More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3330 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3330  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 		 728 aa  1503    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.417694  normal  0.580446 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2853  TonB-dependent receptor, putative  82.69 
 
 		 784 aa  1250    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0123555  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2047  TonB-dependent siderophore receptor  54.14 
 
 		 716 aa  784    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.977961 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0535  hypothetical protein  59.12 
 
 		 730 aa  862    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3002  TonB-dependent siderophore receptor  92.05 
 
 		 717 aa  1376    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527618 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2952  TonB-dependent receptor  83.47 
 
 		 399 aa  659    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3318  TonB-dependent siderophore receptor  55.59 
 
 		 710 aa  803    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0537  TonB-dependent siderophore receptor  62.2 
 
 		 749 aa  890    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0190971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2412  TonB-dependent siderophore receptor  97.63 
 
 		 717 aa  1430    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05640  hypothetical protein  59.39 
 
 		 730 aa  865    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3657  TonB-dependent receptor  43.05 
 
 		 735 aa  557  1e-157  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.558128  normal  0.251953 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4740  TonB-dependent siderophore receptor  43.84 
 
 		 726 aa  545  1e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.58513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1526  TonB-dependent siderophore receptor  42.59 
 
 		 724 aa  541  9.999999999999999e-153  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.970314  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0594  TonB-dependent siderophore receptor  33.93 
 
 		 708 aa  352  2e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2060  TonB-dependent siderophore receptor  33.47 
 
 		 708 aa  343  8e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.267326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3275  TonB-dependent siderophore receptor  32.87 
 
 		 742 aa  340  8e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2420  TonB-dependent siderophore receptor  32.87 
 
 		 728 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1931  TonB-dependent siderophore receptor  33.98 
 
 		 723 aa  338  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0298623 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5560  TonB-dependent receptor  32.6 
 
 		 739 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2054  TonB-dependent siderophore receptor  32.64 
 
 		 703 aa  328  3e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.314681  normal  0.98162 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26420  putative TonB-dependent receptor  32.46 
 
 		 718 aa  327  6e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0316508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2243  putative TonB-dependent receptor  32.33 
 
 		 720 aa  323  6e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2899  TonB-dependent siderophore receptor  31.48 
 
 		 689 aa  323  7e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.27988  normal  0.214281 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2631  TonB-dependent siderophore receptor  32.95 
 
 		 770 aa  317  4e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0700  TonB-dependent siderophore receptor  32.06 
 
 		 776 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0376627  normal  0.580851 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0227  TonB-dependent siderophore receptor  34.01 
 
 		 738 aa  316  9.999999999999999e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.373801 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2855  TonB-dependent siderophore receptor  32.8 
 
 		 747 aa  315  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4232  TonB-dependent siderophore receptor  32.61 
 
 		 747 aa  315  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2754  TonB-dependent siderophore receptor  32.75 
 
 		 747 aa  314  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1407  TonB-dependent siderophore receptor  33.38 
 
 		 705 aa  313  1e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0411  TonB-dependent siderophore receptor  31.69 
 
 		 758 aa  312  1e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4567  TonB-dependent siderophore receptor  33.15 
 
 		 746 aa  311  2e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.436524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4489  TonB-dependent siderophore receptor  31.55 
 
 		 696 aa  310  9e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.515859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0859  TonB-dependent siderophore receptor  32.45 
 
 		 727 aa  309  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00225734 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0907  TonB-dependent siderophore receptor  32.56 
 
 		 712 aa  309  1.0000000000000001e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1329  TonB-dependent siderophore receptor  31.69 
 
 		 701 aa  309  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.267924 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2705  TonB-dependent siderophore receptor  31.38 
 
 		 705 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0102  TonB-dependent siderophore receptor  31.2 
 
 		 755 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058066  normal  0.995779 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2118  TonB-dependent siderophore receptor  30.82 
 
 		 704 aa  307  6e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4064  TonB-dependent siderophore receptor  30.54 
 
 		 707 aa  306  7e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0866  TonB-dependent siderophore receptor  31.4 
 
 		 696 aa  306  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.86038  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1347  TonB-dependent siderophore receptor  31.4 
 
 		 696 aa  306  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.122487  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3457  TonB-dependent siderophore receptor  31.18 
 
 		 707 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.343998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1412  TonB-dependent siderophore receptor family protein  31.42 
 
 		 822 aa  303  1e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0831  TonB-dependent receptor plug  32.72 
 
 		 721 aa  299  1e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.519524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0109  TonB-dependent siderophore receptor  30.95 
 
 		 703 aa  299  1e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3193  Outer membrane receptor protein, mostly Fe transport  30.61 
 
 		 756 aa  291  4e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3209  TonB-dependent siderophore receptor family protein  30.32 
 
 		 820 aa  288  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3154  TonB-dependent siderophore receptor  30.17 
 
 		 756 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4827  TonB-dependent siderophore receptor  33.48 
 
 		 690 aa  285  3.0000000000000004e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.497518 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2711  TonB-dependent siderophore receptor  30.32 
 
