More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0102 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_1407  TonB-dependent siderophore receptor  53.44 
 
 		 705 aa  710    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0831  TonB-dependent receptor plug  50.37 
 
 		 721 aa  649    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.519524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4232  TonB-dependent siderophore receptor  49.14 
 
 		 747 aa  696    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0859  TonB-dependent siderophore receptor  50.52 
 
 		 727 aa  657    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00225734 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0411  TonB-dependent siderophore receptor  65.92 
 
 		 758 aa  1016    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2754  TonB-dependent siderophore receptor  49.33 
 
 		 747 aa  691    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2705  TonB-dependent siderophore receptor  51.29 
 
 		 705 aa  665    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0227  TonB-dependent siderophore receptor  51.72 
 
 		 738 aa  715    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.373801 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0102  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 		 755 aa  1533    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058066  normal  0.995779 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4064  TonB-dependent siderophore receptor  49.29 
 
 		 707 aa  660    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2855  TonB-dependent siderophore receptor  48.13 
 
 		 747 aa  673    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2631  TonB-dependent siderophore receptor  48.53 
 
 		 770 aa  679    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0700  TonB-dependent siderophore receptor  67.94 
 
 		 776 aa  1032    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0376627  normal  0.580851 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2118  TonB-dependent siderophore receptor  48.45 
 
 		 704 aa  643    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3457  TonB-dependent siderophore receptor  49.72 
 
 		 707 aa  666    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.343998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4827  TonB-dependent siderophore receptor  50 
 
 		 690 aa  651    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.497518 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2899  TonB-dependent siderophore receptor  48.18 
 
 		 689 aa  618  1e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.27988  normal  0.214281 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4489  TonB-dependent siderophore receptor  47.75 
 
 		 696 aa  598  1e-170  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.515859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0907  TonB-dependent siderophore receptor  46.32 
 
 		 712 aa  588  1e-166  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0594  TonB-dependent siderophore receptor  44.33 
 
 		 708 aa  588  1e-166  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2060  TonB-dependent siderophore receptor  44.56 
 
 		 708 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.267326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1329  TonB-dependent siderophore receptor  46.49 
 
 		 701 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.267924 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2711  TonB-dependent siderophore receptor  45.47 
 
 		 756 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.192964  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3193  Outer membrane receptor protein, mostly Fe transport  45.62 
 
 		 756 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3275  TonB-dependent siderophore receptor  44.23 
 
 		 742 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2036  TonB-dependent siderophore receptor family protein  45.47 
 
 		 756 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3209  TonB-dependent siderophore receptor family protein  45.32 
 
 		 820 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0877  TonB-dependent siderophore receptor  45.47 
 
 		 756 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0596191  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26420  putative TonB-dependent receptor  43.59 
 
 		 718 aa  575  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0316508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2243  putative TonB-dependent receptor  44.21 
 
 		 720 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1899  TonB-dependent siderophore receptor  45.47 
 
 		 756 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2420  TonB-dependent siderophore receptor  44.53 
 
 		 728 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0866  TonB-dependent siderophore receptor  46.04 
 
 		 696 aa  572  1e-161  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.86038  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3154  TonB-dependent siderophore receptor  45.47 
 
 		 756 aa  572  1e-161  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1347  TonB-dependent siderophore receptor  46.04 
 
 		 696 aa  572  1e-161  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.122487  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1412  TonB-dependent siderophore receptor family protein  44.71 
 
 		 822 aa  568  1e-160  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1931  TonB-dependent siderophore receptor  44.69 
 
 		 723 aa  568  1e-160  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0298623 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5560  TonB-dependent receptor  42.46 
 
 		 739 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4567  TonB-dependent siderophore receptor  42.71 
 
 		 746 aa  538  1e-151  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.436524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2054  TonB-dependent siderophore receptor  41.4 
 
 		 703 aa  510  1e-143  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.314681  normal  0.98162 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0109  TonB-dependent siderophore receptor  38.52 
 
 		 703 aa  463  1e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3793  TonB-dependent siderophore receptor  38.67 
 
 		 720 aa  452  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.16695  normal  0.789951 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2047  TonB-dependent siderophore receptor  36.39 
 
 		 716 aa  378  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.977961 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1526  TonB-dependent siderophore receptor  35.21 
 
 		 724 aa  356  1e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.970314  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3657  TonB-dependent receptor  35.92 
 
 		 735 aa  354  2.9999999999999997e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.558128  normal  0.251953 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3318  TonB-dependent siderophore receptor  34.68 
 
 		 710 aa  352  1e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2318  TonB-dependent siderophore receptor  33.67 
 
 		 779 aa  352  2e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.375964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4740  TonB-dependent siderophore receptor  35.22 
 
 		 726 aa  350  7e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.58513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0535  hypothetical protein  34.45 
 
 		 730 aa  341  4e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05640  hypothetical protein  33.61 
 
 		 730 aa  333  6e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0537  TonB-dependent siderophore receptor  32.14 
 
