TonB-dependent siderophore receptor  24.86 
 
 		 828 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.267617 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2891  TonB-dependent siderophore receptor  25.67 
 
 		 711 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4103  TonB-dependent siderophore receptor  27.73 
 
 		 710 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2232  TonB-dependent siderophore receptor  25.47 
 
 		 708 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0493  TonB-dependent siderophore receptor  24.93 
 
 		 696 aa  148  3e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.478973 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3895  TonB-dependent siderophore receptor  26.3 
 
 		 753 aa  148  3e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.495237  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>