 		 756 aa  284  4.0000000000000003e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.192964  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0877  TonB-dependent siderophore receptor  30.17 
 
 		 756 aa  283  1e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0596191  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2036  TonB-dependent siderophore receptor family protein  30.17 
 
 		 756 aa  283  1e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1899  TonB-dependent siderophore receptor  30.17 
 
 		 756 aa  283  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2318  TonB-dependent siderophore receptor  28.28 
 
 		 779 aa  273  1e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.375964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3462  hypothetical protein  29.51 
 
 		 797 aa  243  7.999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.385249 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1297  TonB-dependent siderophore receptor  28.79 
 
 		 721 aa  236  1.0000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3793  TonB-dependent siderophore receptor  29.08 
 
 		 720 aa  235  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.16695  normal  0.789951 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3326  TonB-dependent receptor, plug  28.59 
 
 		 737 aa  236  2.0000000000000002e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.686308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3362  tonB-dependent receptor family protein  27.85 
 
 		 813 aa  222  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0573796  normal  0.429192 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3612  TonB-dependent siderophore receptor  26.12 
 
 		 770 aa  181  4e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.565753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3109  TonB-dependent siderophore receptor  25.83 
 
 		 710 aa  179  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2303  TonB-dependent siderophore receptor  25.43 
 
 		 710 aa  172  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.470584  normal  0.447365 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2878  TonB-dependent siderophore receptor  25.24 
 
 		 707 aa  164  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4056  TonB-dependent siderophore receptor  25.85 
 
 		 709 aa  160  9e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3465  TonB-dependent siderophore receptor  25.85 
 
 		 757 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00020  TonB-dependent outer membrane Receptor  30.79 
 
 		 601 aa  152  2e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00000882452  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3716  TonB-dependent receptor, plug  24.41 
 
 		 527 aa  147  6e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0878035  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0798  TonB-dependent siderophore receptor  24.41 
 
 		 773 aa  147  9e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.302135 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0861  TonB-dependent siderophore receptor  26.62 
 
 		 780 aa  146  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0891  TonB-dependent siderophore receptor  26.66 
 
 		 763 aa  146  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.31218 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0697  TonB-dependent siderophore receptor  24.63 
 
 		 731 aa  145  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000103778  hitchhiker  0.00047729 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3245  TonB-dependent siderophore receptor  24.63 
 
 		 731 aa  145  3e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000124115  hitchhiker  0.00000616268 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4317  TonB-dependent siderophore receptor  26.44 
 
 		 760 aa  144  5e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00531839 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1491  TonB-dependent siderophore receptor  24.56 
 
 		 717 aa  144  7e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000036194  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3635  TonB-dependent siderophore receptor  25.04 
 
 		 730 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000376942  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0716  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 731 aa  142  3e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000695687  hitchhiker  0.000361428 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3980  TonB-dependent siderophore receptor  22.88 
 
 		 719 aa  140  7e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348977  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0740  TonB-dependent siderophore receptor  24.48 
 
 		 730 aa  140  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000168203  hitchhiker  0.000000023146 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5128  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 		 766 aa  139  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.497755  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2232  TonB-dependent siderophore receptor  25.17 
 
 		 708 aa  139  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0720  TonB-dependent siderophore receptor  24.71 
 
 		 730 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000599666  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1987  TonB-dependent siderophore receptor  24.09 
 
 		 769 aa  139  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0749  TonB-dependent siderophore receptor  24.48 
 
 		 730 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000266639  hitchhiker  0.000229655 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2953  TonB-dependent siderophore receptor  24.13 
 
 		 792 aa  135  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0904  TonB-dependent siderophore receptor  26.32 
 
 		 768 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551593 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3914  TonB-dependent receptor, putative  24.85 
 
 		 730 aa  135  3e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58570  putative outer membrane ferric siderophore receptor  24.79 
 
 		 753 aa  134  9e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.21459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2551  TonB-dependent siderophore receptor  24.83 
 
 		 738 aa  133  9e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000835907  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4755  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 797 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.251254  hitchhiker  0.00353592 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2414  TonB-dependent siderophore receptor  24.63 
 
 		 817 aa  133  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.281451 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0493  TonB-dependent siderophore receptor  22.49 
 
 		 696 aa  133  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.478973 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1826  TonB-dependent siderophore receptor  25.43 
 
 		 784 aa  132  2.0000000000000002e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4624  TonB-dependent siderophore receptor  25.23 
 
 		 797 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185618  decreased coverage  0.0000000123032 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4376  TonB-dependent siderophore receptor  24.13 
 
 		 706 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0886158 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4266  TonB-dependent siderophore receptor  24.13 
 
 		 706 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.569556  normal  0.280378 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0293  TonB-dependent siderophore receptor  24.32 
 
 		 698 aa  131  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0992  TonB-dependent siderophore receptor  25.81 
 
 		 762 aa  132  3e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.221466  normal  0.249222 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0458  TonB-dependent siderophore receptor  23.81 
 
 		 705 aa  132  3e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3124  TonB-dependent siderophore receptor  25.33 
 
 		 710 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.319333  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>