 		 749 aa  326  1e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0190971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3002  TonB-dependent siderophore receptor  32.2 
 
 		 717 aa  325  2e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527618 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2853  TonB-dependent receptor, putative  33 
 
 		 784 aa  316  9e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0123555  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2412  TonB-dependent siderophore receptor  31.44 
 
 		 717 aa  310  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3330  TonB-dependent siderophore receptor  30.92 
 
 		 728 aa  307  6e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.417694  normal  0.580446 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3362  tonB-dependent receptor family protein  30.77 
 
 		 813 aa  291  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0573796  normal  0.429192 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1297  TonB-dependent siderophore receptor  31.27 
 
 		 721 aa  281  4e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3462  hypothetical protein  30.21 
 
 		 797 aa  280  6e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.385249 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3326  TonB-dependent receptor, plug  32.25 
 
 		 737 aa  278  3e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.686308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3716  TonB-dependent receptor, plug  32.28 
 
 		 527 aa  219  1e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0878035  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2952  TonB-dependent receptor  34.43 
 
 		 399 aa  193  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0687  TonB-dependent siderophore receptor  27.4 
 
 		 797 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.862135  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00020  TonB-dependent outer membrane Receptor  33.57 
 
 		 601 aa  182  2e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00000882452  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3613  TonB-dependent siderophore receptor  26.44 
 
 		 789 aa  180  8e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.187378 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2303  TonB-dependent siderophore receptor  26.14 
 
 		 710 aa  179  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.470584  normal  0.447365 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3270  TonB-dependent siderophore receptor  27 
 
 		 831 aa  179  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0050464 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3109  TonB-dependent siderophore receptor  25.55 
 
 		 710 aa  177  6e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3612  TonB-dependent siderophore receptor  25.43 
 
 		 770 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.565753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2636  TonB-dependent siderophore receptor  27.48 
 
 		 776 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5058  TonB-dependent siderophore receptor  25.59 
 
 		 715 aa  172  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00424318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2878  TonB-dependent siderophore receptor  24.78 
 
 		 707 aa  171  4e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3203  TonB-dependent siderophore receptor  25.44 
 
 		 694 aa  171  5e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2439  TonB-dependent siderophore receptor  26.65 
 
 		 860 aa  170  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000275089 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0008  TonB-dependent siderophore receptor  26.83 
 
 		 713 aa  167  5.9999999999999996e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000108759 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0102  TonB-dependent siderophore receptor  26.59 
 
 		 795 aa  162  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3980  TonB-dependent siderophore receptor  26.09 
 
 		 719 aa  159  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348977  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3133  TonB-dependent siderophore receptor  25.95 
 
 		 776 aa  159  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.989614  normal  0.593866 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0293  TonB-dependent siderophore receptor  27.14 
 
 		 700 aa  159  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2410  TonB-dependent siderophore receptor  27.34 
 
 		 837 aa  159  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.110935  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0267  TonB-dependent siderophore receptor  25.97 
 
 		 689 aa  158  4e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0216741 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0283  TonB-dependent siderophore receptor  26.26 
 
 		 689 aa  158  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1826  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 784 aa  157  5.0000000000000005e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2953  TonB-dependent siderophore receptor  25.48 
 
 		 792 aa  156  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1826  TonB-dependent siderophore receptor  25.66 
 
 		 779 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.605271  normal  0.34402 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0909  ferrioxamine B receptor  24.46 
 
 		 716 aa  154  4e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2891  TonB-dependent siderophore receptor  24.89 
 
 		 711 aa  155  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1724  TonB-dependent siderophore receptor  25.86 
 
 		 748 aa  154  5e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000700289  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1767  TonB-dependent siderophore receptor  25.86 
 
 		 748 aa  154  5e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000312172  normal  0.573538 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2736  TonB-dependent siderophore receptor  25.75 
 
 		 705 aa  154  5.9999999999999996e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111092 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2565  TonB-dependent siderophore receptor  25.69 
 
 		 740 aa  153  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000192113  hitchhiker  0.000234826 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1142  TonB-dependent siderophore receptor  25.82 
 
 		 711 aa  152  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.634377  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4365  TonB-dependent siderophore receptor  26.68 
 
 		 769 aa  152  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145999  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1590  TonB-dependent siderophore receptor  25.4 
 
 		 737 aa  152  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2082  TonB-dependent siderophore receptor  26.96 
 
 		 771 aa  152  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.340788  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2458  TonB-dependent siderophore receptor  24.7 
 
 		 742 aa  151  3e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0314212 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2551  TonB-dependent siderophore receptor  24.83 
 
 		 738 aa  151  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000835907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1045  TonB-dependent siderophore receptor  25.04 
 
 		 699 aa  151  4e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.616371  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1729  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 749 aa  151  4e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.775588  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4103  TonB-dependent siderophore receptor  25.92 
 
 		 710 aa  150  6e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2391  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 		 762 aa  150  7e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>